2000年6月13日，国务院批准撤销黄浦区和南市区，设立新的黄埔区，以原黄浦区和南市区的行政区域为新的黄浦区的行政区域，区人民政府驻九江路。2003年2月21日，上海市人民政府批准（沪府[2003]8号）黄浦区人民政府驻地迁移：黄浦区人民政府驻地从九江路219号迁移至延安东路300号。2011年5月20日，国务院批准同意上海市调整部分行政区划：撤销上海市黄浦区、卢湾区，设立新的上海市黄浦区，以原黄浦区和卢湾区的行政区域为新的黄浦区的行政区域。区政府驻外滩街道延安东路300号。
原【黄浦区】位于上海市区东部、东濒黄浦江。原属上海县高昌乡，清道光二十三年（1843年）上海开埠后，洋泾浜（今延安东路）以北辟为英租界（1863年与美租界合并后称公共租界），以南辟为法租界。光绪二十五年（1899年）公共租界向西扩充，次年法租界向西扩充，境内全部成为租界区。1943年8月，汪伪政府“收回租界”，将公共租界改为第一区，法租界改为第八区。1944年两区合并为第一区。1945年抗日战争胜利后，设黄浦区，以黄浦江得名，又称第一区（1947年取消序数区名）。四界：东临黄浦江；西沿山西南路折福州路向东，至山东中路往南，折中正东路（今延安东路）向西，折浙江南路往南至民国路（今人民路）；南沿民国路折新开河（今新开河南路）至中山东二路；北临苏州河，面积1.36平方千米。1956年原黄浦区与老闸区合并称黄浦区；同年6月原水上区黄浦江和苏州河两水域的中线以西、以南划归黄浦区。1960年新成区东部及邑庙区、卢湾区的部分地区划归黄浦区。1961年划入原浦东县撤的东昌路、崂山西路、张家浜3个办事处，区辖境始跨黄浦江两岸。1984年8月川沙县所属的洋泾镇、洋泾乡的7个生产大队，严桥乡的张家楼及光辉大队部分地域划归区境，区界扩展到东至建平路，南至张家浜、人民路、淮海东路，西至成都北路，北至黄浦江、苏州河，面积20.46平方千米。1993年浦东部分划归浦东新区。1995年末，面积4.5平方千米，人口32万人，区政府在九江路219号，辖外滩、南京东路、人民广场、金陵东路4个街道。
原【南市区】位于上海市区东南部，东、南濒黄浦江。辖境主要为原上海县老城区。是上海最早形成的聚落所在，北宋天圣元年（1023年）前已设征收酒税的机构上海务，南宋绍熙四年（1193年）至咸淳三年（1267年）间上海正式建镇。元至元二十八年（1291年）设上海县，为县驻地。明嘉靖三十二年（1553年）建造城墙，范围就是现在人民路、中华路环绕的地区。民国22年（1933年）上海县驻地迁至北桥以前，一直是上海县的政治、经济、文化中心。鸦片战争以后，县城的城河浜（相当今人民路）以北先后被占为租界。原上海县城区和小东门、十六铺一带的老市，因与北面租界商业区“北市“相对，所以称为南市。1927年上海特别市（1930年改称市）成立，南市属沪南区。1945年抗日战争胜利后，为邑庙区和蓬莱区地。1960年，将蓬莱区全部和邑庙区部分合并设立南市区。1961年原浦东县的周家渡一带划入区境，1982年和1988年又先后划入杨思乡部分自然村和杨思镇，区境东、东南以杨高路、白莲泾一线与川沙县、上海县为界；西沿高雄路、制造局路、肇周路、西藏南路，与卢湾区毗邻；北和东北从淮海东路、人民路折向东南越黄浦江到张家浜，与黄浦区相接。1993年浦东的周家渡、塘桥、上钢新村、南码头路4个街道和杨思镇等地区划入浦东新区，东界西缩至黄浦江一线。1995年末，南市区面积7.87平方千米，人口53万人，区政府在陆家浜路1100号，辖豫园、老西门、小东门、董家渡、半淞园路5个街道。
原【卢湾区】位于上海市区南部。原肇嘉浜在今丽园路口转弯北流，有小浜从西流入，当地有罗姓聚落，称罗家湾，后谐单为卢家湾，这是卢湾一名的由来。南宋时属华亭县高昌乡。元代划入上海县。清代为上海县高昌乡地。光绪二十六年（1900年）法租界扩至今重庆南路，民国3年（1914年）再次扩展到徐家汇，今区境东北部和徐家汇路以北先后入法租界。区境南部，清宣统二年（1910年）属城厢自治区，民国17年（1928年）属上海特别市（1930年改称市），为沪南区境。日伪时期，统属市府直辖。1945年，依旧警局所辖警区，设第六区，又名卢家湾区，当时区境东界鲁班路、重庆南路、重庆中路，南滨黄浦江，西界日晖路（今瑞金南路）、陕西南路、北界中正中路（今延安中路）；鲁班路以东设第五区，又名泰山区。1947年取消序数区名，分别改为卢湾区、嵩山区。1956年、1960年两次调整行政区划，先后将撤销的嵩山区和邑庙区部分地境并入，成今界。东以西藏南路、肇周路、制造局路、高雄路、江边路与南市区相接，西以陕西南路、瑞金南路与徐汇区为界，北以延安中路、金陵西路、金陵中路与静安、黄浦两区相邻。1995年末，卢湾区面积8.05平方千米，人口43万人，区政府在重庆南路139号，辖济南路、嵩山路、淮海中路、瑞金二路、打浦桥、顺昌路、丽园路、五里桥8个街道。1997年将8个街道合并为淮海中路、瑞金二路、打浦桥、五里桥4个街道。