1996年，澜沧拉祜族自治县辖2个镇、21个乡：勐朗镇、上允镇、安康佤族乡、文东佤族乡、富东乡、雪林佤族乡、东河乡、大山乡、木戛乡、富帮乡、谦六彝族乡、新城乡、竹塘乡、南岭乡、拉巴乡、东朗哈尼族乡、雅口乡、东回乡、酒井哈尼族乡、惠民哈尼族乡。县政府驻勐朗镇。
2000年第五次人口普查，澜沧拉祜族自治县常住总人口464016人，其中：勐朗镇45278人，上允镇45090人，东朗哈尼族乡20463人，谦六彝族乡20693人，新城乡23850人，东河乡11964人，大山乡20256人，南岭乡22888人，雅口乡20658人，谦迈乡11993人，酒井哈尼族乡12740人，惠民哈尼族乡14614人，东回乡14635人，拉巴乡13967人，竹塘乡34683人，富邦乡20464人，安康佤族乡12669人，文东佤族乡15233人，富东乡16069人，雪林佤族乡13782人，木戛乡17560人，发展河哈尼族乡14561人，糯福乡16906人。
2000年末，全县辖勐朗、上允2个镇和东朗、东回、拉巴、谦六、新城、东河、大山、南岭、雅口、谦迈、酒井、惠民、竹塘、富邦、安康、文东、富东、雪林、木戛、发展河、糯福21个乡（其中民族乡8个），下设157个村民委员会。总人口46.46万人，其中农业人口40.64万人，非农业人口5.82万人。县内居住着拉祜、汉、佤、哈尼等民族，少数民族人口35.89万人，占总人口的77.3%，其中主体民族拉祜族19.85万人，占总人口的42.7%。
2001年8月29日，经云南省人民政府批准，雅口乡更名为糯扎渡乡。2001年末，全县辖2个镇、13个乡、8个民族乡：勐朗镇、上允镇、富邦乡、大山乡、新城乡、拉巴乡、糯扎渡乡、糯福乡、竹塘乡、富东乡、木戛乡、东河乡、南岭乡、东回乡、谦迈乡、酒井哈尼族乡、发展河哈尼族乡、文东佤族乡、雪林佤族乡、惠民哈尼族乡、东朗哈尼族乡、安康佤族乡、谦六彝族乡。
2006年，撤销勐郎镇、东郎哈尼族乡和谦迈乡，设立新的勐朗镇，新设立的勐朗镇管辖原勐朗镇、东朗哈尼族乡管辖的行政区域范围和原谦迈乡看马山、布老、包麦地3个村委会，镇政府驻地不变；撤销糯扎渡乡，设立糯扎渡镇，新设立的糯扎渡镇管辖原糯扎渡乡管辖的行政区域范围和原谦迈乡竜山、谦迈、落水洞3个村委会，镇政府驻原糯扎渡乡政府驻地；撤销新城乡，其行政区域并入谦六彝族乡，谦六彝族乡政府驻地不变（省政府2006年1月20日批准）。调整后，全县辖3个镇、17个乡（其中7个民族乡）：勐朗镇、上允镇、糯扎渡镇、谦六彝族乡、东河乡、大山乡、南岭乡、酒井哈尼族乡、惠民哈尼族乡、东回乡、拉巴乡、竹塘乡、富邦乡、安康佤族乡、文东佤族乡、富东乡、雪林佤族乡、木戛乡、发展河哈尼族乡、糯福乡，以及勐根农场。共有3个居委会、155个行政村。县政府驻勐朗镇。
2010年第六次人口普查，澜沧拉祜族自治县常住总人口491884人，其中：勐朗镇86877人，上允镇44918人，糯扎渡镇29703人，发展河哈尼族乡15483人，谦六彝族乡48090人，糯福乡18529人，东河乡14771人，大山乡15980人，南岭乡24059人，雪林佤族乡14158人，木戛乡16180人，酒井哈尼族乡13716人，惠民哈尼族乡17303人，东回乡15380人，拉巴乡14636人，竹塘乡35766人，富邦乡21828人，安康佤族乡13236人，文东佤族乡14517人，富东乡16754人。
2012年末，云南省政府批复同意撤销东回乡，设立东回镇（云政复[2012]82号）；撤销惠民哈尼族乡，设立惠民镇（云政复[2012]83号）。调整后，全县辖5个镇、15个乡（其中6个民族乡）：勐朗镇、上允镇、糯扎渡镇、惠民镇、东回镇、谦六彝族乡、东河乡、大山乡、南岭乡、酒井哈尼族乡、拉巴乡、竹塘乡、富邦乡、安康佤族乡、文东佤族乡、富东乡、雪林佤族乡、木戛乡、发展河哈尼族乡、糯福乡。