秦汉为北部郡地，西夏、元属定州，清属平罗县。1941年析平罗县北部的宝丰、黄渠桥，石嘴山高庄、惠北、灵沙等8个乡设立惠农县，驻宝丰，直属宁夏省管辖。1945年，设置宁夏第三行政督察区，惠农县属宁夏第三行政督察专员公署管辖。后宁夏第三专员督察区改置为银北专区，惠农县归银北专区。后银北专区撤销，又归宁夏省直辖。
1949年，宁夏解放，惠农县直属宁夏省。1954年9月，宁夏省并入甘肃省，惠农县属银川专区；同年县驻地迁往黄渠桥。1958年，宁夏回族自治区成立，惠农县直属自治区管辖。1959年县驻地迁到石嘴山镇。1960年1月，撤销惠农县，设立石嘴山市。1972年，设立银北地区，石嘴山市隶属银北地区。1975年，银北地区撤销，石嘴山市改为省直接领导（驻地迁至大武口）；石嘴山城区改名为石嘴山市第二区。
1981年4月，石嘴山市第二区更名为石嘴山区。1987年，撤销石嘴山市郊区，恢复惠农县建制，驻马家湾子；将原属郊区的大武口乡划归大武口区，将园艺乡的一部分划归石嘴山区管辖。2003年12月31日，国务院（国函〔2003〕139号）批复同意撤销石嘴山市惠农县和石嘴山区，设立石嘴山市惠农区，以原惠农县和石嘴山区的行政区域为惠农区的行政区域。区人民政府驻北大街。
惠农建县时，辖8个乡，48保，722甲。1949年9月解放后，全县组建为8个区，下辖48乡（石嘴山属第八区；1950年2月，石嘴山调整为第一区第一乡）。1952年，全县调整为6个区27乡；两月后，第四、六区合并为第四区，全县共辖5个区，27个乡。后又将原27个乡改划为31个乡。
1953年将5个区的31个乡改划为34个乡。其中第一区驻石嘴山，辖石嘴山、西河桥、下营子、乐土岭、上营子、雷家庙等6乡；第二区驻宝丰，辖省嵬、宝丰、永屏、庙台、渠羊、礼和、五渠等7乡；第三区驻黄渠拐子，辖燕子墩、通润、东永固、西永固、渠中、外西河、黄渠拐子等5乡；第四区驻黄渠桥，辖黄渠桥、北长渠、南长渠、内西河、安家庄子、通惠、马家高庄、上宝闸等8乡；第五区驻灵沙，辖下甲、东永润、上甲、二闸、双渠、惠北等6乡。
1954年2月，改第二区为宝丰回族自治区，第五区为灵沙回族自治区，第四区改称第二区，34个乡未变动。当年冬，惠农县撤销第一、二、三区，所辖21个乡合并为石嘴山、尾闸、下营子、东永固、黄渠拐子、渠中、外西河、燕子墩、黄渠桥、高庄、北长渠等11个乡；宝丰、灵沙2个回族自治区未变动。
1956年8月，石嘴山、黄渠桥2乡改设为镇；撤销宝丰、灵沙2个回族自治区，所属的13个乡合并调整为4个回族乡和1个乡（宝丰、五渠、渠羊3乡合并组建为宝丰回族乡；礼和、永屏2乡合并组建为礼和回族乡；二闸、双渠、惠北3乡合并组建为惠北回族乡；下甲、上甲、东永润3乡合并组建为灵沙回族乡；庙台、省嵬2乡合并组建为庙台乡）。此时，惠农县辖2个镇、9个乡和4个回族乡。1957年，石嘴山镇由乡级镇升格为区级镇；撤销外西河乡并入燕子墩乡；撤销东永固乡并入渠中乡。
1958年，惠农县除保留石嘴山镇外，其他乡镇均撤销，组建为3个公社：其中由原尾闸乡、下营子乡和石嘴山镇组建为灯塔公社（石嘴山镇名仍保留）；由原黄渠桥镇、高庄乡、燕子墩乡、惠北乡、黄渠拐子乡和渠中乡的渠中合作社组建为五星公社；由原宝丰乡、灵沙乡、庙台乡、礼和乡和渠中乡的东永固组组建为红旗公社。11月，三个公社分别更名为尾闸、黄渠桥和宝丰公社。1959年1月，惠农县驻迁往石嘴山镇；2月，惠农县宝丰、黄渠桥两公社的灵沙、惠北、高庄划归平罗县。
1960年4月，在石嘴山组建南街、北街两个城市人民公社，石嘴山镇撤销。不久以2个城市人民公社为基础，成立了石嘴山市第一、第二2个区，区与公社合一。1962年5月两区合并，定名为石嘴山市城区，下辖6个街道。1963年，将6个街道调整为南街、北街、河滨街、火车站等4个街道。1972年2月，银北地区成立。1973年6月，石嘴山市由自治区直辖改为地区辖市，石嘴山仍为市属城区。1975年11月，银北地区撤销，石嘴山市升格为地级市，驻地迁至大武口；此时，石嘴山城区改名为石嘴山市第二区。
1981年4月，石嘴山市第二区更名为石嘴山区。1987年，撤销石嘴山市郊区，恢复惠农县建制；将原属郊区的大武口乡划归大武口区，将园艺乡的一部分（沿环村）划归石嘴山区管辖；石嘴山区辖南街、北街、河滨街、火车站等4个街道。1988年8月，在惠农县县驻地设置马家湾镇；至此，惠农县辖马家湾镇和园艺、尾闸、下营子、西永固、燕子墩、庙台、礼和等7乡。
1996年，石嘴山区面积125平方千米，人口约12.1万人，区政府驻北街，辖4个街道：北街街道、火车站街道、河滨街街道、南街街道。惠农县面积963平方千米，人口约7.4万人，县政府驻马家湾镇，辖3个镇、6个乡：马家湾镇、红果子镇、园艺镇、下营子乡、礼和乡、西永固乡、庙台乡、尾闸乡、燕子墩乡。
2000年第五次人口普查，石嘴山区常住总人口120739人，其中，育才路街道14848人，南街街道31641人，中街街道18460人，北街街道14008人，河滨街街道29407人，火车站街道12375人。惠农县常住总人口74499人，其中，马家湾镇8420人，园艺镇5582人，红果子镇6766人，尾闸乡10894人，庙台乡8116人，礼和乡11333人，下营子乡5022人，西永固乡5030人，燕子墩乡6979人，惠农3879人，简泉农场2478人。
2005年，惠农区辖育才路、南街、中街、北街、河滨街、火车站6个街道，红果子、尾闸、园艺3个镇和燕子墩、礼和、庙台3个乡，共42个行政村、50个居委会。
2010年第六次人口普查，惠农区常住总人口185803人，其中，育才路街道21437人，南街街道26093人，中街街道16595人，北街街道4412人，河滨街道24254人，火车站街道7470人，红果子镇21426人，尾闸镇7887人，园艺镇27895人，庙台乡5788人，礼和乡8208人，燕子墩乡9166人，简泉农场2502人，国营农林牧场2521人，良种繁殖场149人。
【参考资料：《宁夏现代政区变迁沿革》（冯茂著，宁夏人民出版社，1998年9月第1版）、《中国政区大典》等】