春秋时属越，并吴后置句章城，为句章地。战国时楚灭越，又属楚。秦置句章县，属会稽郡，县治在城山渡（今余姚市河姆渡东5里），历两汉、三国不变。东汉并曾为会稽东部都尉治。东晋隆安四年（公元400年），迁治小溪（今鄞县鄞江桥）。唐武德四年（621年），废句章县，析置鄞州、姚州。七年，废姚州仍为余姚县。八年，废鄞州，复鄮县，属越州。自秦始皇二十六年置句章县至唐武德四年废，凡842年，慈溪地域归其属。此后百余年，先后属鄞州和鄮县。现境姚北部分，自秦汉至唐初，先后属余姚县、姚州、余姚县。
唐开元26年（738年），分鄮县为慈溪、奉化、翁山（今定海）、鄮县4县，并分越州别立明州以辖之始。慈溪县，县治慈城镇（今宁波市江北区）。治南有溪，因东汉董黯“母慈子孝”的故事而名慈溪，县以溪名（“东汉董黯，句章人，以孝闻。母病思饮大隐溪水，黯不避寒暑，日跋涉以致。后迁家溪畔，侍母更勤，母病竟愈。人仰其德，咸称该溪为慈溪。唐开元邑始建县时，遂名曰慈溪。”）。天宝元年（742年），改明州为余姚郡。乾元元年（758），复为明州，慈溪县历为所属。同年，江南东道下分置浙江东道、浙江西道，慈溪县隶浙江东道。
五代梁开平三年（909），置节度使，设明州望海军，慈溪属明州望海军，隶吴越国。北宋建隆元年（960），改明州望海军为明州奉国军。太平兴国三年（978），吴越归宋，慈溪县隶属江南东道明州奉国军。淳化五年（994）罢道。慈溪县历属明州，隶两浙东路。绍熙五年（1194），宁宗即位。明年，改元庆元，以明州为宁宗潜邸，遂以年号为名，升明州为庆元府，慈溪县属之，仍隶两浙东路。元世祖至元十三年（1276），于庆元府置宣慰司。十四年改庆元路总管府。大德六年（1302），浙东道宣慰司都元帅府自婺州（今金华）移庆元，慈溪县属江浙行省浙东道宣慰司。
元末，庆元路为方国珍所据。至正二十七年（1367），朱元璋降方国珍，改庆元路为明州府，隶浙江行中书省。明洪武十四年改明州府为宁波府。永乐十六年（1418），慈溪失县印，改慈溪为慈谿，仍属宁波府，隶浙江承宣布政使司。清慈谿县属宁波府，隶浙江省宁绍台道。1912年（民国元年），慈谿直属浙江省军政府。1914年，于清宁绍台道范围置会稽道，慈谿县隶属会稽道。1927年废道制，慈谿直属浙江省政府。1932年属第五行政督察区，1935年属第六行政督察区，1947年属第三行政督察区，1948年4月属第二行政督察区。
1949年5月24日，慈谿县治孝中镇（今宁波慈城镇）解放。6月5日，浙江省第二区专员公署在宁波成立。10月改称宁波专员公署，慈谿属宁波专员公署。1954年10月，慈谿县境进行大的调整，新县境由原慈谿、余姚、镇海3县北部（俗称三北）的棉区境域组成，县人民政府由慈城镇迁至浒山镇。1956年，国务院公布《汉字简化方案》，复慈谿为慈溪。1956年庵东盐区并入。1970年改专区为地区，慈溪县属宁波地区。1979年泗门区又与余姚龙南区（今横河区）互换，遂成现境（详见方舆论坛“余姚慈溪边界变迁”等帖子）。1983年，宁波地区撤销，并入宁波市，实行市管县体制，慈溪县属宁波市。1988年10月13日，经国务院批准，撤销慈溪县，设立慈溪市，市人民政府驻浒山镇。
1994年，慈溪市辖22个镇、1个乡。1995年5月前全市有800个行政村；同年，龙山镇把伏龙、龙西两村合并为龙联村，开始了慈溪村级行政区划调整。1997年11月16日，浙江省民政厅（浙民行字[1997]13号）批复同意慈溪市小安乡撤乡建镇，并更名为杭州湾镇。调整后，慈溪市辖23个镇。1999年底前全市有768个行政村，2000年底全市有580个行政村。
2000年第五次人口普查，慈溪市总人口1214537人，其中：浒山镇183620人、龙山镇22445人、三北镇23637人、范市镇25183人、掌起镇65178人、师桥镇54232人、鸣鹤镇26033人、观城镇70485人、附海镇33586人、桥头镇40011人、匡堰镇26675人、逍林镇50887人、新浦镇62164人、胜山镇44486人、横河镇83665人、坎墩镇56143人、崇寿镇33507人、宗汉镇79067人、庵东镇44945人、天元镇32249人、长河镇49894人、周巷镇67633人、杭州湾镇39012人。
2001年2月底，全市乡镇完成村级行政区划调整，行政村从原来的800个减少至327个，其中分布在中心城市规划控制区范围内的有69个，城镇规划区范围内的有92个。村级行政区划调整后，各村平均面积约为3平方千米，平均人口为2685人，其中3000人至5000人的有102个村，5000人以上的有12个村，人口最多的周巷镇周西村达6727人。（另一数据：2001年4月2日，全市行政村个数调整为328个）
2001年9月24日，浙江省人民政府（浙政函[2001]197号）批复同意慈溪市部分行政区划调整：一、撤销观城镇、师桥镇、鸣鹤镇建制，合并设立观海卫镇。观海卫镇辖43村、13居，驻振观路6号（原观城镇址）。二、撤销杭州湾镇建制，与周巷镇合并。周巷镇辖32村、10居，驻大通中路178号（原址）。三、撤销浒山镇、宗汉镇、坎墩镇建制，改由慈溪市政府直辖并设立浒山、宗汉、坎墩3个街道办事处作为慈溪市政府派出机构。（1）浒山街道办事处：管理原浒山镇的43村、37居，驻三北大街518号（原浒山镇址）。（2）宗汉街道办事处：管理原宗汉镇的18村、1居，驻市西二环北路1号（原宗汉镇址）。（3）坎墩街道办事处：管理原坎墩镇的12村、2居，驻长白路7号（原坎墩镇址）。调整后，慈溪市辖3个街道、17个镇，92个居委会、328个行政村。中心城区面积由43平方千米扩大至106.5平方千米，总人口由13.82万人增至26.29万人。
2001年末，慈溪市面积1154平方千米，总人口100.84万人，其中非农人口14.59万人，辖3个街道、17个镇，91个居委会、327个行政村，市政府驻浒山街道。2002年9月，慈溪市辖3个街道、17个镇，32个社区、55个居民区、316个行政村，市政府驻水门路15号。2002年末，慈溪市面积1154平方千米，总人口100.58万人，其中非农业人口14.82万人，辖3个街道、17个镇，87个居委会、310个行政村。
2003年末，慈溪市总面积1154平方千米，总人口100.71万人，其中非农业人口15.13万人，辖3个街道、17个镇，66个居委会、308个行政村。2004年末，慈溪市面积1154平方千米，人口101.03万人，辖3个街道、17个镇，46个社区、28个居民区、297个行政村。市政府驻浒山街道三北大街655号。
2005年末，慈溪市户籍人口101.54万人。辖3个街道、17个镇，75个居委会、297个村委会：浒山街道、宗汉街道、坎墩街道、范市镇、掌起镇、逍林镇、新浦镇、横河镇、附海镇、庵东镇、天元镇、长河镇、周巷镇、桥头镇、匡堰镇、胜山镇、龙山镇、崇寿镇、三北镇、观海卫镇。
2006年3月16日，浙江省人民政府（浙政函[2006]36号）批复同意慈溪市部分行政区划调整：观海卫镇古窑浦村划归掌起镇。调整后的观海卫镇辖40个行政村、2个社区、8个居民区，镇政府驻地不变（振观路6号）；掌起镇辖15个行政村、1个居民区，镇政府驻地不变（掌起横路509号）。5月，正式将观海卫镇古窑浦村整体划归掌起镇管辖。
2006年末，全市共有47个社区、28个居民区、297个行政村。2009年末全市户籍人口103.52万人。2010年末，全市总面积1361平方千米，户籍人口103.88万人，辖5个街道、15个镇，50个社区、27个居民区、297个行政村。
2012年末，全市总面积1361平方千米。户籍人口104.19万人。辖5个街道、15个镇：宗汉街道、坎墩街道、浒山街道、白沙路街道、古塘街道、掌起镇、观海卫镇、附海镇、桥头镇、匡堰镇、逍林镇、新浦镇、胜山镇、横河镇、崇寿镇、庵东镇、天元镇、长河镇、周巷镇、龙山镇。市政府驻白沙路街道三北大街655号。
2013年4月27日，《浙江省人民政府关于慈溪市部分行政区划调整的批复》（浙政函[2013]72号）：同意撤销天元镇建制，其行政区域与周巷镇合并。调整后，周巷镇辖6个社区、1个居民区、35个行政村，镇政府驻地不变（环城北路428号）。调整后，慈溪市辖5个街道、14个镇。