1949年12月滇南人民行政公署在建水成立，次年2月改称蒙自区行政督察专员公署，3月迁到蒙自，12月又改为云南人民政府蒙自区专员公署，简称蒙自专区。1950年1月27日，设立红河县，其辖区为：元江县的迤萨、大兴、骑马3个乡；石屏县的思陀、瓦渣、左能、落恐、上方容、下方容6个乡；建水县永平（又名溪处）三猛、哈播、曼车独立保等土司管区。1950年1月27日：设立新民县，其辖区为：建水县在红河两岸的水乐乡、猛弄乡、太和乡、瑞云乡、六和乡、敦厚镇、崇安乡的一个保和五亩、五帮2个独立保；个旧县在红河两岸的和邻乡；蒙自县在红河两岸的纳更镇、稿吾镇。1950年5月31日，政务院批准：撤销河口对讯督办区，设立河口市（1950年6月10日云南省人民政府批准）。蒙自专区辖河口市及蒙自、屏边、开远、个旧、金平、建水、石屏、曲溪、元江、红河、新民、龙武12个县，专区驻蒙自县；个旧市属云南省直辖。
1951年1月10日政务院批准：撤销红河县，设立红河县爱尼族自治区（县级）。1951年3月24日，政务院批准时新民县改为元阳县。同年撤销龙武县，设立龙武设治区。蒙自专区辖1市、9县、1自治区、1设治区；个旧市属云南省直辖。1952年11月21日，政务院批准：撤销龙武设治区，设立龙武县（1955年12月30日实施）。1953年，撤销红河县爱尼族自治区，设立红河县。
1953年11月28日，政务院批准：设立红河哈尼族彝族自治区（地级），辖蒙自专区的元阳县（驻新街）、金平县、红河县（驻迤萨），驻地元阳县新街（1954年1月1日成立）。蒙自专区辖1市8县；红河哈尼族自治区辖3县；个旧市属云南省直辖。1954年6月12日，政务院批准：撤销宜良专区，弥勒彝族自治区（县级）划归蒙自专区。同年7月20日，云南省人民政府报告备案：蒙自专区的元江县划归玉溪专区。蒙自专区辖1市、7县、1自治区；红河哈尼族自治区辖3县；个旧市属云南省直辖。
1955年1月3日，国务院批准：弥勒彝族自治区更名为弥勒彝族自治县。1955年1月3日，国务院批准：河口市改为河口县，县等列为丁等，由蒙自专署领导监督。1956年5月29日，国务院批复：同意在红河哈尼族自治区的六村地区（包括六村、骑马、坝溜、三猛等4个地区）成立六村办事处（县级），作为红河哈尼族自治区人民政府的派出机关，领导六村地区的工作。六村办事处于1955年3月10日正式成立。蒙自专区辖8县、1自治县；红河哈尼族自治区辖3县、1办事处；个旧市属云南省直辖。
1957年7月5日红河哈尼族自治区和蒙自专署两区联合召开各族代表会议，制定了建州方案，通过了合并建州的决议。1957年9月6日国务院全体会议第57次会议决定：设置红河哈尼族彝族自治州，撤销蒙自专区、红河哈尼族彝族自治区。自治州的行政区域为：原蒙自专区所辖蒙自、屏边、河口、石屏、龙武（驻龙朋镇）、曲溪、建水、开远等8县和弥勒彝族自治县；原红河哈尼族彝族自治区所辖的元阳、红河、金平等3县及六村办事处。自治州人民委员会驻蒙自县城。弥勒彝族自治县在建州后改建为弥勒县。红河哈尼族彝族自治州于1957年11月18日成立。红河州辖12个县、1个办事处；个旧市属云南省直辖。
1958年5月29日，国务院全体会议第77次会议决定：设立绿春县，撤销六村办事处，绿春县的行政区域包括原办六村事处的全部行政区域，和金平、元阳2县的部分地区；绿春县驻大兴寨。9月16日，国务院批准：个旧市原属省直辖，现划归红河哈尼族彝族自治州，自治州人民委员会驻地由蒙自县迁至个旧市。9月24日，国务院全体会议第80次会议决定：撤销河口县，设立河口瑶族自治县，自治县的行政区域为原河口县的全部和原屏边县的瑶山瑶族自治区；撤销屏边县，设立屏边苗族自治县，自治县的行政区域为原屏边县除去瑶山瑶族自治区的地区。10月20日，国务院全体会议第81次会议决定：撤销蒙自县，将原蒙自县全部地区划归个旧市；撤销开远县，将原开远县的六区全部和七区的4个乡、五区的1个乡划归文山县，其余地区划归个旧市。红河哈尼族彝族自治州辖1市、9县、2自治县，自治州驻个旧市。
1960年2月16日，国务院全体会议第96次会议通过：设立河口瑶族苗族自治县，撤销河口瑶族自治县、屏边苗族自治县，将原河口瑶族、屏边苗族2自治县的行政区域为河口瑶族苗族自治县的行政区域。9月13日国务院全体会议第103次会议通过：撤销泸西县，将原泸西县的行政区域并归弥勒县；撤销龙武县，将原龙武县的行政区域并归石屏县；撤销曲溪县，将原曲溪县的行政区域并归建水县；恢复原并入个旧市并撤销的开远、蒙自2县建制，其行政区域仍照原撤并前不变，开远、蒙自2县由个旧市领导。红河州辖1市、9县、1自治县。
1961年2月14日，国务院批复：将原由个旧领导的开远、蒙自2县划归红河哈尼族彝族自治州直接领导。1962年3月27日，国务院全体会议第115次会议决定：恢复泸西县（驻中枢镇。原泸西县于1960年属曲靖专区时撤销，并入弥勒县），以合并于弥勒县的原泸西县行政区域为泸西县的行政区域。3月2日，国务院批准：撤销河口瑶族苗族自治县。10月27日，国务院全体会议第117次会议决定：恢复河口瑶族自治县，以合并于河口瑶族苗族自治县的原河口瑶族自治县行政区域为河口瑶族自治县的行政区域（1963年7月11日成立）；恢复屏边苗族自治县，以合并于河口瑶族苗族自治县的原屏边苗族自治县行政区域为的屏边苗族自治县行政区域（1963年7月1日成立）。红河哈尼族彝族自治州辖1个市、10个县、2个自治县。