夏商时为“雍州之城”。秦属北地郡，汉武帝分北地郡置安定郡，现西吉县地域属安定郡。三国时今县境南部属曹魏雍州安定郡，西北部被羌胡占领。两晋时仍属安定郡。隋时先属原州，后属平凉郡。唐属原州。北宋时属秦凤路，天禧元年（1017年）在今将台乡火家集置羊牧隆城，庆历三年（1043年）改为隆德寨。金时升隆德寨为隆德县，今县境东、南及西南部属其管辖，县属德顺州。今县境西北部属西夏的西安州。
元代至元年间，隆德县迁治于今隆德县城，今县境西南部属其管辖，隶陕西行中书省静宁州，今县境东北部属开城府。明时属陕西布政使司关西道平凉府固原州隆德县管辖。县境沐家营一带为朱元璋养子黔宁王沐英牧地，新营、旧营一带为朱元璋十四子朱模牧地。清初属陕西，后归甘肃省，属固原、海原、隆德三县辖地。同治十三年（1874年），在硝河城置州判，属固原直隶州。民国初年隶甘肃省泾源道。
1938年—1941年，固海地区三次爆发回民起义，国民党为加强其统治，于民国31年（1942年）设置西吉县，以境内席芨滩演化得名，当时属甘肃省陇东专区，驻穆家营。新中国成立后，属甘肃省定西专区。1950年5月改属平凉专区。1953年9月，甘肃省西海固回族自治区成立，西吉属其管辖。1955年西海固回族自治区改置为固原回族自治州。1958年宁夏回族自治区成立，西吉县归属宁夏回族自治区固原专区（1970年改为固原地区，2001年改为地级固原市）。
1942年置县时，全县辖3镇6乡63保（城关镇辖10保，新营镇辖7保，三合镇辖6保，白崖乡辖7保，硝河乡辖8保，将台乡辖7保，兴平乡辖7保，平峰乡辖6保，蒙宣乡辖5保）。1949年解放后，废除保甲制，实行区乡村制，全县分为6区52乡。第一区驻穆家营，辖夏寨、大滩、穆营、万崖、水泉、袁河、马营、小川、大坪、高同、大岔、西滩等12乡；第二区驻新营，辖新营、新克、白城、二府营、红耀、碱滩等6乡；第三区驻党家岔，辖全合、业集、赵坪、田坪、马建、苏堡、羊路、三合等8乡；第四区驻平峰，辖平峰、金塘、民和、高洼、陈滩、兴平、关川、王民等8乡；第五区驻将台，辖将台、东坡、牟谢、张堡、马莲、贯泰、新堡、硝河、隆堡等9乡；第六区驻白崖，辖白崖、沙沟、小坡、旧堡、窑庄、大庄、偏城、鹞川、陶堡等9乡。
1952年7月，划出平峰区（第四区）的兴平、王民、关川3乡，城关区（第一区）的大坪、西滩、大岔3乡，组建为兴平区，排序为第五区，驻兴平；划出将台区（第五区）的隆堡、新堡、硝河3乡，白崖区（原第六区）的大庄、窑庄2乡，城关区（第一区）的夏寨乡，组建为硝河区，驻硝河，排序为第七区；原第五区改为第六区；原第六区改为第八区。1953年12月，将隆德县的兴隆区划归西吉县，置为第九区（辖兴隆、新店、公易、高城、杨河、玉河、四合、北台、张程、杨茂等10乡），驻兴隆；将静宁县单民区所辖的单民、河东、河西3个乡划归西吉县，置为第十区，驻单民；同年兴隆区的张程、杨茂、高城3乡划归单民区（第十区）。1954年5月，固原县张易区的什字、官堡2乡划归西吉县；将官堡乡划分为官堡、玉湾2乡，又将兴隆区辖的北台、四合2乡划出，置为第十一区，驻什字。
1955年6月，撤销城关区的穆营乡，改置为穆营镇。1956年，撤销平峰、硝河、单民3个区。原平峰区所属的金塘、民和、高洼、陈滩4乡撤销，辖地并入平峰乡，划归兴平区；原硝河区所属的夏寨乡划归城关区管辖，硝河、大庄、隆堡、窑庄、新堡5个乡划归将台区；原单民区的杨茂乡撤销，并入单民乡，河东、河西、高城3个乡撤销，改置为团结乡，连同张程乡划归兴隆区管辖。城关区撤销大泉乡，并入小川乡；撤销万崖、马营2乡，并入袁河乡；撤销大滩乡，并入夏寨乡。新营区撤销碱滩乡，并入新营乡。蒙宣区撤销张堡乡，并入马莲乡；撤销东坡、牟谢2乡，其所属川区村，划归将台乡，所属的山区村与马莲乡的南坡、北坡、朱家湾村合置为海原乡。白崖区撤销小坡乡，并入白崖乡。什字区撤销四合、玉湾2乡，分别并入什字乡、官堡乡。