春秋为越国地，越王曾先后在境内埤中、大部、勾乘建都，是越国古都。秦王政二十五年（公元前222年）置诸暨县，据《元和郡县志》：“县有暨浦，诸山，因以为名。”
王莽和唐时曾改疏虏县、暨阳县，不久仍复原名，南宋时境内析义安县，旋复归诸暨，元时升为诸暨州，后改诸全州，明降为诸暨县。1989年撤县设市。
1996年，诸暨市面积2311.3平方千米，人口约104.4万人。辖29个镇、6个乡：城关镇、大唐镇、应店街镇、次坞镇、湄池镇、店口镇、阮市镇、直埠镇、江藻镇、山下湖镇、枫桥镇、全堂镇、赵家镇、三都镇、五一镇、双桥镇、马剑镇、五泄镇、草塔镇、王家井镇、牌头镇、同山镇、安华镇、街亭镇、璜山镇、陈宅镇、岭北镇、浬浦镇、陈蔡镇、东一乡、东和乡、青山乡、化泉乡、西岩乡、斯宅乡。市政府驻城关镇。
1999年末，全市总面积2317.94平方千米，总人口1061267人。辖29个镇、6个乡：城关镇、大唐镇、应店街镇、次坞镇、湄池镇、店口镇、阮市镇、直埠镇、江藻镇、山下湖镇、枫桥镇、东一乡、全堂镇、赵家镇、东和乡、三都镇、五一镇、双桥镇、马剑镇、五泄镇、青山乡、草塔镇、王家井镇、牌头镇、同山镇、安华镇、街亭镇、化泉乡、璜山镇、陈宅镇、岭北镇、浬浦镇、陈蔡镇、西岩乡、斯宅乡。共有1302个行政村、48个居委会（一说合计为1341个）。
2000年第五次人口普查，全市总人口1070675人，其中：城关镇209848人、大唐镇50900人、应店街镇48418人、次坞镇39282人、湄池镇34134人、店口镇35541人、阮市镇34671人、直埠镇25971人、江藻镇25290人、山下湖镇26862人、枫桥镇49789人、全堂镇13532人、赵家镇30059人、三都镇37375人、五一镇11299人、双桥镇21246人、马剑镇15927人、五泄镇13423人、草塔镇39304人、王家井镇34813人、牌头镇47156人、同山镇18650人、安华镇31784人、街亭镇20759人、璜山镇25256人、陈宅镇17005人、岭北镇11219人、里浦镇18930人、陈蔡镇10635人、东一乡13822人、东和乡19323人、青山乡8400人、化泉乡10884人、西岩乡6834人、斯宅乡12334人。
2000年末，诸暨市总面积2317.94平方千米，总人口1061829万人。辖28个镇、6个乡：城关镇、大唐镇、应店街镇、次坞镇、店口镇（店口湄池2镇合并设立新的店口镇，次年1月省政府正式批准）、阮市镇、直埠镇、江藻镇、山下湖镇、枫桥镇、东一乡、全堂镇、赵家镇、东和乡、三都镇、五一镇、双桥镇、马剑镇、五泄镇、青山乡、草塔镇、王家井镇、牌头镇、同山镇、安华镇、街亭镇、化泉乡、璜山镇、陈宅镇、岭北镇、涅浦镇、陈蔡镇、西岩乡、斯宅乡。共有1301个行政村、50个居委会。
2001年1月9日，浙政函[2001]1号批复同意诸暨市撤销店口镇湄池镇设立新的店口镇：撤销店口镇、湄池镇建制，合并设立新的店口镇，辖69个村、2个居委会，驻胜利村。11月16日，浙政函[2001]237号批复同意诸暨市部分行政区划调整：一、撤销全堂镇、东一乡建制，与枫桥镇合并。枫桥镇辖84村、5居，驻海魄大道（原址）。二、撤销青山乡建制，并入草塔镇。草塔镇辖60村、1居，驻天元路（原址）。三、撤销化泉乡建制，并入璜山镇。璜山镇辖55村，驻为民路2号（原址）。四、撤销西岩乡建制，并入陈蔡镇。陈蔡镇辖29村，驻下蔡村（原址）。五、部分行政区域改由诸暨市政府直辖：（1）撤销城关镇、三都镇、双桥镇、五一镇建制。（2）大唐镇部分（望泄等5村）划归诸暨市政府直辖。大唐镇辖38村、3居，驻开元东路18号（原址）。（3）王家井镇部分（红桥等9村）划归诸暨市政府直辖。王家井镇辖57村、1居，驻王家井村（原址）。六、在直辖区域内设置暨阳、浣东、陶朱等3个街道办事处，作为诸暨市政府的派出机构：（1）暨阳街道办事处：管理原城关镇中部的茅渚埠等71村、大桥路等35居和原属王家井镇的红桥等9村，共80村、35居，驻浣纱北路48号（原城关镇址）。（2）浣东街道办事处：管理原城关镇东部的东阮等16村和原双桥镇、五一镇的行政区域，共67村，定址暨东路。（3）陶朱街道办事处：管理原城关镇西部其余部分、原三都镇行政区域和原属大唐镇的望泄等5村，共68村、1居，定址环城北路。这次调整由原来的34个镇乡改设23个镇、2个乡、3个街道办事处，其中涉及调整的镇乡15个。
2001年末，诸暨市总面积2311.33平方千米，总人口1060404人。辖3个街道、23个镇、2个乡：暨阳街道、浣东街道、陶朱街道、大唐镇、应店街镇、次坞镇、店口镇、阮市镇、直埠镇、江藻镇、山下湖镇、枫桥镇、赵家镇、东和乡、马剑镇、五泄镇、草塔镇、王家并镇、牌头镇、同山镇、安华镇、街亭镇、璜山镇、陈宅镇、岭北镇、浬浦镇、陈蔡镇、斯宅乡。共有1356个村（居）委会。
2002年末，诸暨市总面积2311平方千米，总人口105.85万人，辖3个街道、23个镇、2个乡，16个社区、22个居民区、1301个行政村。2003年末，诸暨市总面积2311.33平方千米，总人口105.49万人，辖3个街道、23个镇、2个乡，1301个行政村、？个居委会。
2005年1月26日，浙政发函[2005]8号批复同意诸暨市撤销陈蔡镇、斯宅乡建制，合并设立东白湖镇，镇政府驻下蔡村（原陈蔡镇政府驻地）。调整后，诸暨市辖3个街道、23个镇、1个乡：暨阳街道、浣东街道、陶朱街道、大唐镇、王家井镇、应店街镇、次坞镇、店口镇、阮市镇、直埠镇、江藻镇、山下湖镇、枫桥镇、赵家镇、马剑镇、五泄镇、草塔镇、牌头镇、同山镇、安华镇、街亭镇、璜山镇、浬浦镇、岭北镇、陈宅镇、东白湖镇、东和乡。总面积2311平方千米，总人口105.49万人（2005年末）。市政府驻暨阳街道红旗路26号。
2006年8月中旬，诸暨市启动行政村规模调整。通过调整，将1301个行政村调整为468个行政村和33个社区，加上原有36个社区，全市共有村（居）537个。调整后，行政村平均人口由699人增加到1813人（纯农业人口），平均区域面积由1.73平方千米扩大到4.26平方千米。人口在4000以上的村有10个，人口在3000至4000的村有37个，人口在2000至3000的村有126个，人口在1000至2000的村有259个，人口在1000以下的村有36个。
2012年末，全市总面积2311平方千米。总人口107.35万人。辖3个街道、23个镇、1个乡：暨阳街道、浣东街道、陶朱街道、大唐镇、应店街镇、次坞镇、店口镇、阮市镇、直埠镇、江藻镇、山下湖镇、枫桥镇、赵家镇、马剑镇、五泄镇、草塔镇、王家井镇、牌头镇、同山镇、安华镇、街亭镇、璜山镇、陈宅镇、岭北镇、浬浦镇、东白湖镇、东和乡。市政府驻暨阳街道东一路19号。