昭苏，取“喇嘛昭”（圣佑庙）的“昭”字和“六苏门”的“苏”字而得名。在汉语中，“昭”有光明的含意，“苏”即万物复苏萌发，昭苏又可视含“昭然复苏”“重获生机”之意。哈萨克语称“蒙古勒库热”，意为“蒙古族庙宇所在地”。
西汉时期是塞种人、大月氏、乌孙人的牧游区。在清朝初期隶属准噶尔部，光绪十一年（1885）新疆建省，昭苏县属宁远县，光绪二十四年（1898年）建圣佑庙，形成聚落。1932年析置巩留县，昭苏属巩留县，1937年从巩留县析置特克斯县。1938年，在六苏门喇嘛昭建昭苏设治局（当时的汉、锡、回族都称喇嘛昭）。1942年建立昭苏县。
1996年，昭苏县辖1个镇、9个乡：昭苏镇、洪纳海乡、阿克达拉乡、乌尊布拉克乡、萨尔阔布乡、喀夏加尔乡、喀拉苏乡、察汗乌苏蒙古族乡、夏特柯尔克孜族乡、胡松图哈尔逊蒙古族乡。县政府驻昭苏镇。
2000年第五次人口普查，昭苏县常住总人口145027人，其中：昭苏镇20858人、洪纳海乡7803人、乌宗布拉克乡4336人、阿克达拉乡8822人、 喀夏加尔乡8956人、萨尔阏布乡10402人、喀拉苏乡5803人、察汗乌苏蒙古民族乡 9285人、夏特柯尔克孜民族乡7304人、胡松图哈尔逊蒙古族乡4284人、羊场3306人、吐格勒勤牧场2040人、阿克牙孜牧场5502人、夏塔牧场3559人、天山牧场3236人、乔伦木图牧场2161人、天西林业局昭苏林场1555人、种马场5520人、军马场5528人、木扎尔特兵团74团3238人、和土浩尔兵团75团3436人、土尔根布拉克兵团76团10180人、可可土拜兵团77团7913人。
2003年，昭苏县总面积10464.9平方千米，总人口155997人。辖1镇、9乡：昭苏镇、洪纳海乡、乌尊布拉克乡、阿克达拉乡、萨尔阔布乡、喀夏加尔乡、喀拉苏乡、夏特柯尔克孜族乡、察汗乌苏蒙古族乡、胡松图哈尔逊蒙古族乡。县政府驻昭苏镇。
2010年第六次人口普查，昭苏县常住总人口148187人，其中：昭苏镇27896人，洪纳海乡9191人，乌尊布拉克乡7720人，阿克达拉乡9055人，萨尔阔布乡11957人，喀夏加尔乡9183人，喀拉苏乡11744人，昭苏县察汗乌苏蒙古民族乡9815人，夏特柯尔克孜民族乡11095人，胡松图哈尔逊蒙古民族乡8315人，种马场5300人，天山西部林业局昭苏林场752人，昭苏马场5452人，兵团七十四团2759人，兵团七十五团2789人，兵团七十六团8756人，兵团七十七团6408人。
2013年，自治区政府（新政函[2013]222号）批准同意撤销喀夏加尔乡，设立喀夏加尔镇。调整后，全县辖2个镇、8个乡（其中3个民族乡）：昭苏镇、喀夏加尔镇、洪纳海乡、乌尊布拉克乡、阿克达拉乡、萨尔阔布乡、喀拉苏乡、察汗乌苏蒙古族乡、夏特柯尔克孜族乡、胡松图哈尔逊蒙古族乡。