春秋为晋大夫祁奚食邑。晋顷公十二年（前514）晋分祁氏田为7县，于今城关东南8千米古县镇置祁县。秦、西汉因之，俱属太原郡。汉武帝封李善为祁侯，于故治西北另筑新城以为县治，在今城关东南3千米祁城村。新莽改示县。东汉复旧。北魏太和中年自祁城村徙治今城关。北齐天保七年（556）废入平遥县。隋开皇十年（590）复置，属并州。大业三年（607）属太原郡。
唐武德三年（620）属太州，六年属并州，开元十一年（723）属太原府。五代北汉于今城关东15千米团柏村别置隆州。宋属太原府。金贞眪四年（1216）于隆州故治置帻州，寻废，改祁县为祈县，属晋州。元复为祁县，属冀宁路。明、清俱属太原府。民国初年属冀宁道，道废后直属省。1949年属榆次专区。1958年废入太谷县。1961年复置，属晋中专区。1967年属晋中地区。1999年属晋中市。
1996年，祁县面积856平方千米，人口约20万人。辖6个镇、6个乡：城镇、贾令镇、古县镇、来远镇、城赵镇、东观镇、城关乡、峪口乡、祁任村乡、西六支乡、晓义乡、里村乡。县政府驻城镇。
2000年第五次人口普查，祁县常住总人口253829人，其中，城镇镇30755人，东观镇41192人，古县镇30287人，贾令镇28223人，城赵镇19992人，来远镇3865人，城关乡35370人，西六支乡20783人，里村乡15813人，晓义乡10704人，峪口乡11818人，任村乡5027人。
2001年初，撤销城关乡，并入城镇，更名为昭馀镇；撤销晓义乡，并入东观镇；撤销祁任村乡，并入古县镇；撤销里村乡，并入城赵镇；调整后，祁县辖6个镇、2个乡。县政府驻昭余镇。
2010年第六次人口普查，祁县常住总人口265310人，其中，昌源城区管理委员会19871人，丹枫城区管理委员会20816人，麓台城区管理委员会17163人，昭馀镇31685人，东观镇51558人，古县镇31538人，贾令镇25942人，城赵镇34888人，来远镇2011人，西六支乡20527人，峪口乡9311人。
2014年末，全县常住人口270747人。2015年末，祁县辖6个镇、2个乡（合计8个），12个居委会、154个村委会（合计166个）。