今淳安县包括原遂安县。两县均建置于208年，为划歙县东乡、南乡而设，时称始新县和新定县。新定县于280年改名遂安县。始新县名几经更迭，于1131年定名淳安县。1958年10月，撤销遂安县，并入淳安县。
2000年第五次人口普查，淳安县总人口382347人，其中：千岛湖镇58065人、文昌镇10653人、茶园镇1051人、临岐镇18380人、威坪镇21344人、唐村镇11528人、姜家镇10904人、梓桐镇16706人、汾口镇33914人、中洲镇14452人、大墅镇12962人、枫树蛉镇10969人、星商乡8127人、金峰乡4705人、富溪乡3539人、富文乡6480人、淡竹乡2040人、许源乡2403人、桐子坞乡2793人、左口乡5971人、汪宅乡4447人、屏门乡11071人、瑶山乡8850人、光昌乡5805人、叶家乡11975人、王阜乡9529人、严家乡5189人、宋村乡5614人、鸠坑乡3795人、南赋乡3319人、浪川乡16157人、郭村乡10343人、东亭乡4116人、龙源乡5995人、百亩畈乡4752人、安阳乡9715人、白马乡4689人。2000年末，全县人口44.93万人，辖25个乡、12个镇，899个行政村、16个居委会。
2001年8月10日，浙政函[2001]152号批复同意淳安县部分行政区划调整：撤销茶园镇、富溪乡建制，合并设立石林镇。石林镇辖17村，驻富德村（原富溪乡址）。撤销东亭乡、桐子坞乡建制，合并设立界首乡。界首乡辖31村，驻姚家村（原东亭乡址）。撤销龙源乡、百亩畈乡建制，合并设立横沿乡。横沿乡辖28村，驻龙源村（原龙源乡址）。撤销许源乡建制，与里商乡合并。里商乡辖31村，驻里阳村（原址）。撤销南赋乡建制，与鸠坑乡合并。鸠坑乡辖23村，驻中联村（原南赋乡址）。撤销淡竹乡建制，并入千岛湖镇。千岛湖镇辖34村、12居，驻骑龙巷22号（原址）。撤销叶家乡，并入威坪镇。威坪镇辖67村、1居，驻兴华街321号（原址）。2001年末，淳安县辖12个镇、18个乡：千岛湖镇、临岐镇、威坪镇、姜家镇、汾口镇、大墅镇、唐村镇、梓桐镇、中洲镇、文昌镇、石林镇、枫树岭镇、屏门乡、浪川乡、安阳乡、王阜乡、郭村乡、里商乡、金峰乡、瑶山乡、光昌乡、宋村乡、鸠坑乡、严家乡、白马乡、左口乡、汪宅乡、富文乡、界首乡、横沿乡。共有16个居民区、899个行政村。
2002年末，全县总面积4452平方千米，人口45.11万人。辖12个镇、18个乡，16个居民区、899个行政村。2003年末，淳安县人口45.14万人，辖12个镇、18个乡，8个社区、5个居民区、899个行政村。
2004年1月18日，浙政函[2004]13号批复同意横沿乡政府驻地由龙源村迁至横沿村。2004年末，淳安县辖12个镇、18个乡，10个社区、2个居民区、899个行政村。2005年末，全县总人口45.3万人，共有10个社区、2个居民区、898个行政村。
千岛湖镇面积284平方千米，人口76339人，镇政府驻骑龙巷22号，辖8个社区、34个行政村。文昌镇面积198平方千米，人口11326人，镇政府驻潭头村，辖29个行政村。石林镇面积144平方千米，人口4762人，镇政府驻富德村富德44号，辖17个行政村。临岐镇面积222平方千米，人口19691人，镇政府驻鱼市街51号，辖38个行政村。威坪镇面积201平方千米，人口41013人，镇政府驻兴华街321号，辖1个社区、67个行政村。唐村镇面积100平方千米，人口14236人，镇政府驻兴唐街3号，辖26个行政村。姜家镇面积120平方千米，人口13403人，镇政府驻郁川街10号，辖1个居民区、33个行政村。梓桐镇面积156平方千米，人口19665人，镇政府驻府前街8号，辖38个行政村。汾口镇面积122平方千米，人口40063人，镇政府驻杨旗街17号，辖1个社区、72个行政村。中洲镇面积166.33平方千米，人口19645人，镇政府驻中洲街518号，辖42个行政村。大墅镇面积163平方千米，人口15335人，镇政府驻府前路11号，辖38个行政村。枫树岭镇面积200平方千米，人口12754人，镇政府驻枫林前街43号，辖43个行政村。里商乡面积276平方千米，人口11731人，乡政府驻里阳村，辖1个居民区、31个行政村。金峰乡面积150平方千米，人口6084人，乡政府驻塘畈村，辖23个行政村。富文乡面积151平方千米，人口8257人，乡政府驻富文村，辖18个行政村。左口乡面积96平方千米，人口6876人，乡政府驻显后村，辖16个行政村。汪宅乡面积72平方千米，人口5012人，乡政府驻茂畈村，辖12个行政村。屏门乡面积163平方千米，人口12739人，乡政府驻屏门村8号，辖32个行政村。瑶山乡面积128平方千米，人口9444人，乡政府驻何家村40号，辖20个行政村。光昌乡面积120平方千米，人口6780人，乡政府驻塘边村，辖8个行政村。王阜乡面积106平方千米，人口12014人，乡政府驻郑中村149号，辖28个行政村。严家乡面积62平方千米，人口6077人，乡政府驻大社村村，辖16个行政村。宋村乡面积85平方千米，人口6934人，乡政府驻史里村67号，辖21个行政村。鸠坑乡面积104平方千米，人口8267人，乡政府驻中联村64号，辖23个行政村。浪川乡面积109平方千米，人口19817人，乡政府驻大联村碣头，辖36个行政村。郭村乡面积107平方千米，人口12659人，乡政府驻上郭村，辖25个行政村。界首乡面积121平方千米，人口8775人，乡政府驻姚家村130号，辖31个行政村。横沿乡面积115平方千米，人口14389人，乡政府驻横沿村，辖29个行政村。安阳乡面积146平方千米，人口11484人，乡政府驻虎山坪21号，辖31个行政村。白马乡面积108.7平方千米，人口5733人，乡政府驻白马村黄公山，辖21个行政村。（根据杭州地名网资料整理，约2005年资料）
2006年6月19日，浙江省政府（浙政函[2006]68号）批复同意淳安县部分行政区划调整：撤销汪宅乡建制，与千岛湖镇合并。调整后的千岛湖镇辖46个行政村、8个社区，镇政府驻地不变（骑龙巷22号）。 撤销横沿乡建制，与汾口镇合并。调整后的汾口镇辖101个行政村、1个社区，镇政府驻地不变（杨旗街17号）。 撤销唐村镇建制，与威坪镇合并。调整后的威坪镇辖93个行政村、1个社区，镇政府驻地不变（兴华街321号）。 撤销郭村乡建制，与姜家镇管辖。调整后的姜家镇辖58个行政村、1个居民区，镇政府驻地不变（郁川街10号）。 撤销白马乡建制，其行政区域划归枫树岭镇管辖。调整后的枫树岭镇辖64个行政村，镇政府驻地不变（枫岭前街43号）。 撤销严家乡建制，其行政区域划归王阜乡管辖。调整后的王阜乡辖44个行政村，乡政府驻地不变（郑中村）。 撤销光昌乡建制，其中塘边、石岭后、雌龙源、雄龙源、龙源庄等5个行政村并入左口乡，富山、杨岸、光昌边等3个行政村并入文昌镇。调整后，左口乡辖21个行政村，乡政府驻地不变（显后村）；文昌镇辖32个行政村，镇政府驻地不变（潭头村）。 此次行政区划调整后，淳安县辖千岛湖、石林、文昌、临岐、威坪、姜家、梓桐、汾口、中洲、大墅、枫树岭共11个镇和里商、富文、左口、金峰、屏门、瑶山、鸠坑、王阜、宋村、浪川、界首、安阳共12个乡。
2007年6月12日，浙政函[2007]78号批复同意左口乡政府驻地由显后村迁至下山村。2007年末，淳安县辖11个镇、12个乡：千岛湖镇、文昌镇、石林镇、临岐镇、威坪镇、姜家镇、梓桐镇、汾口镇、中洲镇、大墅镇、枫树岭镇、里商乡、金峰乡、富文乡、左口乡、屏门乡、瑶山乡、王阜乡、宋村乡、鸠坑乡、浪川乡、界首乡、安阳乡。县政府驻千岛湖镇新安北路18号。