元至元十五年设会理州，治今铅锌镇，属会川路。设姜州，治今姜州街，属建昌路。明仍置，均属会川卫军民指挥使司。清裁卫、废姜州，移会理州治于卫城。民国属会理县。1952年析会理、巧家两县地置会东县。因地处会理县东部而得名。
1996年，会东县辖2个镇、51个乡：会东镇、铅锌镇、小岔河乡、撒者邑乡、新云乡、长新乡、火山乡、堵格乡、坪塘乡、姜州乡、中心乡、小坝乡、火石乡、铁柳乡、龙树乡、可河乡、嘎吉乡、柏岩乡、海坝乡、洛左乡、新马乡、淌塘乡、普咩乡、岩坝乡、鹿鹤村乡、新田乡、岔河乡、双堰乡、江西街乡、发箐乡、铁厂沟乡、新街乡、马龙乡、新龙乡、红岩乡、红果乡、鲁吉乡、溜姑乡、大崇乡、黑嘎乡、文箐乡、松坪乡、野牛坪乡、小街乡、新山乡、老口乡、干海子乡、黄坪乡、野租乡、拉马乡、鲁南乡、雪山乡、柏杉乡。县政府驻会东镇。
2004年，会东县辖2个镇（会东、铅锌）、51个乡（新云、长新、火山、坪塘、堵格、姜州、中心、小坝、火石、铁柳、龙树、可河、嘎吉、柏岩、海坝、洛左、新马、淌塘、普咩、岩坝、新田、岔河、双堰、发箐、新街、马龙、新龙、红岩、红果、鲁吉、溜姑、大崇、黑嘎、文箐、松坪、小街、新山、老口、黄坪、野租、拉马、鲁南、雪山、柏杉、小岔河、撒者邑、鹿鹤村、江西街、铁厂沟、野牛坪、干海子）。
2012年，省政府（川府民政〔2012〕16号）批复同意撤销新马、洛佐和鹿鹤村3个乡，设立乌东德镇，镇政府驻原新马乡麻栎村；撤销姜州和中心2个乡，设立姜州镇，镇政府驻原姜州乡姜州村，辖原姜州和中心2个乡所属行政区域。调整后，全县辖4个镇、46个乡：会东镇、铅锌镇、乌东德镇、姜州镇、小岔河乡、撒者邑乡、新云乡、长新乡、火山乡、堵格乡、坪塘乡、小坝乡、火石乡、铁柳乡、龙树乡、可河乡、嘎吉乡、柏岩乡、海坝乡、淌塘乡、普咩乡、岩坝乡、新田乡、江西街乡、岔河乡、双堰乡、发箐乡、铁厂沟乡、新街乡、马龙乡、新龙乡、红岩乡、红果乡、鲁吉乡、溜姑乡、大崇乡、黑嘎乡、文箐乡、野牛坪乡、松坪乡、新山乡、小街乡、老口乡、干海子乡、黄坪乡、野租乡、拉马乡、鲁南乡、雪山乡、柏杉乡。
2013年，省政府（川府民政〔2013〕7号）批复同意撤销堵格乡、火山乡、坪塘乡，设立堵格镇，镇政府驻原堵格乡政府驻地；撤销淌塘乡和普咩乡，设立淌塘镇，镇政府驻原淌塘乡政府驻地。
2014年，省政府（川府民政〔2014〕15号）批复同意撤销雪山乡、柏杉乡，并入野租乡，乡政府驻下野租村；撤销鲁南乡、海坝乡，并入拉马乡，乡政府驻海坝村；撤销新田乡、岩坝乡，设立老君滩乡，并将黄坪乡吴家坪村划归老君滩乡管辖，乡政府驻井山村；撤销小街乡、老口乡、岔河乡、双堰乡，并入铅锌镇，镇政府驻油房村；撤销铁柳乡、龙树乡、可河乡、火石乡，设立铁柳镇，镇政府驻新房村；撤销嘎吉乡、柏岩乡，设立嘎吉镇，镇政府驻嘎吉村；撤销松坪乡、新山乡、干海子乡，设立松坪镇，并将野牛坪乡的官村、大梨树、陈家湾划归松坪镇管辖，镇政府驻下海子村；撤销新街乡、马龙乡、红岩乡，设立新街镇，镇政府驻新街村。调整后，会东县辖会东、铅锌、乌东德、姜州、堵格、淌塘、铁柳、嘎吉、松坪、新街10个镇和新云、长新、小坝、发箐、新龙、红果、鲁吉、溜姑、大崇、黑嘎、文箐、黄坪、野租、拉马、小岔河、撒者邑、江西街、铁厂沟、野牛坪、老君滩20个乡。
2015年，撤销发箐乡、铁厂沟乡、黄坪乡，设立满银沟镇，镇政府驻发窝村；撤销大崇乡、黑嘎乡，设立大崇镇，镇政府驻崇兴村；撤销鲁吉乡、文箐乡，设立鲁吉镇，镇政府驻鲁吉村；撤销会东镇、新云乡、长新乡、小岔河乡、撒者邑乡，设立鲹鱼河镇，镇政府驻杉松村；撤销江西街乡、红果乡、新龙乡，设立新的江西街乡，乡政府驻戈衣村（川府民政〔2015〕5号）。调整后，全县辖鲹鱼河、铅锌、乌东德、姜州、堵格、淌塘、铁柳、嘎吉、松坪、新街、满银沟、大崇、鲁吉13个镇和小坝、溜姑、野租、拉马、江西街、野牛坪、老君滩7个乡。县政府驻鲹鱼河镇。
2019年12月13日，《四川省人民政府关于同意凉山州调整西昌市等6县（市）部分乡镇行政区划的批复》（川府民政〔2019〕18号）：……四、关于会东县部分乡镇行政区划调整 （二十六）设立鱼城街道和金江街道。将鲹鱼河镇政通路社区、金叶街社区、鱼山社区、杉松社区、老街社区、胜利村、团结村所属行政区域划归鱼城街道管辖，鱼城街道办事处驻人和街76号；将鲹鱼河镇满银路社区、垭口社区、小岔河社区、车拉河村、各可村、热水塘村、新洪村、顺河村所属行政区域划归金江街道管辖，金江街道办事处驻满银路东段138号。 调整后，鲹鱼河镇辖秧发村、水塘子村、普发村、新发村、官村村、民主村、滴水岩村、笔落村、椿河村、马头山村、沙拉河村、朱家坟村、葡萄村、长新村、小河村、青杠村、安乐村、长鱼村、南山村、撒者邑村、白拉度村、王家坟村所属行政区域，鲹鱼河镇人民政府驻新云街1号。 （二十七）撤销野牛坪乡，将其所属行政区域划归溜姑乡管辖，溜姑乡人民政府驻溜姑街24号。 （二十八）撤销小坝乡，将其所属行政区域划归姜州镇管辖，姜州镇人民政府驻文化街62号。 （二十九）撤销拉马乡，将其所属行政区域划归野租乡管辖，野租乡人民政府驻下野租村1组78号。
2019年末，全县辖2个街道、13个镇、4个乡（合计19个乡级行政区划单位）：鱼城街道、金江街道、铅锌镇、乌东德镇、姜州镇、堵格镇、淌塘镇、铁柳镇、嘎吉镇、松坪镇、新街镇、满银沟镇、大崇镇、鲁吉镇、鲹鱼河镇、溜姑乡、野租乡、老君滩乡、江西街乡。共有9个居委会、301个村委会。县政府驻鱼城街道政通路115号。
2020年6月12日，省政府（川府民政〔2020〕7号）批复同意：将原溜姑乡西多村所属行政区域划归鲁吉镇管辖，鲁吉镇人民政府驻鲁吉村鲁吉街79号。