1661年，明朝将领郑成功收复台湾，将台南赤崁地区改为“东都明京”，并设立一府二县；府名为“承天府”（即今赤崁城）。郑成功死后，其子郑经继位，把东都明京改为“东宁”。
清代，清政府在台南设台湾府，为全台首府。
1895年日军进驻台南市区，开始其殖民统治。并设置台南县，后改为台南厅。1920年台南厅与嘉义厅改制为台南州，台南州厅设立于州辖市台南市。
1945台湾光复。国民政府改台南州为台南县，州辖台南市改制为省辖市，而脱离台南县辖区，1946年并入台南县安顺乡（改名为安南区）。
1945年10月台湾正式归还。国民党政府接管台湾，考虑到地方自治的需要，乃将日本统治时期的五州三厅，改为八县，并将日本统治时期的11市改为9省辖市、2县辖市。其中：台南市管辖区域：东为、东区虎尾寮，位于东经120°14′17″；西为安平区上鲲（左鱼右身），位于东经120°7′45″；南为南区湾里，位于北纬22°54′43″；北为北区郑子寮，位于北纬23°1′15″。本市四周东与台南县的永康、安定二乡为邻，西临台湾海峡，南接台南县的仁德乡及高雄县的茄萣乡，北以曾文溪与台南县的七股、西港二乡为界。面积满潮时为175.6456平方千米，人口152798人。管辖东、西、南、北、中及安平等6区。市政府于1945年12月14日正式成立，市政府设于台南市南区。
1950年台湾省调整各县市行政区域，其中台南市行政区域照旧。台南市管辖东区、西区、南区、北区、中区、安平、安南等7区。人口201691人，面积175.6456平方千米。管辖区域：东为东区后甲里，位于东经120°14′10″；西为安平区城西里，位于东经120°3′0″；南为南区湾里，位于北纬22°55′0″；北为安南区曾文溪南岸，位于北纬23°5′12″。中心位置为位于东经120°11′54″，北纬22°59′26″。本市四至：东邻台南县的仁德、永康、新市三乡，西临台湾海峡，南隔二层溪与高雄县茄萣乡接壤，北至曾文溪与台南县安定、西港、七股等乡为邻。市政府设于南区。
1952年，东区的五妃、竹溪二里和公明里的一部分划归南区；中区的万寿里及东区的大庙、围上二里各一部分，设立公正里，归北区；中区的广慈里划归北区。1979年，南区的渔光里划归安平区。
2003年1月1日，台南市中区与西区合并为中西区。
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