元江，古属西南夷地，称“西南荒裔”；夏商周时名惠笼甸，属梁州地；两汉时期，属益州郡胜休县地。蜀汉、西晋时名罗槃甸，属兴古郡地；隋、唐时名步头，属黎州地；唐南诏时期称惠笼甸，属银生节度。宋大理时名因远部、罗必甸，属威远睑治地，属威楚府；元至元元年（1264）名罗槃部，属元江路治地，至元二年（1265）改为元江府，元至元十三年（1276），立元江万户府，至元二十五年（1288）改设元江路。明洪武十五年（1382）改设元江府，永乐四年（1406）升为元江军民府。下辖奉化州、恭顺州（今墨江）、步日部、普日思么甸长官司（今普洱）等地。
清初袭明制，称元江军民府，辖恭顺、奉化2州。顺治十八年（1661）元江军民府改为元江府。裁恭顺、奉化二州，并析省属之车里宣慰司划入元江府。雍正七年（1729）7月，析车里宣慰司划归普洱府。雍正八年（1730）7月，元江府属迤东道。雍正十年（1732）3月于他郎寨（旧恭顺州地）置他郎厅，析临安府属之新平县划入元江府。雍正十三年（1735）10月，析元江府属善政里、猪山者、鬼布林腊猛三乡及上下猛面、猛松、左戛、磨铺萨等寨往属于普洱府。乾隆三十一年（1766）10月，元江府改属迤南道。乾隆三十五年（1770）2月，改为元江直隶州，并析他郎厅划归普洱府，元江州仍属迤南道。至清末，元江直隶州下辖新平县。
民国2年（1913）4月，元江州改设元江县，同年迤南道改为滇南道，元江县属之。民国三年（1914），滇南道改为普洱道，元江县属之。民国18年（1929），废道直属省。民国28年（1939）2月8日，云南省民政厅批准：将墨江县插入元江的哈角、岔洞两村划归元江县，将元江县插入墨江的哥兰大田划归墨江县。民国31年（1942），元江县属云南省第三行政督察区（驻建水县）。民国37年（1948），元江县属云南省第六行政督察区（驻新平县）。
1949年8月成立元江县临时人民政府，属蒙自专区。1954年7月20日，云南省人民政府报告备案：蒙自专区的元江县划归玉溪专区。1970年，玉溪专区改为玉溪地区，元江县属之。1979年12月26日，国务院批准：撤销元江县，设立元江哈尼族彝族傣族自治县。1980年11月22日，元江哈尼族彝族傣族自治县正式挂牌成立。1984年12月5日，国务院【国函字169号】批复：将红河县哈阿乡梅普村划归元江哈尼族彝族傣族自治县管辖。1997年12月13日，玉溪撤地设市，元江县属地级玉溪市。
1997年，全县面积2858平方千米，人口约18.5万人，哈尼、彝、傣等少数民族占74%。辖3镇8乡：澧江镇、青龙厂镇、因远镇、东峨乡、龙潭乡、羊岔街乡、大水平乡、洼垤乡、咪哩乡、羊街乡、那诺乡。县政府驻澧江镇。
？年，东峨撤乡设镇。2000年2月25日，云政复[2000]37号撤销同意元江县澧江镇、大水平乡，合并设立澧江镇。至此，全县辖4个镇、6个乡：澧江镇、因远镇、青龙厂镇、东峨镇、羊岔街乡、羊街乡、那诺乡、洼垤乡、咪哩乡、龙潭乡。
2000年第五次人口普查，元江哈尼族彝族傣族自治县常住总人口199931人，其中：澧江镇54790人，因远镇26666人，青龙厂镇22975人，东峨镇20000人，羊岔街乡10799人，羊街乡16601人，那诺乡15689人，洼垤乡10831人，咪哩乡13607人，龙潭乡7973人。
2000年末，全县共辖澧江、因远、东峨、青龙厂4个镇，洼垤、龙潭、羊街、那诺、咪哩、羊岔街6个乡和甘庄、红河、红光、元江4个农场；72个村委会、1个居委会。全县总人口192809人，其中少数民族人口151793人，占总人口的78.7%。主体民族哈尼族、彝族、傣族人口分别为78119人、42721人、23689人，分别占总人口的40.52%、22.16%、12.29%。人口密度为每平方千米67人。
2002年10月24日，元江县人民政府关于撤销县城社区村（居）委会的批复：一、同意撤销澧江镇澧江村委会。二、同意撤销澧江镇居委会。三、同意撤销澧江镇漫林村委会。四、同意调整澧江镇大水平村委会的大路新寨、高坎、双高、新村、西门村等五个村民小组。五、上述各村（居）民小组的村（居）民，按照划定的社区地域界限由社区管理。
2006年，元江哈尼族彝族傣族自治县总面积2858平方千米。总人口21.09万人。辖4个镇、6个乡：澧江镇、因远镇、青龙厂镇、东峨镇、羊岔街乡、羊街乡、那诺乡、洼垤乡、咪哩乡、龙潭乡。元江农场、红光农场、红侨农场、甘庄农场在县境内。县政府驻澧江镇。
2010年第六次人口普查，元江哈尼族彝族傣族自治县常住总人口217399人，其中：澧江镇72853人，因远镇27853人，青龙厂镇24966人，东峨镇16921人，羊岔街乡11718人，羊街乡16888人，那诺乡15095人，洼垤乡10045人，咪哩乡14047人，龙潭乡7013人。
2011年，撤销澧江镇，设立澧江街道和红河街道，原澧江镇所辖澧江、江东、玉河、红侨等4个社区和那整、龙潭、南洒、南昏、莫郎等5个行政村行政区域划入新设立的澧江街道；原澧江镇所辖红河社区、凤凰社区、大水平行政村、桥头行政村行政区域划入新设立的红河街道；撤销青龙厂镇，设立甘庄街道，原青龙厂镇的行政区域为甘庄街道的行政区域；撤销东峨镇、羊岔街乡，设立曼来镇，管辖原东峨镇、羊岔街乡和红光农场行政区域，镇政府驻红光社区。调整后，元江县辖3个街道、2个镇、5个乡：澧江街道、红河街道、甘庄街道、因远镇、曼来镇、羊街乡、那诺乡、洼垤乡、咪哩乡、龙潭乡。县政府驻澧江街道。