明万历四十四年（1616年）建州女真首领爱新觉罗·努尔哈赤称“汗”，定国号为金（史称后金），建元天命，都于兴京（赫图阿拉，今辽宁省新宾县老城）。后金天命十年（1625年），努尔哈赤迁都沈阳，定名盛京，并于宁古塔派兵戍守。清王朝定都北京后，对满洲“龙兴之地”的东北地区，视为特殊地区，采用了有别于内地的“军府制”，于盛京设置驻防内大臣为盛京总管，统率八旗镇守东北全境，逐步划分为3个将军辖区。
顺治二年（1645年），清廷定文武官员品级，镇守宁古塔总管为三品。顺治十年（1653年），清廷将盛京昂邦章京（即总管）所辖的黑龙江、松花江、乌苏里江流域，包括黑龙江上游的石勒喀河流域和库页岛在内的海中诸岛，划出设置宁古塔昂邦章京，驻宁古塔城（今海林市境内宁古塔旧城）。至此，宁古塔昂邦章京辖区成为与盛京昂邦章京辖区并列的特别行政区。宁古塔，实无塔，乃“宁公特”之讹传，为满语。汉译“宁公”为“六”或“六个”，“塔”为“居址”，合译“六居址”。
康熙元年（1662年），宁古塔昂邦章京改为“镇守宁古塔等处地方将军”（简称宁古塔将军）。康熙五年（1666年），因宁古塔城常遭水患和为抗击沙俄用兵需要，宁古塔将军衙门移驻宁古塔新城（今宁安县城）。康熙十五年（1676年），宁古塔将军衙门移驻船厂后，由将军主持修筑吉林乌拉城（今吉林省吉林市），竖木为墙，史称“吉林木城”。乾隆二十二年二月二十三日（1757年4月11日），宁古塔将军改称“镇守吉林等处地方将军”（简称吉林将军）。
宁古塔将军辖区范围广阔。据《大清一统志》记载：“东滨大海，西接边墙，南峙白山，北逾黑水”。即东至大海3000余里，指北起鄂霍次克海，南至日本海的海面；西至柳条边590余里，至盛京威远堡开原界；南至长白山南图们江、鸭绿江1300余里，与朝鲜分界；北逾黑龙江至外兴安岭。康熙二十二年（1683年），划出黑龙江将军辖区后，宁古塔将军辖区范围大为缩小。咸丰十年（1860年），不平等的《中俄北京条约》签订后，乌苏里江以东40多万平方公里中国领土被沙俄割占，吉林将军辖区进一步缩减，即东至乌苏里江、松阿察河与俄罗斯分界；南至图们江、鸭绿江与朝鲜分界；西至威远堡边门开原界；北至松花江达黑龙江将军辖区界。在辖区内分地筑城，先后设置吉林、三姓、阿勒楚喀、伯都讷、珲春副都统镇守。
康熙十三年（1674年），清朝政府为了巩固边疆和抗击沙皇俄国入侵，在黑龙江左岸支流精奇里江口附近的明代忽里平寨旧址兴建了瑷珲木城（今俄罗斯维谢雪村），史称“旧瑷珲城”，移吉林乌拉水师分驻黑龙江地方。康熙二十二年九月（1683年10月），清廷决定在黑龙江地方屯田，“建城永戍”。同年12月，将宁古塔将军所辖西北部地区划出，设置“镇守黑龙江等处地方将军”（简称黑龙江将军）。以流经境内的黑龙江得名。黑龙江，古称“黑水”、“弱水”、“完水”，《辽史》称“黑龙江”，清初称“萨哈连乌刺”，系满语，萨哈连意为“黑”，乌刺意为“江”。
将军衙门初驻瑷珲旧城，后因该城僻处江东，与内地往来诸多不便，遂于江西原达斡尔族屯寨托尔加城的废墟上修筑瑷珲新城（今黑河市爱辉镇），康熙二十四年（1685年）将军衙门移驻瑷珲新城。因其濒临黑龙江畔，又称作“黑龙江城”。黑龙江将军最初驻扎在瑷珲城，亦称“瑷珲将军”。康熙二十九年（1690年），移驻墨尔根城（今嫩江县城）。康熙三十八年（1699年），移驻齐齐哈尔城。
黑龙江将军辖区初期，广袤数千里。东至毕占河、南至松花江，与吉林将军辖区接壤；北至外兴安岭与俄罗斯为界；西至喀尔喀接车臣汗部界。南北距3800余里，东西距3100余里。康熙二十八年（1689年），中俄签订《尼布楚议界条约》，确定了中俄两国东段边界，即以额尔古纳河、外兴安岭至海为界。额尔古纳河右岸为中国领土，左岸为俄国领土；外兴安岭至海，岭南为中国领土，岭北为俄国领土。外兴安岭与乌第河之间待定另议。进入19世纪以后，俄国不断入侵中国黑龙江中下游地区，非法霸占中国领土。咸丰八年（1858年）不平等的《中俄瑷珲和约》（通称《瑷珲条约》）签订后，中俄两国国界由外兴安岭分水岭南移到黑龙江，沙俄攫取了黑龙江以北60多万平方公里的中国领土，致使黑龙江将军辖区总面积锐减。
在辖区内分地筑城，划分副都统辖区，派副都统或副都统衔总管驻守。初期，先后分设黑龙江、墨尔根、齐齐哈尔、呼伦贝尔（今海拉尔市）、布特哈（今莫力达瓦达斡尔族自治旗境内）、呼兰6城。至光绪年间，又先后增设兴安城（今嫩江县境内）和通肯城（于海伦河北新建通肯城），史称“黑龙江八城”。随着清廷对东北封禁政策的解除，黑龙江地区逐步放荒招垦，人烟渐稠，民事日繁，遂陆续划定区域添设民官。至光绪三十二年（1906年），黑龙江将军辖区先后设置呼兰府、绥化府、海伦直隶厅、黑水厅（今龙江县）、大赉厅（今大安市）、肇州厅、安达厅、巴彦州、木兰县、兰西县、青冈县、余庆县（今庆安县）、拜泉县、大通县（今通河县）、汤原县，计2府、5厅、1州、7县。并于光绪三十一年添设黑龙江分巡道和绥兰海兵备道，翌年将绥兰海兵备道移至兴安岭以东改为兴东兵备道。同时，鉴于齐齐哈尔、呼兰、通肯副都统辖区已添设民官，“布特哈系打牲部落，牲丁无多”，黑龙江将军奏请朝廷批准，于光绪三十二年正月廿二（1906年2月15日），裁撤齐齐哈尔、呼兰、通肯、布特哈四城副都统。其他各城副都统因地处边防等因，仍依其旧制不变。
光绪三十三年三月初八日（1907年4月20日），清廷决定东三省改制，“裁将军，设行省”，建立奉天、吉林、黑龙江行省。遂裁撤黑龙江将军，改设黑龙江行省。黑龙江省的行政区域承袭黑龙江将军辖区范围，东南和南部与吉林省接壤，西南与奉天省毗连，西与蒙古为邻，北以黑龙江与俄罗斯分界。全省总面积约57万平方公里，人口127.3万人。省会齐齐哈尔城。省以下分设府、厅、州、县，并设道区分辖。光绪三十四年七月初九（1908年8月），裁撤墨尔根、呼伦贝尔、黑龙江（瑷珲）副都统，将呼伦贝尔、瑷珲两处改设呼伦、瑷珲兵备道。宣统三年（1911年），黑龙江全省共设3道（兴东、瑷珲、呼伦）、7府（龙江、呼兰、绥化、海伦、嫩江、黑河、胪滨）、6厅（讷河、瑷珲、呼伦、大赉、肇州、安达）、1州（巴彦）、7县（兰西、木兰、余庆、青冈、拜泉、大通、汤原）、4旗（后郭尔罗斯、杜尔伯特、扎赉特、依克明安）。
本页资料根据《黑龙江省志·地名录》进行编排。