2005年1月11日，重庆市政府（渝府〔2005]9号）批复同意农坝镇政府驻地由农坝居委会迁至龙堰村5组。2005年末，全县总人口129万人，其中非农业人口16万人，农业人口113万人。辖25个镇、40个乡（其中1个民族乡）：云阳镇、云安镇、双江镇、凤鸣镇、盘石镇、龙角镇、宝坪镇、故陵镇、红狮镇、南溪镇、长洪镇、双土镇、桑坪镇、江口镇、盛堡镇、路阳镇、农坝镇、高阳镇、渠马镇、关市镇、人和镇、黄石镇、巴阳镇、沙市镇、鱼泉镇、硐村乡、毛坝乡、栖霞乡、宝塔乡、水磨乡、里市乡、凤桥乡、院庄乡、外郎乡、泥溪乡、耀灵乡、云峰乡、清水土家族乡、票草乡、堰坪乡、新津乡、普安乡、龙洞乡、洞鹿乡、石门乡、大阳乡、青山乡、富家乡、新阳乡、塔棚乡、团坝乡、千丘乡、帆水乡、文龙乡、后叶乡、向阳乡、建全乡、双水乡、白龙乡、龙塘乡、养鹿乡、水口乡、莲花乡、九龙乡、上坝乡。共有568个行政村和66个社区。
2006年，重庆市政府（渝府〔2006]191号）批复同意将40个乡、25个镇调整为20个乡、22个镇、2个街道，其中，撤销20个乡、3个镇，设立2个街道，扩大2个乡、8个镇的行政区域，保留16个乡、12个镇的行政区域和政府驻地不变。区划调整后，云阳县辖2个街道、22个镇、20个乡（其中1个民族乡）：青龙街道、双江街道、云阳镇、云安镇、凤鸣镇、盘龙镇、龙角镇、宝坪镇、故陵镇、红狮镇、南溪镇、双土镇、桑坪镇、江口镇、路阳镇、农坝镇、高阳镇、渠马镇、平安镇、人和镇、黄石镇、巴阳镇、沙市镇、鱼泉镇、云硐乡、毛坝乡、栖霞乡、外郎乡、泥溪乡、耀灵乡、清水土家族乡、票草乡、堰坪乡、新津乡、普安乡、龙洞乡、洞鹿乡、石门乡、大阳乡、后叶乡、双龙乡、养鹿乡、水口乡、上坝乡。【注：2006年10月27日，《云阳县人民政府转发重庆市人民政府关于云阳县乡镇行政区划调整方案的批复的通知》（云阳府发[2006]78号）：……双江镇行政区划仍按原建制运行。】
2008年10月13日，市政府（渝府〔2008]166号）批复同意人和镇政府驻地由木古村5组迁至立新社区3组。2009年1月13日，市政府（渝府〔2009〕11号）批复同意撤销毛坝乡、云硐乡；将原云硐乡和栖霞乡古城村8、9组所属行政区域划归云阳镇管辖；将原毛坝乡所属行政区域划归云安镇管辖；将平安镇莲花村划归人和镇管辖。8月31日，市政府（渝府〔2009〕137号）批复同意撤销栖霞乡、双龙乡；设立栖霞镇、双龙镇；将上坝乡石梁村1、2、5、6、7组划归沙市镇管辖。调整后，云阳县辖2个街道、24个镇、16个乡（其中1个民族乡）。
2010年第六次人口普查，云阳县常住总人口912912人，其中：双江街道77414人，青龙街道94897人，龙角镇13074人，故陵镇16997人，红狮镇25020人，路阳镇13595人，农坝镇13741人，渠马镇10644人，黄石镇8778人，巴阳镇10840人，沙市镇13177人，鱼泉镇13502人，凤鸣镇44846人，盘龙镇30609人，宝坪镇19728人，南溪镇82730人，双土镇19061人，桑坪镇18306人，江口镇88981人，高阳镇23339人，平安镇26155人，人和镇30398人，云阳镇17017人，云安镇13573人，栖霞镇12776人，双龙镇18924人，外郎乡5557人，泥溪乡9007人，耀灵乡7791人，蔈草乡14637人，堰坪乡9770人，新津乡6505人，普安乡7440人，龙洞乡20189人，洞鹿乡8207人，石门乡5260人，大阳乡8602人，后叶乡11991人，养鹿乡11987人，水口乡9914人，上坝乡6892人，清水土家族自治乡11041人。
2010年10月12日，市政府（渝府〔2010]94号）批复同意撤销人和镇、盘龙镇，设立人和街道、盘龙街道。2011年12月31日，市政府（渝府〔2011〕141号）批复同意撤销水口乡、蔈草乡、泥溪乡、养鹿乡，设立水口镇、蔈草镇、泥溪镇、养鹿镇。2012年12月30日，市政府（渝府〔2012〕113号）批复同意后叶乡、龙洞乡、堰坪乡撤乡设镇。2015年12月28日，市政府（渝府〔2015〕70号）批复同意撤销耀灵乡、大阳乡，设立耀灵镇、大阳镇。至此，云阳县辖4个街道、31个镇、7个乡。