阿拉尔，维吾尔语意为“河洲”、“绿色的岛屿”，一说为蒙古语，是一种草的名字。1957年建场，原是新疆生产建设兵团民农一师最大的垦区—阿拉尔垦区的政治、经济、文化、交通中心。1959年曾改名，1969年定现名。
2002年9月17日，国务院（国函[2002]81号）批复同意设立县级阿拉尔市，市政府驻阿拉尔。阿拉尔市行政区域界线走向为：自东经81°52′56〞、北纬40°56′25〞起，自南偏西南至东经81°44′23〞、北纬40°44′08〞，再向南偏东南经塔里木河至东经81°58′04〞、北纬40°28′14〞，折向西沿塔南二干渠南侧三千米，经和田河、沿塔南总干渠南侧至上游水库，沿上游水库1.8亿立方米库容淹没线向北至北坝线，沿北坝线外侧100米向南偏东南至东经80°44′03〞、北纬40°27′17〞，然后向东略偏东北至阿克苏河，沿阿克苏河而上至阿克苏河拦河闸，再沿塔北总干渠而下，至东经80°36′44〞、北纬40°39′48〞，斜向东北方向至多浪水库北侧，沿多浪水库北侧至塔北截洪排，沿塔北截洪排北侧而下，折向东至起点。
2002年12月5日，召开阿拉尔市第一届一次人民代表大会，选举产生了阿拉尔市第一届人大、政府。2004年1月19日，阿拉尔市人民政府正式挂牌成立。总面积3927.10平方千米，总人口151293人（2003年）。辖7团场、8团场、9团场、10团场、11团场、12团场、13团场、14团场、15团场、16团场、塔水处、水工处、塔农大、托喀依乡。市政府驻市区阿拉尔大道。
2010年第六次人口普查，阿拉尔市常住总人口158593人，其中：金银川路街道8039人，幸福路街道21942人，青松路街道4596人，南口街道6656人，托喀依乡3728人，兵团七团11260人，兵团八团9922人，兵团十团15698人，兵团十一团9915人，兵团十二团12829人，兵团十三团18422人，兵团十四团7749人，兵团十六团13158人，兵团农一师水利水电工程处2544人，兵团农一师塔里木灌溉水利管理处5706人，阿拉尔农场6429人。
2013年1月23日，《新疆维吾尔自治区人民政府关于同意阿克苏市、阿瓦提县、柯坪县部分行政区划调整及设立金银川镇的批复》（新政函[2013]17号）同意将阿克苏市802.733平方公里、阿瓦提县474.208平方公里、柯坪县61.798平方公里区域（共1338.739平方公里）划归阿拉尔市管辖，设立金银川镇，镇政府驻一师一团团部。调整后，阿拉尔市市域面积将达到5200余平方公里。金银川建镇后将按照“团镇合一”的模式管理。