汉景帝四年（公元前153）置剡县。唐武德四年（621）置嵊州并分置剡城县。因境内有嵊山，四面皆有秀峰，取四山为嵊之义。五代改为赡县，宋初复设剡县。宋宣和三年（1121）以剡字二火一刀，有刀兵象，遂改为嵊县。1995年12月6日正式撤县改设嵊州市。
1985年末，县城建成区面积2.14平方千米。1986年初，嵊县辖11个区、55个乡、11个镇、21个居委会、1153个村委会；县城范围内设城关镇和临城区（除仙岩乡外）的9个乡，面积216.22平方千米，有179个行政村、14个居民区，42392户，148761人。同年8月，浦口乡、开元乡改制为浦口镇、开元镇。1987年，富润乡改制为富润镇；同年，富润镇、开元镇、浦口镇建立居委会。1988年4月，方口乡下珠溪村石佛桥自然村从上珠溪村划出建立石佛桥村委会。1989年2月，城关镇新北居委会划出部分居民区设立艇北居委会。1991年7月，城关镇城东居委会划分为相公殿、东桥路、城东居委会；城北居委会划出部分居民区建立官河路居委会；城南居委会划分为龙会、桥南居委会；新北居委会划出部分居民区建立环城北路居委会；原石璜镇居委会更名为石璜镇大晒场居委会。1991年底，县辖11个区、52个乡、14个镇。
1992年5月，嵊县撤销甘霖、长乐、石璜、崇仁、临城、黄泽、上东、三界、南山、北山、里东等11个区公所，将原辖66个乡镇（镇14个、乡52个）扩镇并乡调整为28个乡镇（17个镇、11个乡）：新市乡、新明乡、中爱乡、城郊乡、新联乡、城溪乡划归城关镇；四明乡划归浦口镇；仙岩乡、幸福乡合并为仙岩镇；剡北乡、蛟镇乡、普义乡划归甘霖镇；中南乡、毫石乡合并为苍岩镇；方口乡、太平乡、大昆乡划归长乐镇；剡源乡划归开元镇；春联乡、升高乡、民胜乡划归崇仁镇；镇基乡划归石璜镇；江东乡、三合乡、福源乡划归三界镇；和平乡、卮山乡划归下王镇；西杜乡划归友谊乡；明溪乡、灵山乡、明山乡划归黄泽镇；小柏乡、东坑乡划归北漳镇；金山乡、金庭乡合并为金庭镇；新山乡、横山乡、玠溪乡合并为贵门乡；平山乡、汉溪乡、奖山乡合并为里南乡；显潭乡、吕岙乡划归谷来镇；三塘乡、博济镇、绿溪乡、广利乡、富润镇、雅璜乡、通源乡、蒋镇乡、王院乡、竹溪乡不变。（浙江省民政厅《关于嵊县撤区扩镇并乡方案的批复》民基字[1992]411号）
1992年8月，蒋镇乡、谷来镇、博济镇分别建立蒋镇、谷来镇、博济镇居委会。1993年2月，城关镇撤销东圃、北郊村委会建制，建立东圃、北郊居委会。1993年10月，蒋镇乡经省政府批准建制为镇，名蒋镇。1994年11月，城关镇撤销东南、仙人坑、艇湖村委会建制，建立东南、仙人坑、艇湖居委会；新建城北、中兴居委会；东桥路居委会更名为湖东居委会。1995年7月，城关镇新建江滨居委会；同年设立嵊州市时，全市辖18个镇、10个乡：城关镇、甘霖镇、苍岩镇、长乐镇、三界镇、仙岩镇、下王镇、北漳镇、金庭镇、黄泽镇、谷来镇、崇仁镇、石璜镇、开元镇、博济镇、富润镇、浦口镇、蒋镇，三塘乡、友谊乡、贵门乡、竹溪乡、雅璜乡、通源乡、广利乡、绿溪乡、王院乡、里南乡。共有1148个村委会、43个居委会。
1999年末，全市辖18个镇、10个乡，1146个行政村、48个居委会，总人口73.81万人，总面积1784.43平方千米。2000年末，全市辖18个镇、10个乡，1146个行政村、48个居委会，总人口739872人，总面积1784.43平方千米。
2000年第五次人口普查，嵊州市总人口671221人，其中：城关镇176612人、仙岩镇14081人、浦口镇28508人、三界镇29798人、蒋镇7552人、谷来镇23586人、下王镇11427人、崇仁镇47718人、富润镇17423人、北漳镇14550人、金庭镇22554人、黄泽镇41149人、长乐镇39487人、石璜镇25463人、开元镇16168人、甘霖镇45620人、博济镇19750人、苍岩镇16223人、三塘乡8170人、友谊乡8929人、竹溪乡3533人、王院乡4387人、雅璜乡3312人、广利乡11434人、通源乡4854人、绿溪乡9000人、贵门乡8768人、里南乡11165人。
2001年11月7日，《省政府关于嵊州市行政区划调整的批复》（浙政函[2001]230号）批复同意嵊州市行政区划调整：撤销博济镇、苍岩镇建制，与甘霖镇合并。甘霖镇辖154村、2居，驻桃源路1号（原址）。撤销开元镇、绿溪乡建制，与长乐镇合并。长乐镇辖126村、2居，驻后街16号（原址）。撤销富润镇、广利乡建制，与崇仁镇合并。崇仁镇辖129村、3居，驻新街西路（原址）。撤销蒋镇、友谊乡建制，与三界镇合并。三界镇辖101村、2居，驻青春路88号（原址）。撤销城关镇、浦口镇、三塘乡建制，改由嵊州市政府直辖并设置三江、鹿山、剡湖、浦口等4个街道办事处，作为嵊州市政府的派出机构：（1）三江街道办事处：管理原城关镇南部的黄泥桥等46村、仙人坑等2居和原三塘乡，共62村、2居，定址三江东路。（2）鹿山街道办事处：管理原城关镇西部的上燕窠等52村、西桥等4居，定址富豪路。（3）剡湖街道办事处：管理原城关镇北部其余的里坂等23村、龙会等27居，定址嵊州大道。（4）浦口街道办事处：管理原浦口镇的35村、1居，驻文化路2号（原浦口镇址）。调整后，嵊州市辖三界、甘霖、长乐、崇仁、仙岩、石璜、黄泽、北漳、金庭、谷来、下王11个镇和通源、雅璜、贵门、竹溪、里南、王院6个乡，设三江、鹿山、剡湖、浦口4个街道。2001年末，嵊州市辖4个街道、11个镇、6个乡，1193个行政村（居委会），总面积1784.43平方千米，总人口738626人，其中城区人口191664人。12月实施。
2002年8月，下王镇里财湖村与小溪村合并为小溪村；11月，在市区街道建立社区居委会，对原有的居委会（村）进行调整；剡湖街道的28个居委会调整为东浦、相公殿、北郊、越秀、新北、白莲堂、龙会、江滨、城隍坊、工农、艇湖11个社区。2002年末，嵊州市辖4个街道、11个镇、6个乡：三江街道、鹿山街道、剡湖街道、浦口街道、甘霖镇、长乐镇、崇仁镇、三界镇、黄泽镇、仙岩镇、石璜镇、北漳镇、金庭镇、下王镇、谷来镇、通源乡、雅璜乡、里南乡、王院乡、贵门乡、竹溪乡。共有1145个行政村、46个居委会。全市总面积1790平方千米，总人口73.73万人。市区位于市境中南部，东与黄泽镇相邻，南与新昌县交界，西南毗甘霖镇，西连崇仁镇，北接仙岩镇、下王镇，市区面积216.22平方千米，占全市面积的12.12%，有170个行政村、17个社区，70326户，196585人，分别占全市的26.49%和26.66%。建成区面积15.3平方千米，人口18万人（一说16.36万人）。
2003年，东浦村农村经济合作社股份制改革试点完成，下王镇行政村撤并工作顺利实施。2003年末，嵊州市总人口73.54万人，总面积1789.62平方千米。2005年末，嵊州市面积1790平方千米，人口73.38万人。辖4个街道、11个镇、6个乡：三江街道、鹿山街道、剡湖街道、浦口街道、甘霖镇、仙岩镇、长乐镇、崇仁镇、石璜镇、三界镇、下王镇、黄泽镇、北漳镇、金庭镇、谷来镇、雅璜乡、通源乡、王院乡、竹溪乡、贵门乡、里南乡。
2007年，嵊州市将原1077个行政村调整为464个。2012年末，全市总面积1789.62平方千米，总人口73.46万人。辖4个街道、11个镇、6个乡：剡湖街道、三江街道、鹿山街道、浦口街道、甘霖镇、长乐镇、崇仁镇、黄泽镇、三界镇、石璜镇、谷来镇、仙岩镇、金庭镇、北漳镇、下王镇、贵门乡、里南乡、竹溪乡、雅璜乡、王院乡、通源乡。市政府驻剡湖街道北直街37号。