乌什的维吾尔语读音为“乌什吐鲁番”。意译为3个吐鲁番，如指其地富庶，意译恰当。但据《西域同文志》载：“回语乌什即乌赤，盖山石突出之谓，城居山上故名”，与宋元以来历史地名一致。现在维吾尔语读音后段的“吐鲁番”，可能同清代从吐鲁番移民有关。一说，乌什系突厥语，意为“物之顶端”，因境内乌赤山而得名。
汉为温宿国地，隶属西域都护府。唐置温肃州，州治大石城。又称作于祝。元、明以来有倭赤、乌赤等名称，或为其地。清乾隆二十年（1755年）后地名汉文定为乌什。乾隆二十四年（1759年）设乌什办事大臣，1765年～1786年总理南疆八城的喀什噶尔参赞大臣曾移驻于此。光绪九年（1883年）设乌什直隶厅，隶阿克苏道。民国2年（1913年）改直隶厅为乌什县。1929年后行政区划均属阿克苏地区。
1996年，乌什县辖1个镇、8个乡：乌什镇、阿克托喀依乡、阿合亚乡、阿恰塔格乡、亚科瑞克乡、依麻木乡、英阿瓦提乡、奥特贝希乡、亚曼苏柯尔克孜族乡。
2000年第五次人口普查，乌什县常住总人口177410人，其中：乌什镇22112人、阿克托海依乡20626人、亚科瑞克乡15276人、阿恰塔格乡16626人、阿合亚乡31876人、依麻木乡20225人、英阿瓦提乡14760人、亚曼苏柯尔克孜族乡8267人、奥特贝希乡20534人、兵团四团7108人。
2003年，乌什县总面积9064.76平方千米，总人口187184人。辖1镇8乡：乌什镇、阿克托海乡、亚科瑞克乡、阿恰塔格乡、阿合亚乡、依麻木乡、英阿瓦提乡、奥特贝希乡、亚曼苏柯尔克孜族乡。县政府驻乌什镇。
2010年第六次人口普查，乌什县常住总人口197990人，其中：乌什镇27836人，阿克托海乡22870人，亚科瑞克乡17023人，阿恰塔格乡17661人，阿合雅乡34588人，依麻木乡22669人，英阿瓦提乡17614人，亚曼苏柯尔克孜族乡8554人，奥特贝希乡23283人，兵团四团5892人。
2012年，自治区政府（新政函[2012]363号）批复同意撤销阿合雅乡，设立阿合雅镇。调整后，全县辖2个镇、7个乡（其中1个民族乡）：乌什镇、阿合雅镇、阿克托海依乡、亚科瑞克乡、阿恰塔格乡、依麻木乡、英阿瓦提乡、亚曼苏柯尔克孜族乡、奥特贝希乡。
2015年4月3日，自治区政府（新政函[2015]86号）批复同意撤销依麻木乡，设立依麻木镇。调整后，全县辖3个镇、6个乡（其中1个民族乡）。