左贡，藏语意为“犏（耕）牛背”的意思。很早以前，因人们住的地方的地形象犏牛的背，故而得名。
唐朝为吐蕃属地，元朝隶属吐蕃等路宣慰使司都元帅府，明代后期属昌都寺。清雍正三年（1725年）为芒康台吉管辖之地。清末实行改土归流时属科麦县的一部分。1912年后，西藏地方政府设宗，行政区划有邦达，左贡，碧土三个宗，统称左贡宗。
1951年7月建立左贡宗解放委员会，1959年4月30日建立县人民委员会，将左贡宗改为左贡县，1959年5月17日建立左贡县人民政府，隶属昌都地区。原县驻地在田妥乡亚中村，1968年（一说1967年）迁至乌雅乡旺达【1975年左贡县人民委员会驻地由亚中迁至旺达】。
1996年，全县辖16个乡（乌雅乡、吾通乡、拉物乡、觉玛乡、古米乡、碧土乡、加郎乡、东坝乡、中林卡乡、下林卡乡、绕金乡、沙夷乡、仁果乡、加卡乡、田妥乡、美玉乡），县政府驻乌雅乡。
2000年第五次人口普查，左贡县常住总人口41803人，其中（2个镇、13个乡），旺达镇8057人，田妥镇4864人，沙夷乡1329人，美玉乡3900人，古米乡802人，吾通乡2116人，觉马乡1759人，碧土乡2001人，绕金乡1809人，加卡乡1758人，仁果乡1285人，下林卡乡2594人，东巴乡2672人，中林卡乡5556人，拉物乡1301人。
2006年，全县辖3个镇、7个乡：旺达镇、田妥镇、扎玉镇、东坝乡、中林卡乡、美玉乡、下林卡乡、碧土乡、仁果乡、绕金乡。共有162个行政村。县政府驻旺达镇。
2007年末，全县户籍总人口40819人。2009年，全县辖3个镇、7个乡，1个社区，127个行政村。
2010年第六次人口普查，左贡县常住总人口44320人，其中，旺达镇9130人，田妥镇6387人，扎玉镇6499人，东坝乡2554人，中林卡乡6039人，美玉乡3915人，下林卡乡2661人，碧土乡2233人，仁果乡2907人，绕金乡1995人。