县因县城所在地两山夹水，涧水清澈见底而得名。北魏太和十一年（487年）今县境设朔方县，后多次更名移址。西魏大统初于今县西北折家坪附近设绥德郡，大统十二年（546年）置绥德县为郡治。隋开皇三年（583年）郡废，隋末县废。唐武德二年（619年）复置。贞观年间筑宽州城。五代时县废。
北宋康定元年（1040年）于秀延水东岸宽州旧城筑城（即今址），因秀延水宋时一名清涧水，赐名清涧城。据《寰宇通志》：“宋置为清涧城，取清涧川为名。”金大定二十二年（1182年）于城设清涧县，属绥德州【一说，宋康定元年改宽州为青涧（县），明洪武四年改为清涧县】。明、清先后隶属绥德州、延安府。
1914年属榆林道。1928年直属省。1935年1月成立清涧县工农苏维埃政府。1940年2月成立清涧县人民政府，属陕甘宁边区绥德分区。1950年属绥德专区。1956年9月属榆林专区。1958年12月撤销清涧县，辖地并入绥德县，清涧改称中心乡。1961年10月复设清涧县。1969年属榆林地区。1999年属榆林市。
1991年，清涧县面积1841.48平方千米，人口19.3万人。辖秀延、解家沟、师家园则、高杰村等4镇14乡，641个行政村。县政府驻秀延镇。
1997年，玉家河乡改为玉家河镇，李家塔乡改为李家塔镇，店由沟乡改为店家沟镇，高杰村乡改为高杰村镇。调整后，清涧县面积1881平方千米，人口20万人，辖8个镇、10个乡：秀延镇、折家坪镇、石嘴驿镇、高杰村镇、玉家河镇、解家沟镇、店则沟镇、李家塔镇、师家园则乡、下廿里铺乡、乐堂堡乡、郝家墕乡、东拉河乡、二郎山乡、寨沟乡、石盘乡、老舍窠乡、 双庙河乡。
2000年第五次人口普查，全县总人口176644人，其中：秀延镇16590人、石嘴驿镇12000人、折家坪镇14832人、玉家河镇7913人、高杰村镇10950人、李家塔镇7528人、店则沟镇9591人、解家沟镇7147人、郝家墕乡6868人、乐堂堡乡8339人、师家园则乡22970人、下廿里铺乡10268人、双庙河乡9938人、老舍窠乡10267人、东拉河乡6095人、二郎山乡5135人、寨沟乡3571人、石盘乡6642人。
2001年，秀延镇、师家园则乡合并为宽州镇，撤销东拉河乡并入李家塔镇，撤销寨沟乡并入解家沟镇。2001年底，清涧县辖8个镇、7个乡：宽洲镇、石嘴驿镇、折家坪镇、玉家河镇、高杰村镇、李家塔镇、店则沟镇、解家沟镇、郝家墕乡、乐堂堡乡、下廿里铺乡、双庙河乡、老舍窠乡、二郎山乡、石盘乡，以及1个街道办事处，下设640个行政村、6个居委会。全县共有59233户、210315人，其中农业人口19.1万人，非农业人口1.93万人。
2003年，清涧县辖宽州镇、石嘴驿镇、折家坪镇、玉家河镇、高杰村镇、李家塔镇、店则沟镇、解家沟镇8个镇和郝家墕乡、乐堂堡乡、下廿里铺乡、双庙河乡、老舍窠乡、二郎山乡、石盘乡7个乡，640个行政村、4个社区。
2011年，撤销二郎山乡并入解家沟镇，撤销郝家墕乡并入石嘴驿镇，撤销乐堂堡乡并入宽州镇。调整后，清涧县辖8个镇、4个乡：宽洲镇、石嘴驿镇、折家坪镇、玉家河镇、高杰村镇、李家塔镇、店则沟镇、解家沟镇、下廿里铺乡、双庙河乡、老舍窠乡、石盘乡。