2000年第五次人口普查，萧山市总人口1233348人，其中：城厢镇256042人、楼塔镇22889人、河上镇25643人、戴村镇24016人、浦阳镇28560人、进化镇31621人、临浦镇54117人、义桥镇20417人、所前镇22558人、衙前镇33285人、闻堰镇25984人、宁围镇76124人、新街镇58084人、坎山镇48496人、瓜沥镇69564人、党山镇44143人、益农镇41723人、靖江镇33812人、南阳镇36254人、义盛镇30637人、河庄镇43254人、党湾镇37744人、新湾镇20743人、头蓬镇23520人、新塘乡19138人、来苏乡15211人、石岩乡12912人、许贤乡24560人、云石乡9731人、欢潭乡10851人、前进乡9917人、萧山东片农场3418人、萧山西片农场13152人、萧山围垦区5228人。2000年末，全市人口114.19万人。辖24个镇、7个乡，151个居委会、743个行政村。
2001年7月24日，浙政函[2001]141号批复同意杭州市萧山区部分行政区划调整：撤销义盛镇建制，与头蓬镇合并。头蓬镇辖25村、2居，驻蜜蜂村（原址）。撤销云石乡建制，并入戴村镇。戴村镇辖51村、1居，驻后郑村（原址）。撤销许贤乡建制，并入义桥镇。义桥镇辖50村、5居，驻东方路（原址）。撤销欢潭乡建制，并入进化镇。进化镇辖55村，驻上盈湖畈（原址）。撤销前进乡建制，并入新湾镇。新湾镇辖25村、1居，驻盛绫路（原址）。撤销来苏乡建制，并入所前镇。所前镇辖38村、1居，驻塘下金村（原来苏乡址）。撤销城厢镇、石岩乡、新塘乡建制，改由萧山区政府直辖并调整设立若干街道。7月25日，杭政发[2001]158号批复：设立萧山区城厢街道办事处，管理原城厢镇西部69居、3村，驻文化路138号。设立萧山区北干街道办事处，管理原城厢镇北部14居、9村，驻俞家潭。设立萧山区蜀山街道办事处，管理原城厢镇南部和原石岩乡2居、32村，驻鲁公桥村。设立萧山区新塘街道办事处，管理原城厢镇东部和原新塘乡7居、37村，驻塘里陈村。调整后，萧山区城厢、北干、蜀山、新塘4个街道和楼塔、河上、戴村、义桥、所前、浦阳、进化、临浦、新街、宁围、闻堰、衙前、瓜沥、党山、坎山、益农、党湾、新湾、义蓬、靖江、南阳、河庄22个镇，共有155个居民区、739个行政村。
2002年末，全区总面积1163平方千米，人口114.96万人，辖22个镇、4个街道，88个居委会、739个行政村。2003年末，全区共有60个社区、31个居民区、739个行政村。2004年末，全区共有79个社区、12个居民区、739个行政村。
2006年1月27日，浙江省人民政府（浙政函[2006]20号）批复同意杭州市萧山区部分镇行政区划调整：调整河庄镇行政区域。将委托萧山围垦指挥部管理的东至十工段、南接河庄镇、西至四工段、北临钱塘江，面积为29.81平方千米的区域划归河庄镇。调整后的河庄镇辖20个行政村，镇政府驻地不变（同二村）。调整益农镇行政区域。将委托萧山区农业对外综合开发办管理的东临钱塘江、东南界绍兴县、南接益农镇、西交农垦一场、北至外十三工段横河，面积为26.4平方千米的区域划归益农镇。调整后，益农镇辖19个行政村，镇政府驻地不变（东沙村）。
2007年7月13日，浙政函[2007]96号批复同意杭州市萧山区部分行政区划调整：一、调整新湾镇行政区划。将萧山区第一农垦场、萧山区第二农垦场区域划归新湾镇，其四至范围为：东临省水利围垦综合开发一场，南接益农、党湾两镇，西倚义蓬镇，北靠河庄镇，调整合，新湾镇辖17个行政村、1个社区，镇政府驻地不变（新宏路38号）。二、调整宁围镇行政区划。将萧山区钱江农场区域划归宁围镇，其四至范围为：东临新街镇，南接北干街道，西倚滨江区西兴街道，北靠军垦农场。调整后，宁围镇辖15个行政村、7个社区，镇政府驻地不变（振宁路228号）。三、调整新街镇行政区划。将萧山区红垦农场区域划归新街镇，其四至范围为：东临坎山镇，南接衙前镇、新塘街道，西倚宁围镇，北靠钱塘江，东北与红山农场相连。调整后，新街镇辖15个行政村、4个社区，镇政府驻地不变（府前路1号）。四、调整闻堰镇行政区划。将萧山区湘湖农场区域划归闻堰镇，其四至范围为：东临蜀山街道，南接义桥镇，西倚钱塘江，北靠滨江区浦沿、长河街道。调整后，闻堰镇辖6个行政村、1个社区，镇政府驻地不变（风情大道3368号）。（注：钱江农场、红垦农场实际由萧山经济技术开发区管理）
2009年8月23日，萧山区宣布对大江东新城行政区域进行区划调整。撤销靖江、南阳、河庄、义蓬、新湾5镇，设立靖江、南阳、河庄、义蓬、新湾、临江和前进7个街道（浙政函[2009]110号，杭政函[2009]141号）。此次行政区划调整后，萧山区从4个街道、22个镇调整为11个街道、17个镇。
2013年8月28日，《浙江省人民政府关于杭州市萧山区部分行政区划调整的批复》（浙政函[2013]123号）：同意撤销瓜沥镇、坎山镇、党山镇建制，合并设立新的瓜沥镇。该镇辖11个社区、63个行政村，镇政府驻航坞路220号。（杭政函[2013]121号）行政区划调整后，萧山区辖15个镇、11个街道。