新疆，古称西域，意为中国的西部疆域。清统一其地，其北部称回部、南部称准部，合称回疆，设伊犁将军。光绪十年（1884年），清政府正式在新疆设省，并取“故土新归”之意，改称西域为“新疆”。
公元前60年，西汉中央政权在乌垒城（今轮台县境内）设立了“西域都护府”，新疆正式成为中国领土的一部分。 公元552年突厥统一了西域。640年，唐朝发兵攻下了高昌城，将此地改为西州，并在此设立了安西都护府，后迁至龟兹，下辖龟兹、疏勒、于阗、碎叶（焉耆），史称“安西四镇”，管辖天山以南广大地区。702年，唐朝又在北庭（现吉木萨尔）设立了北庭都护府，管辖天山以北地区。
唐朝中后期，吐蕃政权加紧了对西域的进攻，一度占领了新疆大部分地区，由于回鹘汗国的西迁，866年吐蕃最终退出了西域。840年，回鹘由蒙古高原西迁而来，建立了以吐鲁番为中心的西州回鹘政权和以喀什噶尔为中心的喀喇汗王朝，这两个王朝与当时的于阗王国共同组成了西域地区三个并立的政权。1132年契丹人先后征服了这三个地方政权，统一了西域建立了西夏王朝。1218年成吉思汗率军西征时，击败了西夏，统一了西域地区。1271年忽必烈建立了元朝，西域统归元朝政府管理。
14世纪下半叶，明朝建立时，西域地区并存东察合台国、吐鲁番王国、叶尔羌汗国、哈密王国、瓦刺汗国等政权，均为蒙古贵族后裔，其中以东察合台国最为强大，1543年叶尔羌汗国取代了东察合台国的地位成为了西域地区的实际统治者。明朝政府为了统辖西域管理，特在哈密设卫，哈密卫作为明朝政府管理西域地区的最高行政和军事机构起着一定的作用。
清朝初年，西域为蒙古准葛尔部所统治，其首领为噶尔丹，他利用武力兼并了蒙古和硕部和厄鲁特部，并把土尔扈特部排挤到了俄国的伏尔加流域。18世纪初，准葛尔贵族乘机作乱，乾隆皇帝于1755年派出平叛大军，最后彻底消灭了准葛尔汗国，统一了西域。准葛尔平定后，穆斯林教派的头面人物伊敏和依沙克，史称“大小和卓”与1757年又在库车成立了“巴图尔汗国”公开与清政府抗衡，干起了分裂祖国的勾当。1759年清政府派兵直捣大小和卓的大本营叶尔羌和喀什噶尔，再次平定了这次叛乱，统一新疆。1771年流放在伏尔加河流域的蒙古土尔扈特部落在其首领渥巴锡的带领下，历经八个月的磨难终于回到了祖国的怀抱，结束了长达近一个半世纪的流亡生活。
鸦片战争后，由于清政府无暇西顾，沙俄乘机对我国新疆地区进行了大肆的蚕食，他们通过武装移民，建立军事据点和科学考察以及签定不平等的条约等手段，非法侵占了中国西部领土44万多平方公里。这时以阿古柏为首的中亚浩汗国在英、俄帝国主义的支持下，于1865年入侵新疆，他们首先进入喀什噶尔，并迅速占领了叶尔羌、和田、阿克苏、库车等七个城市，成立了反动的“哲德沙尔政权”。与此同时沙皇俄国也乘机侵占了伊犁地区。为了维护祖国的统一，清政府以左宗棠为首的塞防派，力主收复新疆，并于1875年率八万大军进军新疆，于1878年终于收复了除伊犁地区以外的全部新疆领土。中俄《伊犁改订条约》签定后，清政府收回了伊犁地区大部分领土，但霍尔果斯以西的一万多平方公里的土地仍归俄国所有，并且留下了一个所谓的“帕米尔问题”。
为了使新疆达到长治久安的目的，在左宗堂的积极倡导下，新疆于1884年11月正式建省，省会也由伊犁迁至乌鲁木齐迪化城，全疆分为四道（镇迪道、阿克苏道、喀什噶尔道、伊塔道）道以下设6府、10厅、3州、21个县，2个分县。
1949年新疆和平解放，1955年10月1日成立新疆维吾尔自治区。截至2009年末，新疆共有14个地级行政区划单位（其中：2个地级市、7个地区、5个自治州），98个县级行政区划单位（其中：11个市辖区、19个县级市、62个县、6个自治县），1005个乡级行政区划单位（其中：1个区公所、150个街道、234个镇、577个乡、43个民族乡）。首府乌鲁木齐市。