伊吾镇 县政府驻地。1979年建镇。面积4.2平方千米，人口0.3万，其中汉族占56％。距312国道164千米。辖第一、第二两个居委会。
淖毛湖乡 蒙古语称“诺毛托罗盖”意为弯弓山。当地维吾尔人简化为“诺木”；又因当地是一处湖泊，清末的文献中书为“闹毛湖”。本世纪三十年代的文书中写作“淖毛湖”。哈密回王统治时期，为伊吾六区之一。1958年成立淖毛湖公社，1984年改乡。东北部与蒙古国交界，国境线长187千米。位于县城北78千米。面积8598平方千米，人口0.3万，其中维吾尔族占58％，辖仓吐尔、克尔赛、英买里、吾衣来、民光一村、民光二村、团结、西坎尔一村、西坎尔二村、新建10个行政村。
吐葫芦乡 1959年成立吐葫芦公社，1984年改乡。位于县城周围，面积1415平方千米，人口0.2万，其中维吾尔族占80％。距312国道164千米。辖托背梁、甘沟、泉脑、小白杨沟、大白杨沟、拜其尔、大石头、夏尔吾依来、沙梁子9个行政村。
苇子峡乡 1961年成立苇子峡公社，1984年改乡。距县城35千米，面积1215平方千米，人口0.7万，其中维吾尔族占97％。距312国道199千米。辖沙衣巴克恰、乔尔乔2个行政村。
前山哈萨克族乡 1962年为前山牧场，1984年建前山乡。位于县城以西，距县城70千米。面积1743平方千米，人口0.3万，其中哈萨克族约占72％，辖艾根布拉克、白雄、踏拉布拉克、石磨沟4个行政村。
盐池乡 1984年成立盐池乡。位于县城西35千米。面积1980平方千米，人口0.4万，其中维吾尔族占48％，辖阔拉、阿尔通盖、铁日勒尕衣、阿热买力4个行政村。
下马崖乡 1958年建下马崖公社，1984年改乡。位于县境东部，距县城55千米，东面与蒙古国交界。面积4780平方千米，人口0.1万，其中维吾尔族占93％，辖尤库尔买里、托万里买里、阿热买里3个行政村。
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