1939年由自流井、贡井置自贡市，以二地首字得名。自流井因盐水自流得名，贡井因盐质精良以入贡帝王为名。1950年自贡市由川南行署直辖。1952年自贡市改由四川省直辖。1979年原属内江地区的荣县（驻城关镇）划归自贡市领导。1983年，将宜宾地区的富顺县划归自贡市。
1995年，全市除自流井区外，其他区、县行政区划都有较大调整。调整前全市六个区、县、辖17个区公所、147年乡、26个镇、12个街道办事处；调整后，辖15个区公所、52个乡、76个镇、10个街道办事处。2000年6月25日，国务院批准，自贡市人民政府驻地由自流井区解放路迁至大安区丹桂大街。
2000年第五次人口普查，自贡市常住总人口3033763人。其中：自流井区206060人、贡井区134697人、大安区358977人、沿滩区351650人、荣县862003人、富顺县1120376人。2004年，自贡市辖4个区、2个县，10个街道、75个镇、21个乡。
2005年6月15日，国务院（国函[2005]52号）批复同意调整自贡市部分行政区划：（1）将自贡市大安区的红旗乡，自贡市沿滩区的仲权镇、舒坪镇、高峰乡、农团乡、漆树乡和自贡市贡井区的荣边镇划归自贡市自流井区管辖。（2）将荣县的龙潭镇、桥头镇、五宝镇、莲花镇、成佳镇、白庙镇、章佳乡、牛尾乡划归贡井区管辖。（3）将富顺县的庙坝镇、牛佛镇、回龙镇划归大安区管辖。（4）将富顺县的仙市镇、瓦市镇划归沿滩区管辖。同年，四川省政府（川府函[2005]123号）批复同意调整自贡市部分行政区划。【调整原因：自贡市原有行政区划主要存在下列问题：1、“飞地”过多，全市较大块的飞地有6块，面积3.3平方千米，人口3314人；2、区包围区。作为自贡市城市中心区的自流井区被大安区封闭式环绕包围，缺乏发展空间；3、区县行政区划严重畸形。】
2005年行政区划调整共涉及20个镇（乡）、50余万人口、面积700余平方千米：（一）自流井区：划入大安区红旗乡，沿滩区高峰乡、农团乡、漆树乡、仲权镇、舒坪镇，贡井区荣边镇。调整后，面积152.94平方千米，人口330064人。（二）贡井区：划出荣边镇；划入荣县龙潭镇、桥头镇、五宝镇、莲花镇、成佳镇、白庙镇、章佳乡、牛尾乡。调整后，面积417.63平方千米，人口295936人。（三）大安区：划出红旗乡；划入富顺县庙坝镇、牛佛镇、回龙镇。调整后，面积398.81平方千米，人口442661人。（四）沿滩区：划出高峰乡、农团乡、漆树乡、仲权镇、舒坪镇；划入富顺县仙市镇、瓦市镇。调整后，面积467.99平方千米，人口390914人。（五）荣县：划出龙潭镇、桥头镇、五宝镇、莲花镇、成佳镇、白庙镇、章佳乡、牛尾乡。调整后，面积1598.97平方千米，人口691751人。（六）富顺县：划出瓦市镇、庙坝镇、牛佛镇、仙市镇、回龙镇。调整后，面积1336.26平方千米，人口1001699人。【根据2005年7月22日《自贡市人民政府关于自贡市新的行政区划实施时间的通知》（自府发[2005]30号），调整后的行政区划于8月1日起正式运行。全市户籍总人口317.28万人。调整后的荣县由90万人口减少到69万人，富顺县则由120多万人口减少到100万。四城区人口均在30万人以上，所有城区人口增加到140万人，城区面积增加600平方千米，为1437平方千米。】
2010年第六次人口普查，自贡市常住总人口2678899人，其中：自流井区346403人，贡井区260607人，大安区382245人，沿滩区272809人，荣县590640人，富顺县826195人。