1946年4月，花莲区的寿乡更名为寿丰乡、研海乡更名为新城乡；凤林区的西新社乡更名为丰滨乡。1946年7月31日，撤销花莲区。1946年9月16日，玉里区的太平乡更名为卓溪乡。1946年10月1日，士林乡更名为秀林乡。1947年3月6日，凤林区设立光复乡，由凤林镇及瑞穗乡各划一部分增设。1948年1月1日，吉野乡更名为吉安乡。1948年1月15日，撤销凤林区。1950年，太平乡改称为卓溪乡。
1950年台湾省调整各县市行政区域，其中花莲县行政区域照旧。花莲县管辖区域：东为秀林乡大浊水溪河口，位于东经121°46′16″；西为卓溪乡云峰东部，位于东经120°58′48″；南为富里乡永丰村南方，位于北纬23°5′26″；北为秀林乡大浊水溪右岸，位于北纬24°22′23″。东临太平洋，西隔中央山脉与台中、南投、高雄等县接连，南邻台东县，北接宜兰县。管辖花莲市及凤林、玉里二镇，及新城、吉安、寿丰、光复、丰滨、瑞穗、富里、秀林、万里、卓溪等10乡，合计1市12乡镇。人口163428人，面积4628.5714平方千米。县政府设于花莲市。
1958年6月1日，万里乡更名为万荣乡。
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