据《今县释名》：“汉武帝时，彩云见于白厓，县在其南，因名云南。”后改今名，取“吉祥的云南”之意。汉武帝元封二年（前109）置云南县，属益州郡。东汉永平十二年（69）为云南县，属永昌郡。三国蜀汉建兴三年（225）置云南郡，郡治设今云南驿，与县同治。云南郡辖云南（今祥云、弥渡）、蜻蛉（今永仁及大姚北部）、弄栋（今大姚南部及姚安）、姑复（今华坪）、遂久（今永胜、丽江）、邪龙（今巍山、漾濞、南涧）、叶榆（今大理、剑川、洱源、鹤庆）7县，隶属益州庲降都督府地。
晋初改庲降都地置宁州，云南郡属宁州。西晋泰始六年270），云南郡领县增加云平、永宁两县，一共9县。永嘉五年（310）分云南郡之叶榆县设东河阳郡。建始年间又分云南郡之蜻蛉，弄栋2县归兴宁郡，至此云南郡领云南、东姑复、西姑复（遂久县）、云平、邪龙5县。咸和八年（333）蜀李雄占据宁州，立建宁国，云南郡属建宁国。建元元年（343），李氏置汉州，云南郡属汉州，东晋后期长期纷乱，西南爨氏乘机霸占南中（西南地区），自袭宁州刺史，历晋末，南、北朝至隋初，袭西晋旧制，云南郡属爨西地。隋开皇初爨氏降，三年（583）废郡，设南宁州总管府，云南县隶之。十七年（597）爨氏叛，太平史万岁征剿，兵达并平定爨氏地，县境未设治，时张乐进求居其地，称“云南国诏西二河侯”。
唐初置5州领15县，唐武德四年（621）置西宗州，州治设云南驿，领宗居（云南驿）、河西（今普淜）、石塔（县址不详）3县，隶属南宁总管府。贞观六年（632）置南宁总管府，更置戎州都督府，西宗州隶之。十一年（637）西宗州去“西”字，称“宗州”。麟德元年（664）分戎州地置姚州都督府，西宗州属姚州。武德四年（621）置髳州，领濮水（米甸）、歧星（楚场）、铜山（乔甸）、蜻蛉（大姚）4县，先后属南宁总管府，戎州、姚州都督府。武德七年（624）置云南州，州治设今旧站村西。贞观三年（629）改匡州，领勃弄（弥渡）、匡川、永平3县。先后属南宁州、戎州、姚州。永徽年间置镜州，州治设今高官铺，领夷郎、宾唐、溪琳、琮连、池临、野并6县，属戎州。麟德元年（664）置波州，州治设今县城南外，领县不清，属姚州都督府。天宝九年（750），南诏尽占姚州都督府地，废唐设置，筑云南城于云南驿。贞元年间南诏国设云南节度于云南城。辖今楚雄州西北部与大理东部地区。元和元年（806）废云南节度，以其东北部置弄栋节度，西部（今县境）置云南（今下川坝）、品甸（今城川坝）两赕。两赕建置经南诏、大长和、大天兴、大义宁、大理五国，历唐、南北两朝至宋亡共449年时间。
宋大理国为云南睒、品赕属大理。元宪宗六年（1256），县境内立品甸千户所，属大理下万户府。至元十三年（1276）品甸千户所改为云南州，隶属大理路；同时设十二关防送千户所于米甸楚场地，属大理路。明洪武十五年（1382）降云南州为云南县，隶大理府之赵州（今大理市凤仪）；改元置十二关防送千户所为十二长官司，隶大理府。同年，改品甸赕为洱海卫，云南县城从现云南驿迁至到现祥云城，县卫合一并建洱海卫城（今祥云城）。弘治二年（1489）设你甸（今米甸）、楚场、安南坡（今下庄安南关）3巡检司，直属大理府，同时于云南驿设土驿丞。崇祯八年（1635）析县辖楚场里于米甸设德昌县。清初沿明制，为云南县属大理府。顺治十六年（1659）裁德昌县。康熙五年（1666）裁你甸、楚场、安南坡3巡检司和云南驿土丞。康熙九年（1670）9月，置永昌守备道，大理府为其驻地。雍正八年（1730）7月改永昌守备道为迤西道，仍治大理府。
民国2年（1913），迤西道改为滇西道，云南县属滇西道。民国三年（1914），滇西道改为腾越道，云南县隶属之。民国7年（1918），因县名与省同，改称祥云县。民国18年（1929）废道，祥云县直属省。民国21年（1932），全省设12个政务视察区，祥云属第四区。民国23年（1934），省政务视察区增加为16个，祥云改属第十二区。民国24年（1935）视察区减为7个，祥云又改属第四区。民国27年（1938）视察区又恢复为16个，祥云改属第十一区。民国37年（1948），祥云县属云南省第八行政督察区（驻姚安县）。