隋开皇九年（公元589年）分松阳东置括苍县，取括苍山为名。唐大历十四年（公元779年）为避德宗李适讳，改括苍为丽水县。其由来，有两种说法。一说，县北有丽阳山，下环清溪，故名；另一说，《元和郡县图志》故，丽水本名恶溪（今名好溪），以其湍流阻险九十里间五十六濑，名为大恶。隋开皇年中改名为丽水，后以为县名。
丽水雅号莲城。唐中和元年（公正881年）卢约起义军占据处州，徙沿小括苍山，踞山筑城，因共“众山环簇，状如莲花”，故名莲城。1986年3月撤销丽水县，设立丽水市。2000年5月，改莲都区。
1996年，丽水市面积1502.1平方千米，人口约33万人，辖7个镇、14个乡（其中1个民族乡）：城关镇、碧湖镇、大港头镇、水阁镇、联城镇、老竹畲族镇、双溪镇、西溪乡、仙渡乡、太平乡、黄村乡、严鸟乡、双黄乡、富岭乡、高溪乡、泄川乡、巨溪乡、丽新畲族乡、峰源乡、郑地乡。市政府驻城关镇。
2000年第五次人口普查，莲都区总人口348241人，其中：城关镇181096人、碧湖镇32921人、水阁镇12732人、联城镇13286人、大港头镇11072人、老竹畲族镇11685人、双溪镇5674人、太平乡10992人、西溪乡6942人、仙渡乡7863人、富岭乡7761人、联合乡4262人、峰源乡4185人、郑地乡2479人、高溪乡7073人、丽新畲族乡7240人、巨溪乡4700人、泄川乡2973人、双黄乡4848人、黄村乡5417人、严鸟乡3040人。
2001年8月10日，浙政函[2001]153号批复同意丽水市莲都区部分行政区划调整：撤销联合乡建制，并入碧湖镇。碧湖镇辖59村、3居，驻环北路（原址）。撤销城关镇、水阁镇建制，其行政区域由莲都区政府政府直辖并调整设立若干街道办事处。调整后，莲都区辖5个街道、5个镇、13个乡（其中1个民族乡）：紫金街道、岩泉街道、万象街道、白云街道、水阁街道、碧湖镇、大港头镇、双溪镇、老竹畲族镇、联城镇、西溪乡、仙渡乡、太平乡、黄村乡、严鸟乡、双黄乡、富岭乡、高溪乡、泄川乡、巨溪乡、峰源乡、郑地乡、丽新畲族乡。
2002年末，莲都区面积1502平方千米，人口36.58万人，辖5个街道、5个镇、13个乡（其中1个民族乡），22个社区、4个居民区、369个行政村。2003年末，莲都区面积1502平方千米，人口36.84万人，辖5个街道、5个镇、13个乡（其中1个民族乡），22个社区、4个居民区、369个行政村。2005年末，莲都区人口37.38万人。
2006年8月23日，浙政函[2006]90号批复同意莲都区部分行政区划调整：撤销郑地乡建制，与峰源乡合并。调整后的峰源乡辖20个行政村，乡政府驻地不变（庞山村）；撤销严鸟乡建制，与黄村乡合并。调整后的黄村乡辖19个行政村，乡政府驻地不变（黄村村）；撤销巨溪乡建制，与太平乡合并。调整后的太平乡辖33个行政村，乡政府驻地不变（太平村）；撤销西溪乡、泄川乡、双溪镇建制，合并设立雅溪镇。雅溪镇辖34个行政村，镇政府驻双溪村（原双溪镇政府驻地）；撤销富岭乡建制，其行政区域由莲都区人民政府直辖。2006年9月15日，丽政函[2006]62号批复同意设立富岭街道办事处。富岭街道办事处辖11个行政村，街道办事处驻齐村村。
2006年末，莲都区辖6个街道、5个镇、7个乡（其中1个民族乡）：紫金街道、岩泉街道、万象街道、白云街道、水阁街道、富岭街道、碧湖镇、联城镇、大港头镇、老竹畲族镇、雅溪镇、太平乡、仙渡乡、峰源乡、高溪乡、丽新畲族乡、双黄乡、黄村乡。共有22个社区、4个居民区、369个行政村。区政府驻万象街道解放街51号。
2011年，丽水市莲都区部分行政区划调整：撤销联城镇建制，其行政区域改由莲都区政府直辖（浙政函[2011]351号）。在原联城镇区域成建制改设联城街道办事处，街道办事处驻原联城镇驻地（丽政函[2011]173号）（莲政发[2012]1号）。
2012年11月20日，浙江省政府（浙政函[2012]209号）批复同意丽水市莲都区部分行政区划调整：一、撤销高溪乡建制，其行政区域并入碧湖镇。调整后，碧湖镇辖3个居民区、74个行政村，镇政府驻地不变（环北路）。二、撤销双黄乡建制，其行政区域改由莲都区政府直辖。12月3日，丽水市政府（丽政函[2012]101号）批复同意将原双黄乡行政区域并入岩泉街道。调整后，岩泉街道辖朝阳、天宁、丽阳、北苑路、正阳5个社区和九里、天宁寺、后铺、岩泉、青林、长岗背、关下、社后、凉塘、冷水、枫树湾、余岭、银场、大岭、吴山、陈寮、秋塘、黄畈、雨伞岗、沈村、里佳源、高山、佳坑、下后弄、王官头等25个行政村，办事处驻地不变（丽阳街1089号）。
2012年末，全区总人口39.28万人。辖7个街道、4个镇、5个乡（其中1个民族乡）：紫金街道、岩泉街道、万象街道、白云街道、水阁街道、富岭街道、联城街道、碧湖镇、大港头镇、老竹畲族镇、雅溪镇、太平乡、仙渡乡、峰源乡、丽新畲族乡、黄村乡。区政府驻万象街道解放街51号。