巩留镇 县政府驻地。1950年为第二区，1958年建红十月公社，1981年改设为镇，1983年正式命名为巩留镇。面积25.3平方千米，人口1.6万，其中维吾尔族占38.5％。公路通各乡场及重要村庄。辖6个居委会（按序数命名）和塔西干巴依萨孜行政村。
莫乎尔乡 1950年设一区，1958年为一公社，1969年更名向阳公社，1984年改莫乎尔乡。位于县境东南部。面积568平方千米，人口1.1万，其中哈萨克族占55％，辖莫乎尔、库热、阿热勒、塔克尔吐别克、曲如克、 塔斯布拉克、阿勒玛勒7个行政村。
吉尔格郎乡 1950年为一区一乡，1962年建吉尔尕公社，又叫二公社，1968年更名为反修公社，1984年改设吉尔格郎乡。位于县城东南56千米。面积426.1平方千米，人口0.7万，其中哈萨克族占62.3％，辖阔克尔森、阿勒玛勒、喀勒吐尔苏克、奥沙干德、萨尕、阔克加孜克6个行政村。景点有恰西、塔里木吉尕郎等。古迹有多处乌孙古墓。
阿尕尔森乡 清乾隆年间为厄鲁特营下五旗牧地，时称特古斯塔柳，曾建城堡于达尔特。1950年属一区阔斯托别乡，1954年设阿尕尔森乡，1958年建前进公社，1963年称三公社，1978年更名为阿尕尔森公社，1984年改乡。位于县城西18千米。面积714平方千米，人口1.8万，其中哈萨克族占39％，辖阿尕尔森、别斯萨拉、阔斯阿尕什、达尔特、萨尔乌泽克、二道湾、头道湾、阿克塔木8个行政村。境内曾发掘出伊犁塞种人战国时期文物多件，有多处乌孙古墓群。
东买里乡 1950年同旧三区合设为第二区，1958年建红十月公社，1968年改称东风公社，1984年改设东买里乡。位于县城东南，与县城毗连。面积318.3平方千米，人口2.2万，其中哈萨克族占36％，汉族占27.9％，辖东买里、大营盘、奥依塔木、红光、乌图布拉克、克热森布拉克、公尚、莫因古则尔8个行政村。设有野生核桃自然保护区。
塔斯托别乡 清代为厄鲁特营牧地。1945年为锡伯族加恩（千户长）属地，1950年归隶二区，1962年建塔斯托别公社，又称五公社，1968年改称红旗公社，1984年改设塔斯托别乡。位于县城西，面积413.4平方千米，人口1.4万，其中维吾尔族占41％，辖英塔木、塔斯托别、阔纳塔木、巴哈拜、克孜勒尤勒吐孜、伊勒格代、喀拉巴克7个行政村。
提克阿热克乡 清末为沙毕纳尔营和哈萨克族游牧地，设千户长领8个百户长。1950年改为三区辖4乡，1958年建东光公社，1960年改称东方红公社，1963年又称六公社，1984年改设提克阿热克乡。位于县城西18千米。面积429平方千米，人口1.1万，其中哈萨克族占40％，辖提克阿热克、阔克亚尕希、阔纳桑、小莫因古则尔、奥尔塔买里、阿古巴斯陶、萨尔布群、塔勒德8个行政村。
阿克吐别克乡 1984年设阿克吐别克乡。位于县境西部。面积638平方千米，人口0.6万，其中哈萨克族占61.2％，辖旱田、喀拉奥依、阔尔吉勒尕、阿克加孜克、齐那尔、唐努尔6个行政村。古迹有清代采矿遗迹，其那尔沟有阿吾利也古洞。
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