冠县因春秋时期在此设冠氏邑而得名（杜预曰：冠氏即馆陶也）。隋开皇六年（586年）置冠氏县。元初，属东平路；至元六年（1269），冠氏县升为冠州，直隶中书省。明洪武三年（1370）降州改称冠县，隶山东布政使司东昌府。清属山东省东昌府。1913年属山东省济西道；1914年改属东临道；1927年废道级建制，直隶山东省；1937年，属山东省第六区。
1937年，建立冠县抗日县政府，1939年属鲁西北行政委员会；1940年4月属鲁西北专署，同年11月属鲁西区第三专署；1941年7月属冀鲁豫区第三专署，同年9月属晋冀鲁豫边区政府第十八专署。1943年7月属冀南区第七专署；1945年6月属冀鲁豫区第七专署。1945年8月，冠县并入永智县；1945年10月，属冀南第一专署。1945年12月，恢复冠县，仍属冀南第一专署。1949年8月，属平原省聊城专署。1952年11月，平原省撤销，改属山东省聊城专区（1967年改称聊城地区）。1998年3月，属地级聊城市。
1996年，冠县面积1161.3平方千米，人口约72.7万人。辖7个、镇15个乡：冠城镇、北馆陶镇、清水镇、桑阿镇、贾镇、东古城镇、柳林镇、甘官屯乡、辛集乡、店子乡、兰沃乡、烟庄乡、斜店乡、梁堂乡、定远寨乡、白塔集乡、杨召乡、史庄乡、孙疃乡、范寨乡、万善乡、元造户乡。县政府驻冠城镇。
2000年第五次全国人口普查，冠县常住总人口707131人，其中：冠城镇79605人，东古城镇44626人，桑阿镇32446人，贾镇35656人，柳林镇26743人，清水镇32638人，北馆陶镇30749人，孙疃乡28454人，斜店乡33420人，梁堂乡30917人，白塔集乡25289人，定远寨乡30056人，烟庄乡36152人，兰沃乡31458人，辛集乡28326人，史庄乡12984人，范寨乡30555人，元造户乡19682人，甘官屯乡40355人，店子乡28350人，万善乡27770人，杨召乡20906人。
2001年3月，孙疃乡并入冠城镇，白塔集乡并入桑阿镇，杨召乡并入东古城镇，史庄乡并入辛集乡，元造户乡并入柳林镇。
2002年末，冠县辖7个镇、10个乡：冠城镇、清水镇、柳林镇、贾镇、桑阿镇、东古城镇、北馆陶镇、斜店乡、梁堂乡、烟庄乡、辛集乡、范寨乡、兰沃乡、店子乡、万善乡、定远寨乡、甘官屯乡。
2007年末，全县总面积1152平方千米。总人口75.79万人，其中城镇人口6.34万人，人口城镇化率8.37％。有少数民族20个，16500人。辖7个镇、10个乡，754个行政村（居委会）。
2010年，撤销冠城镇、烟庄乡，设立清泉街道、崇文街道、烟庄街道；撤销店子乡，设立店子镇。调整后，全县辖3个街道、7个镇、8个乡：清泉街道、崇文街道、烟庄街道、贾镇、桑阿镇、柳林镇、清水镇、东古城镇、北馆陶镇、店子镇、斜店乡、梁堂乡、定远寨乡、辛集乡、范寨乡、甘官屯乡、兰沃乡、万善乡。县政府驻清泉街道。
2010年第六次人口普查，冠县常住总人口764864人，其中：清泉街道75714人，崇文街道53274人，烟庄街道39493人，贾镇38752人，桑阿镇60484人，柳林镇49376人，清水镇34403人，东古城镇70579人，北馆陶镇35870人，店子镇29188人，斜店乡34450人，梁堂乡32237人，定远寨乡33595人，辛集乡42774人，范寨乡32359人，甘官屯乡42119人，兰沃乡31346人，万善乡28851人。
2012年末，全县户籍总人口81.18万人。辖3个街道、7个镇、8个乡，共有754个行政村（居委会）。
2013年，撤销定远寨乡、辛集乡，设立定远寨镇、辛集镇（鲁政函民字[2013]34号）。调整后，全县辖3个街道、9个镇、6个乡：清泉街道、崇文街道、烟庄街道、贾镇、桑阿镇、柳林镇、清水镇、东古城镇、北馆陶镇、店子镇、定远寨镇、辛集镇、斜店乡、梁堂乡、范寨乡、甘官屯乡、兰沃乡、万善乡。