玉树藏族自治州辖1个县级市、5个县。
玉树市辖4个街道、2个镇、6个乡：结古镇街道、扎西科街道、西杭街道、新寨街道、隆宝镇、下拉秀镇、仲达乡、巴塘乡、小苏莽乡、上拉秀乡、哈秀乡、安冲乡。
杂多县辖1个镇、7个乡：萨呼腾镇、昂赛乡、结多乡、阿多乡、苏鲁乡、查旦乡、莫云乡、扎青乡。
称多县辖5个镇、2个乡：称文镇、歇武镇、扎朵镇、清水河镇、珍秦镇、尕朵乡、拉布乡。
治多县辖1个镇、5个乡：加吉博洛格镇、索加乡、扎河乡、多彩乡、治渠乡、立新乡。
囊谦县辖1个镇、9个乡：香达镇、白扎乡、吉曲乡、娘拉乡、毛庄乡、觉拉乡、东坝乡、尕羊乡、吉尼赛乡、着晓乡。
曲麻莱县辖1个镇、5个乡：约改镇、巴干乡、秋智乡、叶格乡、麻多乡、曲麻河乡。
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