“昌都”系藏语，意为“两江口”。古称“康”，唐朝时为吐蕃的一部分。元朝隶属朵甘恩宣慰司都元帅府。明朝隶属甘都指挥使司，明末受固始汗统治，清朝属驻藏大臣和达赖喇嘛管辖，清末改土归流时为川边，民国属西康省的一部分。1950年10月23日昌都地区解放后，同年底召开昌都地区第一届人民代表会，设立昌都地区人民解放委员会。人民解放委员会驻昌都宗，辖昌都，察雅，江卡，盐井，三岩，贡觉，左贡，八宿，桑昂曲（察隅），边坝，洛隆，硕督，类乌齐，江达，邓柯，丁青，色扎，尺牍，博德，博翟，博麦，街顿，拉多等23宗。
1954年将博德宗改为倾多宗，博翟宗改为曲宗，博麦宗改为易贡宗，街顿宗改为沙丁宗。昌都地区直辖昌都，察雅，左贡，八宿，江卡，拉多，贡觉，江达，类乌齐，西邓柯（邓柯），硕督，洛隆，三岩，盐井，桑昂曲等15宗；并设立2办事处：第一办事处辖三十九族地区，包括丁青，色扎，尺牍，巴庆（巴青），聂荣，比如，边坝，索宗，沙丁，嘉黎等10宗；第二办事处辖波密地区倾多，易贡，曲宗3宗。
1956年昌都地区划归西藏自治区。昌都地区直辖昌都宗，察雅宗，左贡宗，八宿宗，江卡宗，拉多宗，贡觉宗，江达宗，类乌齐宗，西邓柯宗（邓柯），硕督宗，洛隆宗，三岩宗，盐井宗，桑昂曲宗。第一办事处辖三十九族地区，包括丁青宗，色扎宗，尺牍宗，巴庆宗（巴青），聂荣宗，比如宗，边坝宗，索宗，沙丁宗，嘉黎宗等10宗。第二办事处辖波密地区倾多，易贡，曲宗3宗。
1960年设昌都专区，专署驻昌都县。以昌都宗与拉多宗合并设昌都县；以江达宗与西邓柯宗合并设江达县（驻江达）；以贡觉宗与三岩宗合并设贡觉县（驻莫洛）；以察雅宗设察雅县（驻烟多）；以左贡宗设左贡县（驻亚中）；以江卡宗（芒康宗）与盐井宗合并设宁静县（驻嘎托）；以桑昂曲宗设桑昂曲县（驻吉公）；以八宿宗设八宿县（驻同卡）；以洛隆宗与硕督宗合并设洛隆县（驻洛隆）；以边坝宗与沙丁宗合并设边坝县（驻边坝）；以丁青宗与色扎宗，尺牍宗合并设丁青县（驻甲木塘）；以类乌齐宗设类乌齐县（驻类乌齐）。将嘉黎宗及倾多宗，易贡宗，曲宗划归林芝专区；巴庆宗（巴青），比如宗，聂荣宗，索宗划归那曲专区。撤销第一办事处与第二办事处。昌都地区辖昌都，江达，贡觉，宁静，洛隆，丁青，边坝，察雅，桑昂曲，八宿，类乌齐，左贡等12县。
1961年八宿县由同卡迁驻白马。1962年9月，昌都专员公署办公会议对各县行政区划作了调整，全地区12个县划为94个区，1个镇（昌都县城关填），472个乡。1964年原林芝专区所属波密县（驻扎木）划入昌都专区；辖13县。1965年11月经国务院批准将宁静县改名为芒康县（为尊重群众原有的习惯称呼）。1966年2月经国务院批准将桑昂曲县改名为察隅县（驻吉公）。
1970年，昌都专区改为昌都地区，地区驻昌都县；洛隆县由洛隆迁孜托；边坝县由边坝迁驻草卡区的东马司（距草卡区6千米）；昌都地区辖昌都，贡觉（驻莫洛），左贡（驻亚中），察隅（驻吉公），洛隆（驻孜托），丁青，波密（驻扎木），江达，察雅（驻烟多），芒康（驻嘎托），八宿（驻白马），边坝（驻东马司），类乌齐等13县。1971年左贡县由亚中迁驻汪达。1975年类乌齐县由类乌齐迁热扎卡。昌都地区辖昌都，贡觉（驻莫洛），左贡（驻汪达），察隅（驻吉公），洛隆（驻孜托），丁青，波密（驻扎木），江达，察雅（驻烟多），芒康（驻嘎托），八宿（驻白马），边坝（驻东马司），类乌齐（驻热扎卡）等13县。
1986年1月，经国务院批准将昌都专区的波密，察隅两县划归林芝专区。昌都地区实际辖11个县，90个区（镇）。1987年3月始，实行撤区并乡，调整乡镇行政区划，保留13个区，全地区辖159个乡，9个镇，1622个行政村。1999年5月，昌都地区再次对部分乡镇的行政区划作了调整：撤销原保留的13个县辖区，共设立24个镇，118个乡（含民族乡1个）。【注】
2000年第五次人口普查，昌都地区常住总人口586152人。其中：昌都县94419人，江达县68993人，贡觉县43160人，类乌齐县40895人，丁青县60586人，察雅县53009人，八宿县38170人，左贡县41803人，芒康县73155人，洛隆县41144人，边坝县30818人。
2010年第六次人口普查，昌都地区常住总人口657505人，其中，昌都县116500人，江达县76026人，贡觉县40434人，类乌齐县49870人，丁青县69888人，察雅县56789人，八宿县39021人，左贡县44320人，芒康县81399人，洛隆县47491人，边坝县35767人。
2014年10月20日，《国务院关于同意西藏自治区撤销昌都地区设立地级昌都市的批复》（国函〔2014〕143号）：一，同意撤销昌都地区和昌都县，设立地级昌都市。昌都市人民政府驻新设立的卡若区昌都西路378号。二，昌都市设立卡若区，以原昌都县的行政区域为昌都市卡若区的行政区域，卡若区人民政府驻城关镇昌都中路259号。三，昌都市辖原昌都地区的江达县，贡觉县，类乌齐县，丁青县，察雅县，八宿县，左贡县，芒康县，洛隆县，边坝县和新设立的卡若区。
【注：盐井，生达，碧土和妥坝4个县】根据1973年12月30日中共昌都地委，昌都地区革命委员会《关于芒康，江达，昌都，丁青等县行政区划调整与成立新县的报告》，1979年6月16日西藏自治区革命委员会“本着有利于领导，有利于发展生产，有利于边防稳定和加强建设的原则”，兼顾群众的历史习惯和自然条件，地理环境等因素，同意在昌都地区新增设盐井，生达，碧土和妥坝4个县，报经国务院批准。1983年10月8日，国务院批准设立4县：设立盐井县，以芒康县部分地区为其行政区域；设立碧土县，以左贡，察隅2县部分地区为其行政区域；设立生达县，以昌都县，江达县部分地区为其行政区域；设立妥坝县，以昌都，察雅，江达3县部分地区为其行政区域。但4县因故一直没有建立。1999年9月21日，民政部批准（民发〔1999〕54号）撤销盐井，碧土，妥坝，生达4县。
盐井县：位于西藏自治区东部，昌都地区东南部，东经98°28′-99°06′，北纬28°37′-29°30′。东与四川省巴塘县隔江相望，南与云南省德钦县毗邻，西连碧土县，北接芒康县。县驻地盐井乡距拉萨市1336千米。距昌都550千米。县域总面积约1.3万平方千米。盐井为汉语名，以当地特产井盐而得名，藏语称为擦卡洛。清光绪三十四（1908年）设盐井宗，1912年后为西康省管辖，1950年为昌都地区解放委员会管辖，1960年江卡宗（芒康宗）与盐井宗合并设宁静县。1983年经国务院批准恢复盐井县。实际上没有成立。