萨迦，藏语意为“灰白土”。是“萨迦王朝”和“萨迦教”的发源地。
公元11世纪，昆·贡觉杰布为传授佛教新密，在仲曲河北岸山坡上建寺，故名“萨迦”。公元13世纪，元朝在此建立起萨迦地方政权，统治西藏近百年。公元14世纪以后，萨迦地方政权丧失了统治西藏的权力，但仍有领地，割据一方，萨迦法王世袭相传至1959年。1951年后萨迦地方政府已开始在政治上接受噶厦政府领导。1956年日喀则分工委萨迦工作组和萨迦地方政府联合组成萨迦宗办事处。1960年1月7日合并萨迦宗、色仁则宗成立萨迦县，隶属日喀则地区管辖。
1988年撤区并乡。1988年6月，萨迦县的郭加乡划归定结县。1997年，全县辖1镇10乡：萨迦镇、木拉乡、赛乡、拉洛乡、查荣乡、雄玛乡、扯休乡、吉定乡、雄麦乡、扎西岗乡、麻布加乡。县政府驻萨迦镇。
2000年，全县辖2镇9乡：萨迦镇、吉定镇；雄麦乡、麻布加乡、雄玛乡、扎西岗乡、扯休乡、赛乡、拉洛乡、卡嘎乡、木拉乡。
2000年第五次人口普查，萨迦县常住总人口42590人，其中，吉定镇5888人、萨迦镇4334人、木拉乡2861人、赛乡3084人、拉洛乡3304人、查荣乡3691人、雄玛乡5190人、扯休乡4133人、雄麦乡2111人、麻布加乡3808人、扎西岗乡4186人。
2005年末，全县总人口45019人，其中非农人口1810人。2006年，全县辖2个镇、9个乡，5个居委会、125个行政村。
2007年末全县户籍总人口46118人。2009年，全县辖2个镇、9个乡，3个居委会、104个行政村。
2010年第六次人口普查，萨迦县常住总人口47304人，其中，萨迦镇4758人，吉定镇6182人，木拉乡3184人，查荣乡4002人，拉洛乡3627人，赛乡3457人，扯休乡5111人，扎西岗乡4509人，雄玛乡5796人，麻布加乡4296人，雄麦乡2382人。