2000年第五次人口普查，崇明县总人口649812人，其中，城桥镇75688人、堡镇镇46900人、新河镇25997人、绿华镇8468人、三星镇22974人、庙镇镇15531人、合作镇21112人、江口镇22563人、港西镇16802人、侯家镇19028人、建设镇18144人、大同镇13725人、新民镇20387人、竖新镇21996人、大新镇21808人、港沿镇31911人、向化镇30252人、中兴镇30935人、陈家镇29702人、裕安镇28997人、新村乡10108人、海桥乡14664人、港东乡12197人、五效乡18543人、合兴乡18894人、跃进农场4421人、新海农场9798人、红星农场3954人、长征农场4133人、东风农场6029人、长江农场12091人、前进农场3563人、前哨农场4665人、上实现代农业公司1192人、团结沙农场2640人。
2000年12月，经上海市政府批准：撤销城桥镇、侯家镇，设立新的城桥镇；撤销陈家镇、裕安镇，设立新的陈家镇；撤销堡镇镇、五滧乡，设立新的堡镇；撤销新河镇、新民镇，设立新的新河镇；撤销港沿镇、合兴乡，设立新的港沿镇；撤销大新镇、竖新镇，设立新的竖新镇；撤销建设镇、大同镇，设立新的建设镇；撤销港西镇、港东乡，设立新的港西镇；撤销庙镇镇、合作镇、江口镇，设立新的庙镇镇；撤销三星镇、海桥乡，设立新的三星镇。2002年末，崇明县辖13个镇、1个乡，54个居委会、224个村委会。2003年末，全县辖13个镇、1个乡，52个居委会、224个村委会，人口60.62万人（崇明岛面积1041.2平方千米，崇明县辖面积840平方千米）。2004年6月30日，崇明县辖13个镇、1个乡，52个居委会、224个村委会。
2005年5月18日，国务院批准（国函[2005]40号）将宝山区的长兴乡、横沙乡划归崇明县管辖。调整后，崇明县辖13个镇、3个乡。2005年末，崇明县户籍人口70.1万人，外来流动人口8.3万人。辖13个镇、3个乡：城桥镇、堡镇、庙镇、中兴镇、新河镇、三星镇、向化镇、绿化镇、建设镇、陈家镇、竖新镇、港西镇、港沿镇、新村乡、横沙乡、长兴乡，共有55个居委会、272个村委会。
2007年末，全县面积1185.49平方千米，户籍人口69.71万人，辖13个镇、3个乡：城桥镇、堡镇、新河镇、庙镇、竖新镇、向化镇、三星镇、港沿镇、中兴镇、陈家镇、绿华镇、港西镇、建设镇、新村乡、长兴乡、横沙乡。共有58个社区、272个行政村。县政府驻城桥镇人民路68号。
2008年，新增新海、东平2个镇。2009年9月24日，《崇明县人民政府关于长兴乡撤乡建镇的通知》（崇府发[2009]159号）：接《上海市人民政府关于同意撤销崇明县长兴乡建制设立长兴镇的批复》（沪府[2009]78号），市政府同意撤销长兴乡建制，设立长兴镇，其行政区域范围为原长兴乡的行政区域范围，长兴镇政府驻地在凤滨路77号。
2010年第六次人口普查，崇明县常住总人口703722人，其中，城桥镇113442人，堡镇60111人，新河镇42737人，庙镇45926人，竖新镇40823人，向化镇26265人，三星镇29894人，港沿镇40741人，中兴镇25274人，陈家镇53996人，绿华镇7061人，港西镇23416人，建设镇27466人，新海镇11646人，东平镇15112人，长兴镇99134人，新村乡9581人，横沙乡27916人，前卫农场1695人，东平林场35人，上实现代农业园区1451人。
2011年末，崇明县面积1185.49平方千米，户籍人口30.1万户68.6万人，辖16个镇、2个乡，73个居委会、270个行政村。
2012年末，崇明县面积1185.49平方千米，常住人口69.96万人，其中外来人口14.98万人。辖16个镇、2个乡：城桥镇、堡镇、新河镇、庙镇、竖新镇、向化镇、三星镇、港沿镇、中兴镇、陈家镇、绿华镇、港西镇、建设镇、新海镇、东平镇、长兴镇、新村乡、横沙乡。共有66个居委会、270个行政村。县政府驻城桥镇人民路68号。
2013年末，崇明县总面积1185.49平方千米，其中水域面积120.18平方千米。户籍人口68.2万人；常住人口69.7万人，其中外来人口14.9万人。辖16个镇、2个乡，67个居委会（比上年末增加1个）、270个行政村。
2014年末，崇明县总面积1185.49平方千米，其中水域面积120.18平方千米。户籍人口67.78万人；常住人口70.16万人，其中外来人口15.19万人。辖16个镇、2个乡，67个居委会、270个行政村。