战国属齐、麦邱地，西汉属平原郡。东汉为般县平原郡，三国、两晋、南北朝为湿沃，改属乐陵郡。隋开皇十六年（596）置滴河县，属棣州。因有滳河水流经得名。唐改属沧州、德州及安乐郡。五代因之。宋（1086年）改滴河为商河。金元属沧州。明、清属济南府。
民国初年属岱北道、济南道、山东省政府。抗日战争和解放战争时期，先后属鲁北、冀南、冀鲁三专署，渤海行署二专署和泺北专署。建国初，属德州专署。1958年商河、乐陵并为一县，初称商河县，后更名为乐陵县，先后属聊城、淄博专署。1961年商河与乐陵分治，恢复商河县、复归德州地区。1990年1月改属济南市。
1990年，将商河县的奎台乡划归乐陵市管辖。调整后，全县辖6个镇、15个乡，959个行政村，1018个自然村。
1996年初，商河县面积1162.7平方千米，人口约57万人，辖6镇15乡。县政府驻商河镇。1996年12月25日，撤销贾庄乡，设立贾庄镇（鲁政函民字[1996]61号）。
2000年第五次人口普查，商河县常住总人口574789人，其中，商河镇66616人，龙桑寺镇15878人，殷巷镇29267人，怀仁镇32289人，玉皇庙镇38512人，郑路镇35577人，贾庄镇19161人，牛堡乡18683人，孙集乡30645人，常庄乡26052人，燕家乡19987人，沙河乡19461人，韩庙乡29926人，赵魁元乡29517人，张坊乡21589人，胡集乡29429人，扬庄铺乡22260人，钱铺乡21095人，岳桥乡19387人，白桥乡25851人，展家乡23607人。
2002年末，全县总人口59.49万人，其中非农业人口6.15万人。辖7个镇、14个乡：商河镇、怀仁镇、尹巷镇、龙桑寺镇、郑路镇、玉皇庙镇、贾庄镇、韩庙乡、沙河乡、赵奎元乡、燕家乡、常庄乡、张坊乡、牛堡乡、胡集乡、展家乡、钱铺乡、岳桥乡、杨庄铺乡、白桥乡。共有962个行政村。
2001年末，全县总面积1162.68平方千米，总人口59.09万人，其中非农业人口6.03万人，辖21个乡镇，962个行政村。2002年末，全县总面积1162.68平方千米，总人口59.49万人，其中非农业人口6.15万人，辖7个镇、14个乡，962个行政村。2003年末，全县总面积1162.68平方千米，总人口59.44万人，其中非农业人口8.1万人，少数民族9842人，辖21个乡（镇），947个行政村、15个居委会。
2005年11月，商河县将21个乡镇合并为5镇5乡和2个街道：撤销钱铺乡、商河镇，以原钱铺乡和商河镇的行政区域设立许商街道；撤销杨庄铺乡，玉皇庙镇，以原杨庄铺乡和玉皇庙镇的行政区域设立玉皇庙街道；撤销牛堡乡，将其行政区域并入孙集乡；撤销常庄乡，将其行政区域并入龙桑寺镇；撤销燕家乡，将其行政区域并入沙河乡；撤销赵奎元乡，将其行政区域并入殷巷镇；撤销胡集乡，将其行政区域并入贾庄镇；撤销岳桥乡，将其行政区域并入白桥乡；撤销展家乡，将其行政区域并入郑路镇。调整后，全县辖许商、玉皇庙两个街道，贾庄、龙桑寺、怀仁、殷巷、郑路五个镇和白桥、沙河、孙集、张坊、韩庙五个乡；同时在被合并的乡镇驻地成立合并后归属乡镇的为民服务中心。
2010年，撤销玉皇庙街道，设立玉皇庙镇。调整后，全县辖1个街道、6个镇、5个乡：许商街道、殷巷镇、怀仁镇、龙桑寺镇、郑路镇、贾庄镇、玉皇庙镇、孙集乡、沙河乡、韩庙乡、张坊乡、白桥乡。县政府驻许商街道。
2010年第六次人口普查，商河县常住总人口564125人，其中，许商街道101329人，殷巷镇50779人，怀仁镇28928人，龙桑寺镇38933人，郑路镇57969人，贾庄镇46225人，玉皇庙镇59803人，孙集乡45898人，沙河乡38186人，韩庙乡30633人，张坊乡20446人，白桥乡44996人。
2011年，撤销白桥乡，设立白桥镇，镇政府驻白桥村。2013年，撤销孙集乡、韩庙乡，设立孙集镇、韩庙镇（鲁政函民字〔2013〕32号）。调整后，全县辖1个街道、9个镇、2个乡：许商街道、殷巷镇、怀仁镇、龙桑寺镇、郑路镇、贾庄镇、玉皇庙镇、白桥镇、孙集镇、韩庙镇、沙河乡、张坊乡。县政府驻许商街道。
2015年末，商河县辖1个街道、9个镇、2个乡（合计12个），15个居委会、948个村委会（合计963个）。
2016年，撤销沙河乡、张坊乡，设立沙河镇、张坊镇（鲁政函民字〔2016〕7号，8月15日济政字〔2016〕43号）。