春秋战国时期,此地先后属吴、越。秦时建东阳县,属东海郡。汉为东阳、平安、射阳三县地,先后属临淮、广陵郡。隋初置安宜县。唐上元三年农历四月十六日(762年5月14日)因真如献宝,肃宗传旨上元三年改为宝应元年,安宜县更名为宝应县。南宋期间,先后升为宝应州、宝应军,领宝应、盐城、山阳、淮阴等县。
明隶高邮州。清属扬州府。民国期间先后属淮扬道、淮阴行政督察区。县境解放时,属苏皖边区第二行政区。中华人民共和国建立初,先后属苏北行政公署扬州、泰州专区。1953年1月宝应隶属江苏省扬州专区。1960年初,析宝应湖以西置金湖县。1983年3月,隶属扬州市。
1996年,宝应县面积1467.5平方千米,人口91万人。辖13镇17乡:城镇、子婴河镇、天平镇、射阳湖镇、山阳镇、小官庄镇、夏集镇、望直港镇、鲁垛镇、西安丰镇、氾水镇、曹甸镇、广洋湖镇、黄浦乡、石桥乡、黄塍乡、城郊乡、氾光湖乡、长沟乡、郭桥乡、芦村乡、韦镇乡、下舍乡、柳堡乡、小尹庄乡、水泗乡、泾河乡、中港乡、獐狮荡乡、沿河乡。县政府驻城镇。
2000年,宝应县进行乡镇行政区划调整:撤销中港乡,将其原辖区域并入安宜镇;撤销天平镇,将其原辖区域并入射阳湖镇;撤销子婴河镇、郭桥乡,将这两个乡镇的原辖区域并入夏集镇;撤销廷柏镇(即小尹庄乡)、芦村乡、柳堡乡,将这三个乡镇的原辖区域合并,设立柳堡镇;撤销氾光湖乡、石桥乡、韦镇乡,将这三个乡的原辖区域并入氾水镇;撤销獐狮荡乡,将其原辖区域并入望直港镇;撤销下舍乡,将其原辖区域并入曹甸镇;撤销长沟乡,将其原辖区域并入山阳镇;撤销黄浦乡,将其原辖区域并入泾河乡。调整后辖14个镇、2个乡。
2000年第五次人口普查,全县总人口869972人,其中:安宜镇171789人,氾水镇77769人,夏集镇58721人,柳堡镇51202人,射阳湖镇54942人,广洋湖镇31601人,鲁垛镇34014人,小官庄镇29223人,望直港镇56440人,曹甸镇63782人,西安丰镇33630人,山阳镇55526人,黄塍镇26092人,泾河乡57492人,水泗乡32204人,沿河乡35545人。
2001年,江苏省民政厅(苏民区[2001]61号)批准同意撤销泾河乡,以原辖区域设立泾河镇,实行镇管村的体制(2002年扬府复[2002]6号文件和2002年1月17日宝应县人民政府宝政发[2002]6号文件批复同意)。
2002年,宝应县总面积1461平方千米,其中建成区面积13.09平方千米;辖15个镇、1个乡:安宜镇、范水镇、山阳镇、曹甸镇、鲁垛镇、西安丰镇、望直港镇、小官庄镇、夏集镇、射阳湖镇、广洋湖镇、柳堡镇、黄塍镇、泾河镇、沿河镇、水泗乡,共有53个居委会、235个村委会。
2003年10月,射阳湖镇与水泗乡合并设立新的射阳湖镇。合并后,射阳湖镇面积194平方千米,人口9.35万人,辖33个行政村、3个居委会,镇政府驻桥南村。2003年底,宝应县总面积1461平方千米,其中建成区面积13.09平方千米;辖15个镇:安宜镇、范水镇、夏集镇、柳堡镇、射阳湖镇、广洋湖镇、鲁垛镇、小官庄镇、望直港镇、曹甸镇、西安丰镇、山阳镇、黄塍镇、泾河镇、沿河镇,共有51个居委会、234个村委会。
2004年底,宝应县总人口91.99万人,辖15个镇:安宜镇93.91平方千米/93000人,范水镇167.55平方千米/84058人,夏集镇122.00平方千米/61074人,柳堡镇167.34平方千米/54028人,射阳湖镇面积181.50平方千米/92899人,广洋湖镇面积90.20平方千米/37935人,鲁垛镇61.30平方千米/34809人,小官庄镇面积46.00平方千米/30774人,望直港镇面积90.00平方千米/59843人,曹甸镇100.00平方千米/70984人,西安丰镇面积58.54平方千米/36742人,山阳镇123.43平方千米/57786人,黄塍镇42.00平方千米/28323人,泾河镇83.17平方千米/60790人,沿河镇47.44平方千米/39302人。(数据来源于《江苏省统计年鉴》)
2005年10月,经江苏省政府批复同意(苏政复[2005]89号文件),沿河镇与安宜镇合并设立新的安宜镇,镇政府驻安宜。行政区划调整后,新的安宜镇行政区域面积153平方千米,人口19.95万人,辖21个居委会、21个村委会。至此,宝应县辖14个镇:安宜镇、范水镇、夏集镇、柳堡镇、射阳湖镇、广洋湖镇、鲁垛镇、小官庄镇、望直港镇、曹甸镇、西安丰镇、山阳镇、黄塍镇、泾河镇。
2009年末,宝应县总面积1461平方千米、总人口29.98万户、91.61万人。其中:安宜镇141.35平方千米/126000人,范水镇167.55平方千米/90151人,夏集镇122平方千米/63000人,柳堡镇167.34平方千米/51787人,射阳湖镇181.5平方千米/90220人,广洋湖镇90.2平方千米/36706人,鲁垛镇61.3平方千米/33339人,小官庄镇46平方千米/30736人,望直港镇90平方千米/60645人,曹甸镇100平方千米/61671人,西安丰镇58.39平方千米/35588人,山阳镇122.77平方千米/55011人,黄塍镇42平方千米/27275人,泾河镇83.17平方千米/59536人。(数据来源于《江苏省统计年鉴》)
2012年4月11日,宝应县政府宝政发[2012]79号文件:经省、市批准,同意范水镇恢复原名氾水镇。经县政府研究决定,从2012年5月1日起,正式启用氾水镇名称。