据史书记载，明末清初时，汉族称柯坪为克勒品，维吾尔语称柯尔坪，直至1903年设分防县丞时才定为柯坪，沿用至今。柯坪，传说为“洪水”或“地窝子”之意。
古时属龟兹国，清时属温宿，清光绪二十八年（1902年）建为分防县丞，归温宿府辖。1928年设县佐，为阿克苏县柯坪分县。1930年正式建柯坪县，属阿克苏道。解放后沿属阿克苏专区（地区）至今。
1996年，柯坪县辖1个镇、3个乡：柯坪镇、玉尔其乡、阿恰勒乡、盖孜力克乡。
2000年第五次人口普查，柯坪县常住总人口38584人，其中：柯坪镇6021人、盖孜力克乡12095人、玉尔其乡10885人、阿恰勒乡6704人、启浪乡2878人。
2003年，柯坪县总面积8976.6平方千米，总人口40753人。辖1镇4乡：柯坪镇、盖孜力克乡、阿恰勒乡、启浪乡、玉尔其乡。县政府驻柯坪镇。
2010年第六次人口普查，柯坪县常住总人口44261人，其中：柯坪镇8031人，盖孜力克乡12686人，玉尔其乡11085人，阿恰勒乡7309人，启浪乡5150人。
2013年1月23日，自治区政府（新政函[2013]17号）批复同意将柯坪县61.798平方千米区域划归阿拉尔市管辖。
2014年10月21日，自治区政府（新政函[2014]193号）批复同意撤销盖孜力克乡，设立盖孜力克镇。调整后，全县辖2个镇、3个乡：柯坪镇、盖孜力克镇、玉尔其乡、阿恰勒乡、启浪乡。
2015年4月3日，自治区政府（新政函[2015]85号）批复同意撤销阿恰勒乡，设立阿恰勒镇。调整后，全县辖3个镇、2个乡。
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