1994年9月15日，撤销好生乡、明家集乡、韩店乡、临池乡，设立好生镇、明集镇、韩店镇、临池镇，其行政区域和人民政府驻地不变。1994年9月19日，撤销青阳乡、孙镇乡，设立青阳镇、孙镇镇，其行政区域和人民政府驻地不变。
1995年1月4日，撤销苑城乡、焦桥乡，设立苑城镇、焦桥镇。其行政区域和人民政府驻地不变。1995年4月4日，撤销台子乡、礼参乡，设立台子镇、礼参镇。以上两乡撤乡设镇后，行政区域和人民政府驻地不变。1995年6月20日，撤销西董乡，设立西董镇，其行政区域和人民政府驻地不变。1996年12月29日，撤销九户乡，设立九户镇，行政区域和人民政府驻地不变（鲁政函民字[1996]66号）。
1997年，全县面积1251.8平方千米，人口70万。辖15镇2乡：邹平镇、长山镇、魏桥镇、西董镇、好生镇、临池镇、礼参镇、焦桥镇、苑城镇、韩店镇、孙镇、明集镇、青阳镇、台子镇、九户乡、里八田乡、码头乡。县政府驻邹平镇。
2000年第五次人口普查，全县总人口686590人，其中：邹平镇113972人，长山镇47475人，魏桥镇55892人，西董镇35989人，好生镇32411人，临池镇30366人，礼参镇20885人，苑城镇24431人，焦桥镇36928人，韩店镇36767人，孙镇镇35586人，九户镇38212人，青阳镇32229人，明集镇33771人，台子镇34877人，里八田乡25122人，码头乡51677人。
2001年，撤销礼参镇，将其行政区域并入邹平镇；撤销苑城镇，将其行政区域并入长山镇；撤销里八田乡，将其行政区域并入魏桥镇。区划调整后，邹平县辖13个镇、1个乡：邹平镇、长山镇、魏桥镇、西董镇、好生镇、临池镇、焦桥镇、韩店镇、孙镇、九户镇、青阳镇、明集镇、台子镇、码头乡。
2002年4月17日，省政府批复同意：邹平县撤销码头乡，设立码头镇，其行政区域和人民政府驻地不变。2002年11月15日，省政府批复同意：邹平县撤销邹平镇，以原邹平镇的行政区域设立黛溪街道办事处、黄山街道办事处和高新街道办事处。黛溪街道办事处机关驻黄山二路90号，黄山街道办事处机关驻南部新区景观大街16号，高新街道办事处机关驻黄山三路88号。截至2002年12月31日，邹平县辖3个街道、13个镇：黛溪街道、黄山街道、高新街道、长山镇、魏桥镇、西董镇、好升镇、临池镇、焦桥镇、韩店镇、孙镇、九户镇、青阳镇、明集镇、台子镇、码头镇。
2010年，撤销好升镇，设立好升街道。2011年，撤销西董镇，设立西董街道。调整后，全县辖5个街道、11个镇：黛溪街道、黄山街道、高新街道、好升街道、西董街道、长山镇、魏桥镇、临池镇、焦桥镇、韩店镇、孙镇、九户镇、青阳镇、明集镇、台子镇、码头镇。
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