1994年，鄞县辖19个镇、4个乡。1995年5月3日，浙江省民政厅（浙民行字[1995]8号）批复同意鄞县塘溪乡撤乡建镇。调整后，鄞县辖20个镇、3个乡。全县面积1381平方千米，人口约71.7万人。县政府驻宁波市江东区百丈东路251号。1998年7月28日，浙江省民政厅（浙民行字[1998]9号）批复同意鄞县洞桥乡撤乡建镇。调整后，鄞县辖21个镇、2个乡：高桥镇、集仕港镇、横街镇、古林镇、邱隘镇、鄞江镇、瞻岐镇、章水镇、石碶镇、钟公庙镇、下应镇、五乡镇、姜山镇、云龙镇、东钱湖镇、东吴镇、茅山镇、横溪镇、塘溪镇、咸祥镇、洞桥镇、杖锡乡、龙观乡。
2000年第五次人口普查，鄞县总人口854627人，其中：瞻岐镇23111人、咸祥镇27089人、塘溪镇28644人、东钱湖镇44890人、东吴镇16682人、五乡镇32985人、邱隘镇77453人、下应镇56963人、云龙镇32594人、横溪镇29128人、姜山镇64415人、茅山镇18091人、钟公庙镇68630人、高桥镇52733人、横街镇37212人、集士港镇41061人、古林镇61354人、石锲镇57408人、洞桥镇19870人、鄞江镇26397人、章水镇21408人、龙观乡13985人、杖锡乡2524人。
2001年末，鄞县面积1527平方千米，总人口73.28万人，其中非农人口14.04万人。辖21个镇、2个乡，43个居委会、659个行政村。县政府驻百丈路251号。
2002年9月，鄞州区辖21个镇、2个乡：瞻岐镇、咸祥镇、塘溪镇、东钱湖镇、东吴镇、五乡镇、邱隘镇、下应镇、云龙镇、横溪镇、姜山镇、茅山镇
钟公庙镇、高桥镇、横街镇、集仕港镇、古林镇、石碶镇、洞桥镇、鄞江镇、章水镇、龙观乡、杖锡乡，共有42个居民区、659个行政村。2002年末，全区面积1527平方千米，总人口74.27万人，其中非农业人口18.08万人，共有54个社区、659个行政村。区政府驻百丈路251号。
2003年5月22日，浙江省人民政府（浙政函[2003]77号）批复同意宁波市鄞州区部分行政区划调整：（1）撤销茅山镇建制，与姜山镇合并。新的姜山镇辖74个行政村、3个居民区，镇政府环镇北路11号（原姜山镇政府驻地）。（2）撤销杖锡乡建制，并入章水镇。调整后，章水镇辖51个行政村、1个居民区，镇政府驻地不变（振兴东路111号）。（3）邱隘镇划出钱家、梅墟、大漕、大池、庄前、上王、姜陇、龙山、涂田张、潭头河、徐家洼、方家桥、宝桥金、澳家桥、滕园等15个行政村。调整后，邱隘镇辖20个行政村、3个居民区，镇政府驻地不变（人民北路2号）。（4）撤销钟公庙镇、下应镇、石碶镇，以及将邱隘镇1个居民区、15个行政村改由鄞州区政府直辖。 5月26日，宁波市人民政府（甬政发[2003]45号）批复同意：（1）组建钟公庙街道，管理原钟公庙镇及原下应镇划入的顾家等6村，共10居、29村，驻钟公庙路115号。（2）组建下应街道，管理原下应镇所余3居、36村，驻下应大道1号。（3）组建石碶街道，管理原石碶镇4居、20村，驻石碶北路食品街1号。（4）设立梅墟街道，管理原邱隘镇的1居、15村（即原来的梅墟工业区），驻梅墟村。
2003年6月13日，鄞州区人民政府（鄞政发[2003]48号）批复同意部分行政区划调整：一、撤销钟公庙镇建制，原钟公庙镇行政区域划入地处鄞县大道以南原下应镇的顾家、林家、六村、里段、外段、大河沿6个村地域（该6个村的村委会已迁至原下应镇的东裕新村，区划调整后行政村管理属下应街道），组建钟公庙街道。钟公庙街道面积39平方千米，常住人口43222人，其中非农人口27006人，辖10个居民区、29个行政村。街道办事处驻地钟公庙路115号。二、撤销下应镇建制，原下应镇行政区域划出地处鄞县大道以南原下应镇现建为宁波市高教园区的顾家、林家、六村、里段、外段、大河沿6个村地域，组建下应街道。下应街道面积26平方千米，常住人口55622人，其中非农人口35621人，辖3个居民区、36个行政村。街道办事处驻地下应大道1号。三、撤销石碶镇建制，在原石碶镇行政区域，组建石碶街道。石碶街道面积34平方千米，常住人口41815人，其中非农人口19053人，辖4个居民区、20个行政村。街道办事处驻地石碶北路食品街1号。四、设置梅墟街道。从邱隘镇划出钱家、梅墟、大漕、大池、庄前、上王、姜陇、龙山、涂田张、潭头河、徐家洼、方家桥、宝桥金、澳家桥、滕园15个村，组建梅墟街道。梅墟街道面积为15平方千米，常住人口15039人，其中非农人口1726人，辖1个居民区、15个行政村。街道办事处驻地梅墟村。五、调整邱隘镇行政区域。原邱隘镇划出钱家、梅墟、大漕、大池、庄前、上王、姜陇、龙山、涂田张、潭头河、徐家洼、方家桥、宝桥金、澳家桥、滕园15个村，形成新的邱隘镇行政区域，面积24平方千米，常住人口37957人，其中非农人口19054人，辖3个居民区、20个行政村。镇政府驻地不变。六、撤销杖锡乡、章水镇建制，以原杖锡乡、章水镇区域组建新的章水镇。新章水镇面积为146平方千米，常住人口29409人，其中非农人口2533人，辖1个居民区、51个行政村。镇政府驻地樟村振兴东路111号。七、撤销茅山镇、姜山镇建制，以原茅山镇、姜山镇区域组建新的姜山镇。新姜山镇面积为85平方千米，常住人口73196人，其中非农人口12463人，辖3个居民区、74个行政村。镇政府驻地姜山环镇北路11号。 行政区划调整后，鄞州区辖4个街道、17个镇、1个乡：钟公庙街道、下应街道、石碶街道、梅墟街道；高桥镇、集仕港镇、横街镇、古林镇、邱隘镇、鄞江镇、瞻岐镇、章水镇、五乡镇、姜山镇、云龙镇、东钱湖镇、东吴镇、横溪镇、塘溪镇、咸祥镇、洞桥镇；龙观乡。其中：梅墟街道委托宁波市科技园区管委会管理，东钱湖镇委托宁波市东钱湖旅游度假区管委会管理。钟公庙、下应、石碶和梅墟4个街道组成中心城区，面积101平方千米，人口15.75万。