唐置永宁县，后改黄岩县。元升为黄岩州。明复为县。1989年9月27日，国务院批准同意撤销黄岩县，设立黄岩市（县级）。1992年5月，黄岩市撤区扩镇并乡，撤7个区公所、29个乡、10个办事处，设置16个镇、10个乡。1994年撤黄岩市分设黄岩、路桥两个区。
1994年8月22日，国务院批准同意台州撤地设市，设椒江、黄岩、路桥三区。黄岩区辖原黄岩市的城关、宁溪、头陀、北洋、焦坑、江口、新前、院桥8个镇和上郑、富山、屿头、上垟、平田、茅畲、高桥、沙埠8个乡，区政府驻城关镇县前街。原黄岩市的路桥、桐屿、峰江、新桥、横街、下梁、金清、篷街8个镇和螺洋、黄琅2个乡划归新设立的路桥区管辖。
1996年，黄岩区面积998平方千米，人口约56万人。辖9个镇、7个乡：城关镇、新前镇、澄江镇、沙埠镇、院桥镇、北洋镇、头陀镇、宁溪镇、江口镇、上郑乡、上垟乡、平田乡、屿头乡、高桥乡、富山乡、茅畲乡。区政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，黄岩区总人口564120人。其中：城关镇214003人，江口镇31740人，宁溪镇27185人，北洋镇28039人，澄江镇31062人，头陀镇32212人，新前镇40004人，院桥镇65313人，沙埠镇19747人，富山乡6935人，上郑乡8128人，屿头乡9168人，上垟乡12915人，平田乡6046人，茅畲乡10751人，高桥乡20872人。
2001年1月21日，浙政函[2001]12号批复同意撤销黄岩区城关镇设立若干街道办事处：撤销黄岩区城关镇建制，在原城关镇行政区域内设置若干街道办事处。11月30日，浙政函[2001]254号批复同意台州市黄岩区部分行政区划调整：撤销澄江镇、新前镇、江口镇、高桥乡建制，改由黄岩区政府直辖并调整设立若干街道办事处。12月7日，台政函[2001]65号批复：同意黄岩区设立澄江、新前、江口、高桥街道。
2002年，黄岩区辖8个街道、5个镇、6个乡：江口街道、东城街道、南城街道、西城街道、北城街道、澄江街道、新前街道、高桥街道、宁溪镇、北洋镇、头陀镇、院桥镇、沙埠镇、富山乡、上郑乡、屿头乡、上垟乡、茅畲乡、平田乡。共有23个社区、13个居民区、537个行政村。
2011年，全区总面积988平方千米，总人口60万人。辖8个街道、5个镇、6个乡：东城街道、南城街道、西城街道、北城街道、新前街道、澄江街道、江口街道、高桥街道、宁溪镇、北洋镇、头陀镇、院桥镇、沙埠镇、屿头乡、上郑乡、富山乡、茅畲乡、上垟乡、平田乡。区政府驻县前街22号。