巴青，藏语意为“大牛毛帐篷”。吐蕃王朝时期称该地为松比东部琼，受象雄郭比诸侯及松比管辖。元代属元朝皇帝任命的霍尔王领有。明代归属四川。清朝为三十九族部落之一，光绪年间，划归西藏地方政府管辖，清中央政府并派有官员驻扎。1941年，西藏地方政府始建巴青宗。
西藏和平解放后，1954年归属昌都地区人民解放委员会管辖。1959年巴青县人民政府成立，县址迁至益塔区。1960年划归那曲地区管辖至今。1964年县址迁至达尔塘。
1996年，巴青县辖12个乡：阿秀乡、本塔乡、巴青乡、高口乡、贡日乡、岗切乡、满塔乡、马如乡（玛如乡）、拉西乡、荣青乡、雅安乡、杂色乡。县政府驻拉西乡达塘地。
2000年第五次人口普查，巴青县常住总人口35895人，其中，拉西乡6253人，荣青乡1481人，贡日乡1378人，满塔乡2543人，本塔乡2578人，阿秀乡2081人，扎赛乡（杂色乡）3456人，雅安乡4042人，巴青乡1667人，马儒乡（玛如乡）4414人，岗切乡3039人，高口乡2963人。
2002年，巴青县由2区，12乡，162村委会调整为3镇、7乡，3居委会、159村委会：拉西镇、雅安镇、杂色镇、江绵乡、巴青乡、贡日乡、玛如乡、阿秀乡、岗切乡、本塔乡。县政府驻拉西镇。
2008年，全县面积1.03万多平方千米，人口4.61万人。
2010年第六次人口普查，巴青县常住总人口48284人，其中，雅安镇4802人，拉西镇8032人，杂色镇9375人，江绵乡5882人，岗切乡4089人，巴青乡2520人，阿秀乡2262人，玛如乡5915人，本塔乡3670人，贡日乡1737人。
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