同仁在历史上是游牧地区。在汉朝时期，同仁北部成为汉朝屯田之地。至唐中宗时，这里作为金城公主的汤沐邑，赐于吐蕃。宋代是角罗蕃政权的势力范围。元明两代，始以县境保安为触角，有中央屯军的伸入，形成以隆务寺为中心青海最大的藏传佛教政教合一统治体系，一直延续到清代。
古为古羌地，西晋末为吐谷浑地，隋为达化县地，唐初为达化县、米川县地，安史之乱后为吐蕃地，宋初为吐蕃角厮角辖地，元为贵德州地，明为归德千户所辖，清隶循化厅，民国初隶循化县，1929年设立同仁县。1949年沿旧制仍设同仁县，1952年改为同仁藏族自治区。1953年由同仁藏族自治区析置泽库县，同年改同仁藏族自治区为同仁县，均隶黄南藏族自治区（州）。
1999年末，同仁县面积3460平方千米，人口73896人（根据青海省志）。辖1个镇和12个乡：隆务镇、年都乎乡、加吾乡、保安乡、双朋西乡、扎毛乡、曲库乎乡、牙浪乡、多哇乡、麻巴乡、兰采乡、瓜什则乡、黄乃亥乡。县政府驻隆务镇。
2000年第五次人口普查，同仁县常住总人口77040人，其中，隆务镇23294人、兰采乡3558人、麻巴乡5285人、双朋西乡3737人、扎毛乡3668人、保安乡4780人、黄乃亥乡2944人、曲库乎乡6440人、牙浪乡1946人、年都乎乡8060人、多哇乡4986人、瓜什则乡3886人、加吾乡4456人。
2001年3月19日，撤销保安、麻巴2乡，合并设立保安镇（镇政府驻地设在原保安乡）（青政函[2001]21号）。调整后，同仁县辖2个镇、10个乡：隆务镇、保安镇、兰采乡、双朋西乡、扎毛乡、黄乃亥乡、曲库乎乡、牙浪乡、年都乎乡、多哇乡、瓜什则乡、加吾乡。
2001年末，同仁县辖2个镇、10个乡（牧业乡3个、农业乡7个），3个居委会、74个村（牧）委会。隆务镇驻隆务，辖一、二、三3个居委会和吴屯上庄、吴屯下庄、加毛、向阳、四合吉、隆务、加仓玛、措玉8个村委会。保安镇驻保安，辖城内、城外、新城、全都、卧科、相曲、夏尕龙、尕则敦、浪加、银扎木、群吾、东干木、赛加、卡加14个村委会。年都乎乡驻年都乎，辖都乎、曲码、夏卜浪、录合相、郭麻日、尕沙日6个村委会。加吾乡驻协知，辖加吾岗、协知、俄毛、东维、吉仓、江日6个村委会。双朋西乡驻双朋西，辖双朋西、协知、宁他、环主4个村委会。扎毛乡驻麻什当，辖霍尔、扎毛、卡苏乎、立仓4个村委会。曲库乎乡驻多哇，辖江龙、江什加、古德、多哇、索乃亥、木合沙、瓜什则、江龙牧业8个村（牧）委会。牙浪乡驻牙浪，辖依里、牙浪、娘洛、阿宁4个村委会。多哇乡驻乙合隆扎，辖尖德、东维、交隆务、直跃、卡什加、其日那6个村委会。兰采乡驻唐拉卡，辖麦仓、还去乎、尕日哇、兰采荣哇4个村（牧）委会。瓜什则乡驻瓜什则寺，辖赛青、力吉、郭进、阿旦、塔哇、阿哇6个村委会。黄乃亥乡驻日秀麻，辖日秀麻、阿吾乎、群吾、奴让4个村委会。
2006年8月，撤销牙浪乡，并入隆务镇。调整后，同仁县辖2个镇、9个乡：隆务镇、保安镇、兰采乡、双朋西乡、扎毛乡、黄乃亥乡、曲库乎乡、年都乎乡、多哇乡、瓜什则乡、加吾乡。县政府驻隆务镇。
2010年第六次人口普查，同仁县常住总人口92601人，其中，隆务镇35612人，保安镇10771人，兰采乡4207人，双朋西乡3276人，扎毛乡4364人，黄乃亥乡3152人，曲库乎乡7223人，年都乎乡8620人，多哇乡6540人，瓜什则乡4355人，加吾乡4481人。
2014年，撤销多哇乡，设立多哇镇（青政函〔2014〕43号）。