林芝，藏语意为“娘氏家庭的宝座或太阳的宝座”。解放前曾设则拉宗，基巧宗，隶属西藏嘎厦地方政府。
1959年9月，则拉宗，德林宗和贡穆宗3宗合并成立林芝县，驻地尼池村，直属林芝专署。1964年林芝专署撤销，林芝县划归拉萨市管辖。1986年林芝行署成立，林芝县又划归林芝行署管辖至今。
1996年，全县辖1镇6乡：八一镇，达则乡，布久乡，百巴乡，东久乡，排龙门巴族乡，米瑞乡。县政府驻达则乡普拉街。
2000年第五次人口普查，林芝县常住总人口38960人，其中（3个镇，4个乡），八一镇24367人，林芝镇4455人，百巴镇3001人，米瑞乡2031人，布久乡2659人，东久乡1823人，排龙乡624人。
2005年10月9日，民政部（民函〔2005〕268号）批复同意林芝县政府驻地由林芝镇迁至八一镇。八一镇是西藏东南部的新兴城镇，是林芝地区政治，经济，文化的中心。
2010年第六次人口普查，林芝县常住总人口54702人，其中，林芝镇3267人，百巴镇3748人，八一镇39110人，鲁朗镇1588人，更章门巴民族乡1614人，布久乡3128人，米瑞乡2247人。
2015年3月，撤销八一镇，设立八一街道，双拥路街道。
2015年3月16日，国务院批复同意撤销林芝地区和林芝县，设立地级林芝市。林芝市设立巴宜区，以原林芝县的行政区域为林芝市巴宜区的行政区域。巴宜区人民政府驻双拥路街道尼池路4号。6月19日，巴宜区政府正式挂牌成立。
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