2002年末，全市共有8个街道、108个镇、42个乡。
2010年，牡丹区撤销胡集乡。设立胡集镇。曹县撤销青岗集乡、郑庄乡，设立青岗集镇、郑庄镇。单县撤销孙溜镇，设立东城街道；撤销谢集乡、李田楼乡，设立谢集镇、李田楼镇。成武县撤销成武镇，设立文亭街道、永昌街道；撤销党集乡、张楼乡，设立党集镇、张楼镇。巨野县撤销巨野镇，设立凤凰街道、永丰街道。郓城县撤销郓城镇，设立郓州街道、唐塔街道；撤销双桥乡、南赵楼乡、黄堆集乡，设立双桥镇、南赵楼镇、黄堆集镇。鄄城县撤销鄄城镇，设立陈王街道、古泉街道；撤销凤凰乡、郑营乡，设立凤凰镇、郑营镇。定陶县撤销定陶镇，设立天中街道、滨河街道；撤销仿山乡、半堤乡，设立仿山镇、半堤镇。东明县撤销城关镇，设立城关街道、渔沃街道；撤销武胜桥乡，设立武胜桥镇。
至2010年末，全市辖1个市辖区、8个县，共有29个街道、113个镇、26个乡。
牡丹区辖10个街道、13个镇、1个乡：东城街道、西城街道、南城街道、北城街道、牡丹街道、丹阳街道、岳程街道、佃户屯街道、何楼街道、万福街道、沙土镇、吴店镇、王浩屯镇、黄堽镇、都司镇、高庄镇、小留镇、李村镇、马岭岗镇、安兴镇、大黄集镇、吕陵镇、胡集镇、皇镇乡。其中，丹阳街道、岳程街道由开发区代管。区政府驻西城街道。
曹县辖3个街道、18个镇、6个乡：曹城街道、磐石街道、青菏街道、庄寨镇、普连集镇、青堌集镇、桃源集镇、韩集镇、砖庙镇、古营集镇、位湾镇、侯集回族镇、苏集镇、孙老家镇、阎店楼镇、梁堤头镇、安蔡楼镇、邵庄镇、王集镇、青岗集镇、郑庄镇、常乐集乡、倪集乡、楼庄乡、大集乡、朱洪庙乡、仵楼乡。县政府驻曹城街道。
单县辖4个街道、16个镇、2个乡：北城街道、南城街道、园艺街道、东城街道、郭村镇、黄岗镇、终兴镇、高韦庄镇、徐寨镇、蔡堂镇、朱集镇、李新庄镇、浮岗镇、莱河镇、时楼镇、杨楼镇、张集镇、龙王庙镇、谢集镇、李田楼镇、高老家乡、曹庄乡。县政府驻北城街道。
成武县辖2个街道、11个镇：文亭街道、永昌街道、大田集镇、天官镇、汶上集镇、南鲁集镇、伯乐集镇、苟村集镇、白浮图镇、孙寺镇、九女集镇、党集镇、张楼镇。县政府驻永昌街道。
巨野县辖2个街道、15个镇：凤凰街道、永丰街道、龙堌镇、大义镇、柳林镇、章缝镇、大谢集镇、独山镇、麒麟镇、核桃园镇、田庄镇、太平镇、万丰镇、陶庙镇、董官屯镇、田桥镇、营里镇。县政府驻凤凰街道。
郓城县辖2个街道、14个镇、6个乡：郓州街道、唐塔街道、黄安镇、杨庄集镇、侯集镇、武安镇、郭屯镇、丁里长镇、玉皇庙镇、程屯镇、随官屯镇、张营镇、潘渡镇、双桥镇、南赵楼镇、黄堆集镇、唐庙乡、黄集乡、李集乡、张集乡、水堡乡、陈坡乡。县政府驻郓州街道。
鄄城县辖2个街道、11个镇、4个乡：陈王街道、古泉街道、什集镇、红船镇、旧城镇、阎什镇、箕山镇、李进士堂镇、董口镇、临濮镇、彭楼镇、凤凰镇、郑营镇、左营乡、大埝乡、引马乡、富春乡。县政府驻古泉街道。
定陶县辖2个街道、8个镇、2个乡：天中街道、滨河街道、陈集镇、冉堌镇、张湾镇、黄店镇、孟海镇、马集镇、仿山镇、半堤镇、南王店乡、杜堂乡。县政府驻天中街道。
东明县辖2个街道、7个镇、5个乡：城关街道、渔沃街道、东明集镇、刘楼镇、陆圈镇、马头镇、三春集镇、大屯镇、武胜桥镇、菜园集乡、小井乡、沙窝乡、长兴集乡、焦园乡。县政府驻城关街道。