1993年7月，全县共辖9个区、1个区级镇（太平镇），2个乡级镇（大竹、罗文）、47个乡。1993年末全市总人口518198人，其中非农业人口70849人。1994年5月6日，将全市10个区公所改为工作委员会（简称工委）。1994年7月19日，青花、沙滩、旧院、官渡等乡撤乡设镇（乡级）；1995年8月7日，竹峪、黄钟、河口、草坝等乡撤乡设镇（乡级）。
1996年，万源市面积4065.3平方千米，人口约53.2万人，辖12镇29乡：官渡镇、太平镇、大竹镇、罗文镇、白沙镇、青花镇、旧院镇、草坝镇、竹峪镇、沙滩镇、黄钟镇、河口镇、长石乡、井溪乡、白羊乡、固军乡、铁矿乡、蜂桶乡、花楼乡、长坝乡、曾家乡、大沙乡、庙垭乡、鹰背乡、魏家乡、石窝乡、玉带乡、永宁乡、虹桥乡、溪口乡、庙子乡、庙坡乡、白果乡、钟停乡、石塘乡、曹家乡、八台乡、梨树乡、中坪乡、石人乡、丝罗乡。市政府驻太平镇。代管东林山、黑宝山、尖峰山、花萼山4个国营林场，青花、草坝2个国营茶场。
2000年第五次人口普查，万源市总人口150354户、536685人，其中农业人口442204人，非农业人口84454人。12镇45乡人口：太平镇44161人，青花镇13796人，旧院镇14208人，罗文镇17577人，河口镇9329人，草坝镇11866人，竹峪镇11541人，大竹镇13818人，官渡镇13791人，黄钟镇10252人，白沙镇19488人，沙滩镇15655人，红旗乡14331人，茶垭乡12593人，石岗乡6375人，长石乡7355人，白羊乡10694人，铁矿乡7836人，固军乡9014人，井溪乡11823人，蜂桶乡4392人，堰塘乡4006人，花楼乡14573人，长坝乡12805人，曾家乡10831人，大沙乡11967人，秦河乡7225人，庙垭乡8482人，鹰背乡8509人，石窝乡13873人，玉带乡10834人，魏家乡11256人，柳黄乡5767人，新店乡5002人，溪口乡6239人，永宁乡6211人，虹桥乡5459人，康乐乡3146人，庙坡乡6790人，紫溪乡2227人，临河乡4967人，庙子乡7179人，钟亭乡5746人，白果乡6307人，黎树乡3875人，皮窝乡3806人，蒿坝乡1444人，中坪乡7277人，丝罗乡5573人，罐坝乡3799人，石人乡4483人，赵塘乡4070人，水田乡6931人，石塘乡14788人，八台乡14319人，曹家乡4808人，花萼乡2216人。
2003年12月23日，四川省政府（川府民政[2003]37号）批复同意万源市撤销城守、白沙、旧院、罗文、草坝、河口、竹峪、黄钟、官渡、大竹10个区工委和蒿坝、红旗、石岗、水田4个乡，扩大5个乡镇的行政区域：（1）将原蒿坝乡所属行政区域并入梨树乡。梨树乡政府驻梨树溪。（2）将原红旗乡及石岗乡的石岗、孔家山、牛卯坪、四合、坪长5个村所属的行政区域并入太平镇。太平镇政府驻太平建设路2号。（3）将原石岗乡的八字头村所属行政区域并入青花镇。青花镇政府驻青花溪。（4）将原水田乡的小茶园、党家坡、百花园3个村及原石塘乡的朱家沟村所属行政区域并入沙滩镇。沙滩镇政府驻沙滩坝。（5）将原水田乡的往川坝、牟家坝2个村所属行政区域并入白沙镇。白沙镇政府驻白沙河。2004年2月10日，万源市政府下发6号文件批复上述调整；此外：将茶垭乡的仙龙潭村并入太平镇。
2004年，万源市辖12个镇（太平、大竹、罗文、白沙、青花、旧院、草坝、竹峪、沙滩、官渡、黄钟、河口）、41个乡（石塘、八台、曹家、长石、白羊、井溪、铁矿、固军、蜂桶、花楼、长坝、曾家、大沙、庙垭、鹰背、石窝、玉带、魏家、溪口、永宁、虹桥、庙坡、白果、钟停、庙子、梨树、石人、丝罗、中坪、茶垭、堰塘、秦河、新店、柳黄、康乐、临河、紫溪、花萼、皮窝、罐坝、赵塘）。
2005年末，万源市总人口160155户、569167人，其中农业人口480188人，非农业人口88979人。辖12个镇、41个乡：太平镇、青花镇、旧院镇、罗文镇、河口镇、草坝镇、竹峪镇、大竹镇、黄钟镇、官渡镇、白沙镇、沙滩镇、茶垭乡、长石乡、白羊乡、铁矿乡、固军乡、井溪乡、堰塘乡、蜂桶乡、花楼乡、长坝乡、曾家乡、大沙乡、秦河乡、庙垭乡、鹰背乡、石窝乡、玉带乡、新店乡、魏家乡、柳黄乡、溪口乡、永宁乡、虹桥乡、康乐乡、白果乡、钟停乡、庙子乡、临河乡、紫溪乡、庙坡乡、梨树乡、皮窝乡、丝罗乡、罐坝乡、石人乡、赵塘乡、中坪乡、八台乡、花萼乡、曹家乡、石塘乡。共有25个社区、372个行政村，73个居民小组、2232个村民小组。
2006年9月30日，四川省政府（川府民政[2006]51号）批准同意万源市撤销临河乡，将原临河乡所属行政区域并入大竹镇。大竹镇政府驻染房村。调整后，万源市辖52个乡镇（其中12个镇、40个乡）。2006年末，全市面积4065平方千米，总人口57.36万人。
2008年末，万源市面积4065平方千米，人口56.38万人，辖12个镇、40个乡，24个社区、371个行政村。
2010年第六次人口普查，万源市常住总人口407594人，其中：太平镇88968人，青花镇9088人，旧院镇12301人，罗文镇10848人，河口镇6082人，草坝镇8671人，竹峪镇8207人，大竹镇13126人，黄钟镇6304人，官渡镇11725人，白沙镇22175人，沙滩镇12791人，茶垭乡7331人，长石乡4809人，白羊乡6158人，铁矿乡5000人，固军乡6221人，井溪乡7417人，堰塘乡2349人，蜂桶乡3180人，花楼乡8838人，长坝乡7839人，曾家乡6644人，大沙乡7059人，秦河乡4173人，庙垭乡5104人，鹰背乡6585人，石窝乡8974人，玉带乡7073人，新店乡3281人，魏家乡7822人，柳黄乡3796人，溪口乡3344人，永宁乡3620人，虹桥乡2827人，康乐乡1824人，白果乡5387人，钟亭乡4877人，庙子乡5270人，紫溪乡1741人，庙坡乡5424人，梨树乡4787人，皮窝乡3148人，丝罗乡3252人，罐坝乡1854人，石人乡2594人，赵塘乡2618人，中坪乡4275人，八台乡8073人，花萼乡1339人，曹家乡2649人，石塘乡8752人。