民国35年（1946），云南省第二区行政督察专员公署改称云南省第四区行政督察专员兼保安司令公署，除麻栗坡对汛督办署属省辖外，辖区未变。民国36年（1947）6月，第四行政督察区辖砚山、文山、马关、西畴、广南、富宁6县（驻砚山县）；丘北县属第三行政督察区（驻弥勒县）；屏边县属第五行政督察区（驻建水县）。1949年2月，广南、西畴、马关3县建立县人民民主政权；3月，成立马列坡县人民民主政权；4月，文山、砚山、丘北3县建立县人民民主政府；6月，富宁县成立县人民民主政府；12月，河口县城解放，成立县人民民主政府。6月，于西畴县西洒成立滇东南行政专员公署。
1950年1月7日，文山县城解放，滇东南行政专员公署进驻文山县城；3月，改称文山专区专员公署；1950年5月31日政务院批准：撤销麻粟坡对讯督办区，设立麻粟坡市（1950年6月10日云南省人民政府批准）。文山专区辖麻栗坡市及文山、砚山（驻江那镇）、丘北、广南、富宁、西畴（驻西洒镇）、马关等7县，专署驻文山县。1955年1月3日，国务院批准：麻粟坡市改为麻粟坡县，县等列为丙等，由文山专署领导监督。文山专区辖8县。
1957年5月24日，国务院全体会议第49次会议决定：设置文山僮族苗族自治州，撤销文山专员公署。自治州的行政区域为原文山专区的文山、砚山、丘北、广南、富宁、西畴、马关、麻栗坡等8县，自治州人民委员会驻文山县城。文山州于1958年4月1日正式成立。1960年9月13日国务院全体会议第103次会议通过：撤销砚山县，将原砚山县的行政区域并归文山县，治所文山城（1958年10月撤并）；撤销麻栗坡县，将原麻栗坡县的行政区域并归西畴县，治所西畴兴街（1958年11月撤并）。全州共辖6个县。1962年3月27日国务院全体会议第115次会议决定：恢复砚山县，以合并于文山县的原砚山县行政区域为砚山县的行政区域（1961年8月分置）；恢复麻粟坡县，以合并于西畴县的原麻粟坡县行政区域为麻粟坡县的行政区域（1961年10月分置）。全州辖8个县。
1965年10月12日国务院批复：文山僮族苗族自治州改为文山壮族苗族自治州，自治州仍驻文山县，辖文山、广南、西畴（驻西洒公社）、麻栗坡（驻麻栗坡镇）、马关（驻马白公社）、丘北、砚山（驻江那镇）、富宁等8县。1967年“文化大革命”期间实行军事管制，州军事管制委员会取代州人民委员会；8月先后成立县军事管制委员会，取代县人民委员会。1968年9月，经云南省革命委员会批准，成立文山壮族苗族自治州革命委员会，各县也相继成立革命委员会。1980年11月25日，文山州第七届人民代表大会第一次会议，根据地方各级人民政府组织法规规定，将文山壮族苗族自治州革命委员会改为文山壮族苗族自治州人民政府（各县也先后恢复县人民政府称谓）至今。
2000年第五次人口普查，文山壮族苗族自治州常住总人口3268553人；其中：文山县429639人，砚山县437508人，西畴县236120人，麻栗坡县267986人，马关县350002人，丘北县434009人，广南县730376人，富宁县382913人。
2005年末，文山州总人口3372278人，比上年增长22613人，其中乡村人口3054219人，少数民族人口1910826人，占总人口的56.7%，少数民族人口数为：壮族1009686人，苗428414人，彝族328614人，瑶族83396人，回族23749人，傣族15376人，布依族6637人，白族7510人，蒙古族4235人，仡佬族1726人。2006年末，文山州辖8个县；43个镇、43个乡、16个民族乡；48个居委会、899个行政村。
2010年第六次人口普查，文山壮族苗族自治州常住总人口3517946人，其中：文山县481505人，砚山县463261人，西畴县255286人，麻栗坡县277960人，马关县367507人，丘北县477441人，广南县787449人，富宁县407537人。
2010年12月2日，《民政部关于同意云南省撤销文山县设立文山市的批复》（民函[2010]295号）：经国务院批准，同意撤销文山县，设立文山市（县级），以原文山县的行政区域为文山市的行政区域。文山市人民政府驻开化镇。
2014年，文山市平坝镇、马塘镇，砚山县平远镇、稼依镇、阿猛镇，西畴县兴街镇，麻栗坡县天保镇、董干镇，马关县八寨镇、都龙镇，广南县八宝镇、珠琳镇，富宁县剥隘镇、田蓬镇共14个镇被列为全国重点镇。