巴林，系明代蒙古族部落名，意为阵地、“要塞”、“哨所”、“军寨”。蒙古语称西为右。
明末清初，蒙古巴林部于此驻牧。后金天聪八年（1634年）分封诸藩牧地时定旗地域为巴林左翼旗、巴林右翼旗。清顺治五年（1648年）设治所，定名为巴林右翼旗，设札萨克衙门，会盟昭乌达。新中国建立后更名为巴林右旗，此名沿用至今。
1996年?，巴林右旗面积10256平方千米，人口16.9万人，其中蒙古族7.8万人，占46.2%。辖3镇14苏木2乡：大板镇、巴彦琥硕镇、宝日勿苏镇、沙巴尔台苏木、巴彦尔灯苏木、巴彦塔拉苏木、幸福之路苏木、岗根苏木、查干沐伦苏木、索博日嘎苏木、巴彦汉苏木、都希苏木、查干诺日苏木、益和诺尔苏木、胡日哈苏木、西拉沐伦苏木、洪格尔苏木、朝阳乡、羊场乡。
2000年第五次人口普查，全旗总人口174275人，其中：大板镇50370人，巴彦琥硕镇7752人，宝日勿苏镇12586人，朝阳乡10257人，羊场乡11018人，索博日嘎苏木12341人，查干沐沦苏木3327人，沙巴尔台苏木4498人，岗根苏木4709人，幸福之路苏木6028人，巴彦塔拉苏木10708人，巴彦尔灯苏木7734人，巴彦汉苏木3224人，都希苏木7355人，查干诺尔苏木4381人，洪格尔苏木4424人，益和诺尔苏木4407人，胡日哈苏木5553人，西拉沐沦苏术3603人。
2000年，巴林右旗辖3个镇、2个乡、14个苏木，156个嘎查（村），560个村民小组。2001年?，撤销巴彦汉苏木，设立白彦汉镇。2001年，撤并苏木，即撤销都希苏木、洪格尔苏木、巴彦尔灯苏木。撤乡并镇后，全旗辖4个镇、2个乡、10个苏木。2002年，全旗总人口17.7万人。
2006年，巴林右旗将现有的16个苏木乡镇（10个苏木，2个乡、4个镇）调整为8个苏木镇（3个苏木，5个镇）：撤销巴彦汉镇，并入大板镇，总面积1929平方千米，总人口72100人，辖21个嘎查、15个行政村、10个居委会，镇政府驻地设在原大板镇政府所在地大板；撤销索博日嘎苏木、朝阳乡，合并设立索博日嘎镇，总面积1568平方千米，总人口23400人，辖6嘎查、14个行政村，镇政府驻地设在原索博日嘎苏木政府所在地索博日嘎；撤销巴彦琥硕镇、查干沐沦苏木、沙巴尔台苏木，合并设立查干沐沦镇，总面积1406. 6平方千米，总人口15500人，辖9个嘎查、14个行政村，镇政府驻地设在原巴彦琥硕镇政府所在地巴彦琥硕；撤销羊场乡、查干诺尔苏木，合并设立查干诺尔镇，总面积968.2平方千米，总人口16000人，辖6个嘎查、8个行政村，镇政府驻地设在原羊场乡政府所在地羊场；撤销岗根苏木，并入幸福之路苏木，总面积1061平方千米，总人口10300人，辖11个嘎查、7个行政村，苏木政府驻地设在原幸福之路苏木政府所在地幸福之路；撤销益和诺尔苏木、胡日哈苏木，并入西拉沐沦苏木，总面积1302.1平方千米，总人口13400人，辖14个嘎查、6个行政村，苏木政府驻地设在原胡日哈苏木政府所在地巴润苏吉；宝日勿苏镇、巴彦塔拉苏木原建制及行政区域管辖范围不变；巴林右旗苏木乡镇行政区划调整后，辖大板镇、索博日嘎镇、查干沐沦镇、查干诺尔镇、宝日勿苏镇、幸福之路苏木、西拉沐沦苏木、巴彦塔拉苏木。
2006年，全旗总面积10256平方千米。总人口17.95万人，其中非农业人口5.59万人；少数民族88367人。辖3个苏木、5个镇，161个嘎查（村），568个独贵龙（组）。
2009年末，全旗总面积10256平方千米（1538.4万亩）。总人口18.35万人。辖3个苏木、5个镇，161个嘎查（村）、10个居委会，583个独贵龙（组）。
2012年?，撤销查干沐沦镇，设立巴彦琥硕镇、查干沐沦苏木。调整后，全旗辖5个镇、4个苏木：大板镇、索博日嘎镇、宝日勿苏镇、查干诺尔镇、巴彦琥硕镇、西拉沐沦苏木、巴彦塔拉苏木、幸福之路苏木、查干沐沦苏木。