2019年末，菏泽市辖2个市辖区、7个县，共有34个街道、124个镇、10个乡，市政府驻牡丹区东城街道中华路1009号。
牡丹区辖东城、西城、南城、北城、牡丹、万福、何楼、丹阳、岳程、佃户屯、皇镇11个街道和沙土、吴店、王浩屯、黄堽、都司、高庄、小留、李村、马岭岗、安兴、大黄集、胡集、吕陵13个镇（其中，丹阳、岳程、佃户屯3个街道由菏泽经济技术开发区代管，万福街道和吕陵、马岭岗2个镇由菏泽高新技术开发区代管），区政府驻西城街道东方红西街999号。
定陶区辖天中、滨河2个街道和陈集、冉堌、张湾、黄店、孟海、马集、半堤、仿山、杜堂、南王店10个镇（其中，陈集镇由菏泽经济技术开发区代管） ，区政府驻滨河街道北环路。
曹县辖青菏、曹城、磐石、郑庄、倪集5个街道，庄寨、普连集、青堌集、桃源集、韩集、砖庙、古营集、魏湾、侯集回族、苏集、孙老家、阎店楼、梁堤头、安蔡楼、邵庄、王集、青岗集、常乐集、大集、仵楼20个镇和楼庄、朱洪庙2个乡，县政府驻青菏街道文化路。
单县辖南城、北城、园艺、东城4个街道，郭村、黄岗、终兴、高韦庄、徐寨、蔡堂、朱集、李新庄、浮岗、莱河、时楼、杨楼、张集、龙王庙、谢集、李田楼16个镇和高老家、曹庄2个乡，县政府驻园艺街道舜师路。
成武县辖文亭、永昌2个街道和大田集、天宫庙、汶上集、南鲁集、伯乐集、苟村集、白浮图、孙寺、九女集、党集、张楼11个镇，县政府驻文亭街道文亭街143号。
巨野县辖永丰、凤凰2个街道和龙堌、大义、柳林、章缝、大谢集、独山、麒麟、核桃园、田庄、太平、万丰、陶庙、董官屯、田桥、营里15个镇，区政府驻凤凰街道麒麟大道。
郓城县辖郓州、唐塔、丁里长、张营4个街道，黄安、杨庄集、侯咽集、武安、郭屯、玉皇庙、程屯、随官屯、潘渡、双桥、南赵楼、黄泥冈、唐庙、李集、黄集、张鲁集16个镇和水堡、陈坡2个乡，县政府驻郓州街道郓州大道6001号。
鄄城县辖陈王、古泉2个街道，什集、红船、旧城、阎什、箕山、李进士堂、董口、临濮、彭楼、凤凰、郑营、大埝、引马13个镇和左营、富春2个乡，县政府驻陈王街道南环路。
东明县辖城关、渔沃2个街道，东明集、刘楼、陆圈、马头、三春集、大屯、武胜桥、菜园集、沙窝、小井10个镇和长兴集、焦园2个乡，县政府驻渔沃街道工业路。