2009年5月4日，鼓楼区政府下发《关于江东和莫愁办事处行政区划调整及莫愁办事处更名的通知》（鼓府发[2009]79号）：根据《市政府关于同意鼓楼区江东和莫愁街道办事处行政区划调整及莫愁街道办事处更名的批复》（宁政复[2009]23号）精神，（一）将江东办事处蓝天园、白云园两社区居委会整建制划入莫愁办事处。总面积0.74平方公里，户籍数约0.6万户，人口数约1.96万人。划入区域四至为：东至外秦淮河河道中间线、南至龙园南路道路中间线、西至江东北路道路中间线、北至草场门大街道路中间线。调整后的江东办事处，总面积5.95平方公里，户籍数约2.3万户，人口数约8.67万人，社区居委会8个、村民委员会3个。调整后的莫愁办事处，总面积3.85平方公里，户籍数约3.9万户，人口数约8.08万人，社区居委会11个。（二）将莫愁办事处更名为凤凰办事处。
2010年第六次人口普查，鼓楼区常住总人口826074人，其中：宁海路街道119506人，华侨路街道114432人，湖南路街道122324人，中央门街道149878人，挹江门街道94874人，江东街道109810人，凤凰街道115250人。
【原下关区沿革】
1913年属江宁县。1933年为南京市第七区，是建区之始。1938年为第五区。1945年第五区改称第七区。1949年4月23日南京解放，6月2日第七区（下关）人民政府成立。1950年6月15日，第七区改称第六区。1955年8月更名为下关区，以境内清初所改明代“龙江关”而命名“下关”。1967年3月更名为东方红区。1973年11月恢复下关区名称。
1955年9月，下关区设立三汊河、宝善街、二板桥、商埠街、热河路、车站、四所村、宝塔桥8个街道和三汊河水上办事处。1957年9月，宝善街街道更名为中山桥街道，撤销商埠街街道，全区辖三汊河、二板桥、中山桥、热河路、车站、四所村、宝塔桥7个街道。
1958年11月，原燕子矶区的燕子矶镇、迈皋桥乡、小市镇划归下关区。1961年6月，小市镇、迈皋桥乡、燕子矶镇划归鼓楼区。1984年11月，成立兴中门街道。1987年底，8个街道调整合并为热河南路（三汊河、二板桥街道合并）、中山桥（热河路街道并入）、车站、建宁路（四所村街道和兴中门街道部分合并）、宝塔桥5个街道。
1995年，将雨花台区江东镇中保村北半部分和栖霞区的小市镇、迈皋桥镇的五塘村归下关区管辖。1996年1月，撤销小市镇，成立小市街道。下关区面积31.4平方千米，人口约31万人（含流动人口）。辖6个街道：热河南路街道、中山桥街道、车站街道、建宁路街道、宝塔桥街道、小市街道。区政府驻南埠街17号。
2000年第五次人口普查，下关区（辖6个街道）总人口365433人，其中：中山桥街道42405人、热河南路街道61877人、车站街道38024人、建宁路街道50369人、宝塔桥街道72761人、小市街道99997人。
2002年3月，撤销车站街道、中山桥街道，合并设立阅江楼街道；撤销小市街道，设立小市街道、幕府山街道。调整后，下关区辖6个街道：阅江楼街道、热河南路街道、幕府山街道、建宁路街道、宝塔桥街道、小市街道，驻地阅江楼街道。2009年末，下关区总面积28平方千米、总人口30.65万人。
2010年第六次人口普查，下关区常住总人口445117人，其中：阅江楼街道79841人，热河南路街道77401人，幕府山街道43980人，建宁路街道61720人，宝塔桥街道97631人，小市街道84544人。
2010年，全区总面积30.91平方千米，其中，陆地总面积24.29平方千米，长江水域面积约6.62平方千米。户籍人口114893户303313人，辖6个街道、56个社区。热河南路街道陆地面积2.73平方千米，20600户52962人，12个社区；阅江楼街道陆地面积3.39平方千米，15637户41920人（不含中山桥7026户16898人），9个社区；建宁路街道陆地面积2.12平方千米，15506户42464人，6个社区；宝塔桥街道陆地面积5.90平方千米，25162户66683人，11个社区；小市街道陆地面积4.11平方千米，20767户56004人，10个社区；幕府山街道陆地面积6.04平方千米，10195户26382人，8个社区。（数据出处：下关年鉴2011）
2012年8月，将幕府山街道原张王庙社区的孙家洼路以南划入小市街道；将幕府山街道原白云新寓社区的五塘村1号划入宝塔桥街道；将小市街道河路道社区的汽轮五村（托管）、汽轮七村，安怀新村社区的军犬队家属区、绿苑小区、防化大队小区、一干所、北崮戎院、安怀村455号小区、军械弹药修理所家属区、总装试验场宿舍、六干所、南汽宿舍及安怀东路以北散居划入幕府山街道。