民国时属吴兴县。解放初属吴兴县。1983年7月属湖州市郊区；1988年11月郊区撤销，改由市直接领导乡镇。1994年4月设立南浔区管理委员会（领导南浔、东迁、旧馆、马腰、双林、镇西、练市、善琏、含山、横街10镇，三长、莫蓉、洪塘、花林4乡，面积448平方千米，人口约32.6万人）、菱湖区管理委员会（领导菱湖、埭溪、和孚、长超、千金、石淙、东林、锦山、重兆、下昂10个镇和青山、新溪、乔溪、梅峰4个乡，面积约502平方千米）。
2000年2月2日，浙政发[2000]21号批复同意湖州市旧馆镇3行政村划归织里镇：旧馆镇庙岐山、晒介兜、旧馆等3个行政村划归织里镇管辖。2000年第五次全国人口普查，南浔镇133911人、练市镇92093人、善琏镇31817人、双林镇76532人、旧馆镇20920人、菱湖镇72436人、和孚镇22405人、长超镇16548人、重兆镇14974人、石淙镇15727人、千金镇23238人。
2001年6月22日，浙政函[2001]104号批复同意湖州市市区部分乡镇行政区划调整：撤销重兆镇、长超镇，并入和孚镇，辖52个村、2个居委会，驻地不变。
2003年1月11日，国务院批准（国函[2003]2号）同意设立湖州市南浔区。南浔区辖南浔、练市、双林、善琏、旧馆、菱湖、和孚、千金、石淙9个镇。区人民政府驻南浔镇。
2005年末，南浔区辖9个镇：南浔镇、练市镇、双林镇、善琏镇、旧馆镇、菱湖镇、和孚镇、千金镇、石淙镇。
2006年南浔区行政区划
全区面积716平方千米。人口49.62万人。辖9个镇，33个社区、221个行政村。区政府驻南浔镇。
南浔镇 镇政府驻人瑞路8号。面积141平方千米，人口11.85万人。邮编:313009。辖12个社区、52个行政村：百间楼、泰安路、镇北、(舟+尞)里、横街、马腰、东迁、江南、夏家桥、适园、增山、(舟+尞)西；富强、丁家港、浔北、丁家桥、联谊、新安、东迁、圣驾桥、江蒋漾、浔东、直港巷、马嘶、痒上、伍林、马腰、南林、潘港桥、辑里、屯圩、施家浜、横街、和睦(土+斗)、神墩、适溪、息塘、兴隆、三长、灯塔、渔业、英雄、李家河、同心、沈庄洋、东上林、祜村、宝山、戴家桥、计家(土+斗)、前洪、杨华、泗洲、墩洋南、柏树、永联、迎春、方丈港、堰四、朱坞、(舟+尞)里、(舟+尞)西、浔南、硬长桥。
双林镇 镇政府驻双林。面积99平方千米，人口7.04万人。邮编:313012。辖5个社区、33个行政村：爱国路、虹桥、新街、和睦、板桥；显洪、西阳、赵家(土+斗)、新丰(土+斗)、雉头、后坝、箍桶(土+斗)、跳家山、东双林、黄泥(土+斗)、邢窑、岂山圩、坞仁、水产、三田洋、洋滩、曹桥、周家(土+斗)、土山、千亩山、勤裕、黄龙(土+斗)、倪家滩、七里桥、花盘(土+斗)、儒林、花城、吴家庄、俞家埭、向阳、华桥、莲花(土+斗)、镇南。
菱湖镇 镇政府驻菱湖。面积106平方千米，人口8.03万人。邮编:313018。辖6个社区、28个行政村：南栅、西栅、东栅、北栅、下昂、凤凰桥；永福、菱东、建丰、永丰、达民、思溪、南浜、东河、王家墩、陈邑、杨家巷、费家埭、南双林、卢家庄、勤俭、菱湖水产、竹墩、射中、下昂、新庙里、许联、山塘、三溪、沈家埭、勤劳、六堡里、千丰、杨港。
练市镇 镇政府驻练市。面积122平方千米，人口8.5万人。邮编:313013。辖2个社区、41个行政村：万兴、再兴；朱家(土+斗)、庄家、严家圩、钟家墩、白水河、慈姑桥、凌家堰、杨树河、新丰、练南、建新、朱家埭、新联、中兴、悦新、水产、西堡、北堡、新会、花林、水口、农兴、达井、横塘、丰登、施浩、姚庄、松亭、洪福、新华、莲墩、金塔、大虹桥、李家(土+斗)、蔡家桥、荃步、车塔、民安、柳堡、召林、东堡。
和孚镇 镇政府驻和孚。面积97平方千米，人口5.38万人。邮编:313017。辖3个社区、22个行政村：和孚、获港、重兆；和孚、横港、重兆、云北、民当、双福桥、复乐、长超、河东、新获、获港、李市、勤益、陈塔、新胜、陶家墩、云东、张村、佛堂(土+斗)、吴兴塘、四联、漾东。
旧馆镇 镇政府驻旧馆。面积31平方千米，人口1.90万人。邮编:313011。辖1个社区、13个行政村：旧馆；塘南、祝良、载旺、港胡、罗汉、麒麟、寺桥、北港、潘家庄、三桥、大洋、光明、新兴港。
善琏镇 镇政府驻善琏。面积55平方千米，人口2.86万人。邮编:313013。辖2个社区、15个行政村：蒙溪、含山；善琏、含山、卜家堰、夹塘、姚家桥、皇坟、平乐、港南、施家桥、车家(土+斗)、观音堂、窑里、砖溪、宏建、和平。
千金镇 镇政府驻千金。面积40平方千米，人口2.31万人。邮编:313016。辖1个社区、10个行政村：千金；千金、商墓、南窑桥、朝阳、石桥、里浩、东驿达、东马千、西马千、金城。
石淙镇 镇政府驻石淙。面积25平方千米，人口1.48万人。邮编:313015。辖1个社区、7个行政村：石淙；花园湾、羊河坝、银子桥、石淙、镇西、南坝、姚家坝。
*区划根据《浙江区划地名溯源》（浙江省民政厅编，2006年底资料）。人口根据《浙江省统计年鉴2006》（2005年底数据）*