县名由来有二说：据《今县释名》记载，德清“馀不溪流经城中，一名清溪。其水清澈，县取名焉。”另一说，据同治《湖州府志》文载，晋车骑将军孔愉，“幼以孝闻，长以信著，晚以节称”，以道德著称于世。后人把孔愉的“德”和馀不溪水的“清”联系在一起，赞人有德行，如水之清，故称德清。
三国黄武元年（222）置永安县，时县治位于银山，银山又称永安山，县名永安由此而来。晋太康元年（280）改永康县，三年改武康县。因县内有铜官山（又称武康山），故得此武康县名。唐武后天授二年（691）析武康东境17乡置武源县，以界内有武承塘，取名武源，县治在今文明塔一带。景云二年（711）因面对馀不溪，易名临溪县。天宝元年（742）始称德清县。1958年6月17日武康县撤销，并入德清县，县治在城关镇。1994年县政府驻地迁至武康镇。
1950年，德清县撤销双马区，在原16个乡镇基础上，建立30个乡镇；武康县撤销仁山区，在原10个乡镇基础上，建立25个乡镇。1956年撤区并乡，德清县建立2个镇15个乡，武康县建立10个乡。1958年6月，武康县并入德清县，10月人民公社化后，实行政社合一体制，成立12个公社。1961年全县改为2镇23个公社。
1992年，城关乡并入城关镇，对河口乡并入武康镇，戈亭乡并入钟管镇，后坞乡并入筏头乡，二都乡并入三合乡，梅林乡、新联乡并入新市镇，全县辖15个镇、6个乡。1999年，三桥镇、上柏镇、秋山乡并入武康镇，高林乡并入新市镇，龙山乡并入洛舍镇，全县辖13个镇、3个乡。
2000年第五次人口普查，德清县总人口436524人；其中：武康镇93945人，城关镇55051人，新市镇57222人，洛舍镇24843人，钟管镇24362人，莫干山镇8132人，干山镇18832人，士林镇14165人，下舍镇16730人，高桥镇15603人，雷甸镇32795人，勾里镇16566人，徐家庄镇15127人，南路乡7153人，筏头乡14946人，三合乡21052人。
2002年，德清县辖13个镇、3个乡：武康镇、城关镇、新市镇、洛舍镇、士林镇、干山镇、下舍镇、雷甸镇、钟管镇、勾里镇、高桥镇、莫干山镇、徐家庄镇、筏头乡、三合乡、南路乡，共有38个社区、8个居民区、169个行政村。
2003年10月17日，浙政函[2003]165号批复，同意德清县部分行政区划调整：将洛舍镇龙山、王母山、龙胜3个村划归武康镇管辖。调整后，武康镇辖31个村、8个社区居委会，镇政府驻地不变（永安街332号）；洛舍镇辖6个村、1个居委会，镇政府驻地不变（新街208号）。
2004年，根据《浙江省人民政府关于德清县部分行政区划调整的批复》（2004年4月1日浙政函[2004]53号）和《湖州市人民政府关于德清县部分行政区划调整的批复》（湖政函[2004]29号），德清县对部分乡镇行政区划进行调整： 一、撤销士林镇建制，与新市镇合并。调整后，新市镇辖24个行政村、7个社区、1个居民区，镇政府驻地不变（府前路3号）。 二、撤销干山镇建制，与钟管镇合并。调整后，钟管镇辖19个行政村、5个居民区，镇政府驻地不变（寺前路258号）。 三、撤销南路乡建制，并入莫干山镇。调整后，莫干山镇辖14个行政村、2个居民区，镇政府驻地不变（育才路10号）。 四、撤销勾里镇、下舍镇建制，合并设立新安镇。新安镇辖16个行政村、2个居民区，镇政府暂驻邮电巷1号（原勾里镇政府驻地）。 五、撤销徐家庄镇、高桥镇建制，合并设立禹越镇。禹越镇辖14个行政村，镇政府驻振兴路（原徐家庄镇政府驻地）。 六、城关镇更名为乾元镇，其行政区域范围不变。
2004年末，德清县辖9个镇、2个乡：武康镇、乾元镇、新市镇、洛舍镇、新安镇、雷甸镇、钟管镇、禹越镇、莫干山镇；筏头乡、三合乡。
武康镇 面积256平方千米，人口11.5万人。辖居仁、吉祥、永兴、振兴、祥和、群安、三桥、上柏8个社区，宋石、千秋、狮山、回南、回北、丰桥、宋村、塔山、城西、对河口、五四、三桥、民进、郭肇、五龙、兴山、秋山、新琪、秋北、上柏、山民、城山、双燕、长春、龙凤、下柏、太平、灯塔、龙山、龙胜、王母山31个行政村。
乾元镇 面积67平方千米，人口3.6万人。辖溪西、务前、直街、西郊、东郊、北郊、乾龙、胜利、源丰、东风、工农11个社区（居民区），明星、金火、卫星、联合、金鹅山、城北、恒星、齐星、联星、幸福10个行政村。
新市镇 面积92平方千米，人口6.8万人。辖东升、南昌、健康、北街、西安、中南、仙潭、士林7个社区、1个居民区，名城、梅林、加元、后皋、栎林、韶村、城东、蔡界、城西、乐安、石泉、谷门、勇兴、丰年、孟溪、东安、士林、白彪、宋市、子思桥、舍渭、水北、新塘、王公郎24个行政村。
钟管镇 面积76平方千米，人口4.2万人。辖钟管、城北、城东、城中、干山5个居民区，钟管、沈家墩、三墩、北代舍、东舍墩、审塘、青墩、戈亭、下塘、曲溪、新联、干山、蠡山、茅山、东千、塍头、东坝斗、干村、葛山19个行政村。
洛舍镇 面积53平方千米，人口1.8万人。辖洛舍1个居民区，洛舍、雁塘、东衡、三家、张陆湾、砂村6个行政村。
雷甸镇 面积54平方千米，人口3.2万人。辖雷甸1个居民区，雷甸、双溪、杨墩、塘北、下高桥、东新、光辉、和平、新利、解放、漾北、雷甸水产12行政村。
禹越镇 面积39平方千米，人口2.9万人。辖东港、栖丰、木桥头、杨家坝、钱塘、西港、油车、天皇殿、茅林、三来、东溪、夏家、米世、湖墩14个行政村。
新安镇 面积57平方千米，人口3.1万人。辖勾里、下舍2个居民区，勾里、西庙桥、百富兜、城头、陈家圩、红丰、孙家桥、勾里水产、下舍、舍东、舍南、舍西、舍北、新桥、安全、下舍水产16个行政村。
莫干山镇 面积91平方千米，人口1.5万人。辖庾村、莫干山2个居民区，燎原、劳岭、何村、紫岭、高峰、溪北、横岭、双桥、福水、塘坑、湖家埭、东山、碧坞、郎家14个行政村。
三合乡 面积63平方千米，人口2.1万人。辖二都、宝塔山、塘泾、八字桥、双桥、康家山、上杨、下杨、朱家、四都、唐家琪、和睦、沿河13个行政村。
筏头乡 面积101平方千米，人口1.6万人。辖筏头、勤劳、上皋坞、大造坞、东沈、烂树坑、佛堂、后坞、瑶坞、庙前10个行政村。